《SARS-CoV-2刺突糖蛋白与ACE2相互作用的模拟研究以及与SARS-CoV的相似性、热点分析及受体多态性的影响》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2020-03-15
  • 南非和突尼斯的研究人员在bioRxiv预印版平台发表论文“In silico study of the spike protein from SARS-CoV-2 interaction with ACE2: similarity with SARS-CoV, hot-spot analysis and effect of the receptor polymorphism”,文章深入探讨了不同冠状病毒分离株的刺突糖蛋白受体结合区域(RBD)与宿主ACE2蛋白的相互作用。
    文章中使用基于同源性的蛋白质-蛋白质对接、结合能估计和分解,旨在预测相互作用的定性和定量方面。通过计算机模拟结构建模提供了其他证据,证明刺突糖蛋白RBD的界面片段可能是由SARS-CoV-2通过复杂的进化过程而不是积累获得的。作者还强调了SARS-CoV-2 RBD的Q493和P499氨基酸残基与hACE2结合和维持界面稳定性的相关性。最后,文章中研究了位于ACE2相互作用表面的8个不同变体对SARS-CoV-2 RBD复合物形成的影响。发现它们都不可能破坏SARS-CoV-2病毒RBD的相互作用。
    *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。

  • 原文来源:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.04.976027v1
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    • 编译者:zhangmin
    • 发布时间:2020-03-09
    • 1.时间:2020年3月7日 2.机构或团队:南非兰德大学分子生物科学学院悉尼布伦纳分院生物科学研究所、突尼斯埃尔马纳尔大学 3.事件概要: 南非和突尼斯的研究人员在bioRxiv预印版平台发表论文“In silico study of the spike protein from SARS-CoV-2 interaction with ACE2: similarity with SARS-CoV, hot-spot analysis and effect of the receptor polymorphism”,文章深入探讨了不同冠状病毒分离株的刺突糖蛋白受体结合区域(RBD)与宿主ACE2蛋白的相互作用。 文章中使用基于同源性的蛋白质-蛋白质对接、结合能估计和分解,旨在预测相互作用的定性和定量方面。通过计算机模拟结构建模提供了其他证据,证明刺突糖蛋白RBD的界面片段可能是由SARS-CoV-2通过复杂的进化过程而不是积累获得的。作者还强调了SARS-CoV-2 RBD的Q493和P499氨基酸残基与hACE2结合和维持界面稳定性的相关性。最后,文章中研究了位于ACE2相互作用表面的8个不同变体对SARS-CoV-2 RBD复合物形成的影响。发现它们都不可能破坏SARS-CoV-2病毒RBD的相互作用。 *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。 4.附件: 原文链接:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.04.976027v1
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    • 编译者:苑晓梅
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    • 最近发生的严重急性呼吸系统综合征,即2019年冠状病毒病(COVID-19)传播如此迅速和严重,促使世界卫生组织(世卫组织)宣布新的冠状病毒SARS-CoV-2大流行进入紧急状态。虽然有几个国家已经选择了几乎完全封锁来减缓SARS-CoV-2的传播,但科学界被要求通过确定诊断和治疗危险COVID-19的新工具来应对这场毁灭性的疫情。为此,我们进行了一项矽化比较模拟分析,以获得有关SARS-CoV-2棘突蛋白在受体结合区(RBD)水平上的主要构象变化以及与人细胞血管紧张素转换酶2(ACE2)受体的相互作用的新见解,有利于人类细胞入侵。此外,我们的分析提供了一个理想的管道,用于识别可能以SARS-CoV-2峰值RBD为靶点的已鉴定抗体,以防止与人ACE2的相互作用,以及i i)构建新的可能中和抗体的说明,根据化学/物理空间限制和互补决定区(CDR)突变鉴定出的现有抗体。所提出的抗体在silico中显示出对SARS-CoV-2尖峰RBD的高度亲和力,并可作为参考抗体,也可用于建立新的高亲和力抗体,以对抗目前和未来能够通过尖峰蛋白与人ACE2相互作用入侵人细胞的冠状病毒。总的来说,我们的分析为建立正确的生物分子背景提供了指示,以研究spike-RBD-ACE2相互作用,开发新疫苗、诊断试剂盒和基于SARS-CoV-2 spike蛋白的使用或靶向性的其他治疗方法。