《大肠杆菌数量对贝类生产区域的分类状况和微生物风险评估结果的影响》

  • 来源专题:食物与营养
  • 编译者: mj
  • 发布时间:2019-05-08
  • 在许多贝类生产国基于粪便指示生物监测的贝类生产区域(SPA)分类,以评估病原体污染的风险,并确定在人类采购及销售前的收获后处理水平。本研究使用欧洲食品卫生法规中规定的A、B和C分类标准,评估了大肠杆菌监测结果数量对SPA分类状态的影响。该评估基于在Santa Catarina(巴西)海岸的七个生产区域(> 255个样本结果/SPA)的贝类中监测的大肠杆菌浓度数据库。结果发现,从每个生产区域数据集中随机抽取10个系列的50个数据样本(12-120个结果/样本,12的倍数)。对每个数据样本进行分类导致两个生产区域基于完整数据库被分类为B状态,当考虑具有12个结果的数据样本时,将其分类为A,而不是B。随着大肠杆菌结果/样本数量的增加,符合A类的数据样本趋于减少。结果表明,在初始分类期间,当可获得的结果较少时,具有B类状态的区域可能被错误分类为A。此外,在初始分类中,当在合规性评估中考虑12个结果时,具有“禁止”状态的区域可能被错误分类为C。尽管该研究具有初步性质,但结果强调需要在合规性评估中考虑长期监测数据集,以确保SPA的分类状态真正反映环境污染水平。

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    • 来源专题:动植物疫病
    • 编译者:刘小燕
    • 发布时间:2020-04-30
    • 在欧洲疾病预防控制中心(ECDC)的EPIS AMR-HAI中紧急询问有关OXA-244大肠杆菌的病例增加数量,以及在德国鉴定出一系列大肠杆菌类型(ST)38簇之后,欧盟欧洲经济区国家公共卫生参考实验室被邀请向ECDC提交全基因组测序(WGS)数据,以进行欧洲水平的分析。欧洲汇总数据显示,2013-2015年检测到33例OXA-244的大肠杆菌,其次是2016年的31例,2017年的21例,2018年的83例和2019年的116例。WGS的使用使从样本中更易找出有歧视性地识别病例,并有助于观察到病例数量变化。WGS数据确定了在所有提交数据的国家(丹麦、芬兰、法国、德国、爱尔兰、卢森堡、荷兰、挪威、瑞典和英国)中存在一个主要的地理分布分散的大肠杆菌ST38簇,其中带有染色体编码balOXA244,该集群中的多数病例在2018年和2019年被检测到。 目前尚不清楚在欧盟欧洲经济区和英国OXA-244大肠杆菌的来源和传播途径。在德国发现几个病例在时间和地点上存在重叠,表明可能存在人与人之间的传播。没有观察到与卫生保健相关的OXA-244大肠杆菌菌群,因为卫生保健设施中的传播无法解释十个国家内和不同地区内菌群的分散分布。令人关注的是,在引起社区获得性感染的大肠杆菌中,难以检测的OXA-244病例数增加。考虑到多个国家OXA-244大肠杆菌传播速度同步增长,其在欧盟欧洲经济区中进一步传播风险的可能性很高。如果临床微生物学实验室提高了对OXA-244的认识、抽样频率和检测能力,并且对感染者及时地采取了适当的预防和控制措施,那么在医疗机构内的传播风险将会很低。但是,如果不采用微生物学方法进行监测,OXA-244的大肠杆菌可能会继续传播而不会引起注意。在社区内,OXA-244大肠杆菌的传播可能会导致碳青霉烯类的损失。因此,迫切需要进一步调查,以确定在欧盟欧洲经济区和英国OXA-244大肠杆菌的来源和传播途径,并采取适当的控制措施。 目前为止,在欧洲尚未从食物或动物来源中分离出产生OXA-244的大肠杆菌。因此来自OXA-48碳青霉烯酶流行地区的进口食品或动物产品,甚至国内来源的食品,既不能被排除,也不能被确定为可能的致病因素。但是,考虑到潜在的公共卫生影响,被OXA-244大肠杆菌污染的食品和动物产品可能会分布在较大的地理区域,需要调查。因此,需要考虑进一步的研究,以确定环境、农作物、动物和食品被OXA-244大肠杆菌污染的可能性。应对方案包括:向临床微生物学实验室发出国家警报,改进对生OXA-244的大肠杆菌的检测的实验室指南,以及将所有可疑分离株提交国家参考实验室进行进一步分析,并结合前瞻性收集病例和相关流行病学数据风险因素。
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    • 来源专题:食物与营养
    • 编译者:xinning
    • 发布时间:2015-04-26
    • 从本世纪开始,在微生物风险评估(MRA)中利用全基因组测序(WGS)的潜力就在一些场合被讨论。但是,提出的启发式的方法还没有应用到实际框架中,这是因为在风险概率范围内映射包含上千个基因位点的微生物信息时存在非平凡性的问题。微生物风险评估的范式评估包括多维微生物基因型信息向更少的表型信息和人类风险单一测量的转换。本文中,描述全基因组测序在微生物风险评估中的应用,并引入一个实际的例子。