鸡肉是世界上消费最广泛的肉类之一。鸡全身的微生物群是一种潜在的食源性致病菌来源，在生肉加工过程中可传播给人类。然而，迄今为止，还没有研究比较包装鸡肉产品和肉店生鸡肉的微生物群，尽管这些资料可能有助于确定食物中毒的污染源。本研究采用基于16S rRNA基因序列的Illumina MiSeq系统，对韩国不同肉店和加工厂采集的80份鸡肉样品进行了微生物区系分析。采用实时荧光定量PCR技术对鸡样品中的细菌进行定量分析。虽然来自肉店的未包装肉类与来自商业来源的包装产品中存在不同的微生物，但即使在同一公司的包装产品中，微生物群的季节差异(1月和7月获得的样本)也更为显著。通过人工接种肠沙门氏菌血清型virchow，研究了不同条件下污染食源性病原菌对鸡尸体微生物群（64只鸡）的影响，并进行了16S rRNA基因和全基因组测序。在洗涤后，鸡肉样品中受污染的沙门氏菌数量分别在27℃和4℃下呈最高和最低状态。此外，在肉店和商业样品中，在4摄氏度下保存的样品中检测到的毒力基因相对较低。这些结果可用于降低鸡肉制备过程中交叉污染引起的食源性疾病的风险。
