《快速风险评估:自2013年以来,欧盟欧洲经济区和英国的碳青霉烯酶(OXA-244)大肠杆菌增加》

  • 来源专题:动植物疫病
  • 编译者: 刘小燕
  • 发布时间:2020-04-30
  • 在欧洲疾病预防控制中心(ECDC)的EPIS AMR-HAI中紧急询问有关OXA-244大肠杆菌的病例增加数量,以及在德国鉴定出一系列大肠杆菌类型(ST)38簇之后,欧盟欧洲经济区国家公共卫生参考实验室被邀请向ECDC提交全基因组测序(WGS)数据,以进行欧洲水平的分析。欧洲汇总数据显示,2013-2015年检测到33例OXA-244的大肠杆菌,其次是2016年的31例,2017年的21例,2018年的83例和2019年的116例。WGS的使用使从样本中更易找出有歧视性地识别病例,并有助于观察到病例数量变化。WGS数据确定了在所有提交数据的国家(丹麦、芬兰、法国、德国、爱尔兰、卢森堡、荷兰、挪威、瑞典和英国)中存在一个主要的地理分布分散的大肠杆菌ST38簇,其中带有染色体编码balOXA244,该集群中的多数病例在2018年和2019年被检测到。

    目前尚不清楚在欧盟欧洲经济区和英国OXA-244大肠杆菌的来源和传播途径。在德国发现几个病例在时间和地点上存在重叠,表明可能存在人与人之间的传播。没有观察到与卫生保健相关的OXA-244大肠杆菌菌群,因为卫生保健设施中的传播无法解释十个国家内和不同地区内菌群的分散分布。令人关注的是,在引起社区获得性感染的大肠杆菌中,难以检测的OXA-244病例数增加。考虑到多个国家OXA-244大肠杆菌传播速度同步增长,其在欧盟欧洲经济区中进一步传播风险的可能性很高。如果临床微生物学实验室提高了对OXA-244的认识、抽样频率和检测能力,并且对感染者及时地采取了适当的预防和控制措施,那么在医疗机构内的传播风险将会很低。但是,如果不采用微生物学方法进行监测,OXA-244的大肠杆菌可能会继续传播而不会引起注意。在社区内,OXA-244大肠杆菌的传播可能会导致碳青霉烯类的损失。因此,迫切需要进一步调查,以确定在欧盟欧洲经济区和英国OXA-244大肠杆菌的来源和传播途径,并采取适当的控制措施。

    目前为止,在欧洲尚未从食物或动物来源中分离出产生OXA-244的大肠杆菌。因此来自OXA-48碳青霉烯酶流行地区的进口食品或动物产品,甚至国内来源的食品,既不能被排除,也不能被确定为可能的致病因素。但是,考虑到潜在的公共卫生影响,被OXA-244大肠杆菌污染的食品和动物产品可能会分布在较大的地理区域,需要调查。因此,需要考虑进一步的研究,以确定环境、农作物、动物和食品被OXA-244大肠杆菌污染的可能性。应对方案包括:向临床微生物学实验室发出国家警报,改进对生OXA-244的大肠杆菌的检测的实验室指南,以及将所有可疑分离株提交国家参考实验室进行进一步分析,并结合前瞻性收集病例和相关流行病学数据风险因素。

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    • 来源专题:动植物疫病
    • 编译者:刘小燕
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    • 病毒通过突变不断变化,因此新变种的出现是预期的事件,而本身并不是引起关注的原因。SARS-CoV-2也不例外。在全球范围内,由于进化和适应过程,SARS-CoV-2多样化。虽然大多数新出现的突变不会对病毒的传播产生重大影响,但某些突变或突变组合可能会为病毒提供选择性优势,例如增加的可传播性或逃避宿主免疫反应的能力。在这种情况下,这些变异可能会增加人类健康的风险,因此被认为是令人关注的变异。 英国在东南、东部和伦敦地区的COVID-19病例率迅速上升,这与新的SARS-CoV-2变种VOC 202012/01的出现有关。截至2020年12月26日,英国已报告了3000多例经基因组测序确认的新变异。除了VOC 202012/01,南非还报告了另一个SARS-CoV-2变种,命名为501.V2,这也是潜在的问题。从10月开始在样本中首次观察到此变种,此后在南非通过全基因组测序(WGS)确认了300多例501.V2变种,现在它已成为病毒的主要形式。 ECDC估计,目前SARS-CoV-2 VOC 202012/01和501.V2在EU / EEA中引入并进一步传播的可能性很高。尽管没有信息表明这些菌株的感染更为严重,但由于传播性增加,COVID-19疾病在住院和死亡方面的影响被认为是很高的,特别是对于年龄较大或有并发症的患者。 建议会员国根据其当地的流行病学情况和国家政策,继续向其公民通报非药物干预的必要性,尤其是考虑避免不必要的旅行和社交活动的指导。 会员国应继续监测传播率或疾病严重性的突然变化,作为确定和评估变异影响的过程的一部分。应该对地方,区域和国家情况进行数据分析和评估,以查明流行病学快速变化的地区。 国家公共卫生当局应通过基于案例的预警和响应系统和欧洲监视系统,将新变体以及任何其他可能引起关注的SARS-CoV-2新变体告知。 为了能够检测到已知变体的引入以及令人关注的新变体的出现,会员国需要对重要的代表性分离株进行及时的基因组测序。英国已证明其测序程序能够检测新兴变异。
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    • 在全世界范围内,由于进化和适应过程,病毒通过SARS-CoV-2病毒的突变和变异不断变化。虽然大多数新出现的突变不会对病毒的传播产生重大影响,但某些突变或突变组合可能会为病毒提供选择性优势,例如增加的可传播性或逃避宿主免疫反应的能力。在此更新中,我们报告有关三种病毒变体(VOC 202012 / 01、501Y.V2和变体P.1)传播的新信息。这些变体被认为是令人关注的,因为突变已导致在它们最近被建立的地区增加了传播性并恶化了流行病学状况。 VOC 202012/01最初于2020年12月在英国南部被确认为关注的对象。VOC202012/01的最早识别样品可追溯至2020年9月。从那时起,它成为主要的样品。在英国流通的变体。自2020年12月下半以来,其可传播性显着提高,导致发病率、住院和医疗系统压力增加。英国已实施更严格的非药物干预措施(NPI)以减少传播。初步研究表明,没有证据表明VOC 202012/01与明显不同的感染严重性相关,或者与以前传播的病毒相比,它对某些年龄组的影响更大。然而,由于发病率上升,到2021年1月,英国报告了自大流行开始以来每日最高的COVID-19死亡率。 变体501Y.V2于2020年12月在南非首次发现,现在是最流行的变体。初步结果表明,该变体还可能具有更高的透射率。但是,对于VOC 202012/01,在此阶段尚不确定501Y.V2变体是否引起疾病严重性的变化。截至2021年1月19日,已在10个欧盟/欧洲经济区国家中识别出501Y.V2。目前正在法国研究这种变体的一个簇。除法国外,以色列和英国还报告了与旅行无关的501Y.V2病例或群。欧盟/欧洲经济区确定的其余案件大多与旅行有关,而不仅仅是南非。 迄今为止,仅在巴西发现了P.1变体,日本和韩国报道了来自巴西(主要来自亚马逊州)的旅行者。亚马孙州的首都马瑙斯(Manaus)目前正在经历COVID-19病例激增,给医疗保健系统带来巨大压力。 ECDC估计,由于其可传播性的提高,在EU / EEA中引入关注的变体并在社区中传播的可能性非常高。这种增加的可传播性可能导致感染数量的增加。反过来,这很可能导致所有年龄组的住院率和死亡率更高,尤其是对于那些年龄较大或有合并症的人。因此,需要更严格的NPI来减少传播并缓解医疗保健系统的压力。也因此,关注的变种的引入和社区传播相关的总体风险被评估为高/非常高。 会员国应继续监测当地传播率或感染严重性的变化,以识别和评估变种的传播和影响。为了检测出已知变体的引入以及新变体的出现,需要提高对社区COVID-19病例代表性样本的监测和测序水平。同时由于关注的新变量的可传播性增加,也应为自己的医疗系统做好准备,以进一步扩大需求。