《DNMT3A 和 DNMT3L 的 ADD 结构域对小鼠生殖细胞 DNA 甲基化景观的组合和差异作用》

  • 来源专题:重大疾病防治
  • 编译者: 蒋君
  • 发布时间:2024-04-24
  • DNA 甲基转移酶 3A (DNMT3A) 及其催化无活性辅因子 DNA 甲基转移酶 3 样 (DNMT3L) 蛋白形成功能性异源四聚体,在哺乳动物生殖细胞中沉积 DNA 甲基化。虽然这两种蛋白质都有一个 ATRX-DNMT3-DNMT3L (ADD) 结构域,可识别赖氨酸-4 (H3K4me0) 未甲基化的组蛋白 H3 尾部,但这两种蛋白质中结构域的联合和差异作用尚未在体内完全确定。在这里,我们研究了来自DNMT3A和/或DNMT3L的ADD结构域中具有功能丧失氨基酸替换的小鼠的雌性和雄性生殖细胞的DNA甲基化景观。DNMT3A-ADD或DNMT3L-ADD结构域的突变会适度降低两种生殖细胞中的整体CG甲基化水平,但程度不同。此外,当 DNMT3A 和 DNMT3L 的 ADD 结构域失去功能时,CG 甲基化水平会降低得多,尤其是在卵母细胞中,与 Dnmt3a/3L 敲除的影响相当。相反,非CG甲基化的异常积累发生在双突变卵母细胞和精子的数千个基因组区域。这些结果强调了 ADD-H3K4me0 结合在生殖细胞中适当的 CG 和非 CG 甲基化中的关键作用,以及两种蛋白质的 ADD 结构域的各种影响。
  • 原文来源:https://www.nature.com/articles/s41467-024-47699-2
相关报告
  • 《Cell | 造血系统DNMT3A突变导致炎症性骨丢失》

    • 来源专题:战略生物资源
    • 编译者:李康音
    • 发布时间:2024-06-06
    • 2024年6月4日,宾夕法尼亚大学George Hajishengallis通讯在Cell发表题为Clonal hematopoiesis driven by mutated DNMT3A promotes inflammatory bone loss的文章,揭示了由DNA甲基转移酶-3A(DNMT3A)基因突变驱动的潜能不确定的克隆造血(clonal hematopoiesis of indeterminate potential, CHIP)在促进牙周炎和关节炎等炎症性骨丢失疾病中的作用。 CHIP的特征是在造血干细胞和祖细胞(HSPC)中获得体细胞突变,导致表型改变的遗传上不同的白细胞的克隆扩增。通过全面的流行病学分析,作者证明DNMT3A CHIP与严重牙周炎患病率增加之间的显著关联,其特征是临床附着丧失和牙龈炎症增加。随后,作者使用携带杂合功能丧失突变Dnmt3aR878H/+(相当于人类热点突变R882H)的小鼠模型来探索这种关系的机制基础。作者发现,即使是临床相关的Dnmt3aR878H/+骨髓(BM)部分细胞(占10%)也可以驱动克隆扩增,从而产生高度炎症的骨髓和淋巴细胞。这种克隆扩增促进了自然发生的牙周炎症和骨丢失,同时伴有促炎细胞因子和破骨细胞因子水平的升高。此外,Dnmt3aR878H/+细胞的存在加剧了牙周炎和关节炎的实验模型,其特征是炎症细胞浸润增加、软骨侵蚀和滑膜增生。 利用单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析,作者揭示了DNMT3A驱动的CHIP驱动的炎症病理的复杂细胞和分子机制。他们观察到,在突变环境中,不同细胞类型(包括中性粒细胞、巨噬细胞和T细胞)之间的自分泌和旁分泌信号传导概率增加。此外,R878H突变与破骨细胞生成增强有关,如破骨细胞前体和来源于Dnmt3aR878H/+细胞的破骨细胞的频率和丰度增加所证明。该研究表明,R878H突变不会损害na?ve T细胞向辅助性T细胞17(Th17)的分化,但会损害调节性T细胞(Treg)的免疫抑制功能。Dnmt3aR878H/+Treg细胞抑制T细胞增殖的能力减弱,会导致突变小鼠牙龈组织中Th17/Treg比率升高。因此,在突变环境中,IL-17(促破骨细胞因子)的中和或对中性粒细胞(IL-17的下游效应物)的清除减轻了炎症性骨损失。 作者还发现R878H突变诱导成熟白细胞的整体DNA低甲基化,导致炎症途径、破骨细胞生成和mTOR信号传导的机制靶点的激活。利用这一发现,他们证明用mTOR抑制剂rapamycin治疗可以有效抑制Dnmt3aR878H/+造血细胞的克隆扩增,并逆转小鼠模型中的炎症性骨丢失。 总之,这项开创性的研究不仅确立了DNMT3A驱动的CHIP与炎症性骨丢失障碍之间的因果关系,而且揭示了这种关系背后复杂的细胞和分子机制。研究结果表明,CHIP可能代表一种可治疗的适应不良造血状态,rapamycin是一种潜在的治疗干预措施,可以减轻DNMT3A CHIP突变克隆的适应性优势,并抑制其对慢性炎症性疾病的影响。
  • 《研究揭示H3K27me3修饰和DNA甲基化对胚胎命运决定过程中的作用》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2018-03-05
    • 近日,中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所景乃禾研究组,与北京大学汤富酬研究组的合作论文,以Silencing of developmental genes by H3K27me3 and DNA methylation reflects the discrepant plasticity of embryonic and extraembryonic lineages为题,在线发表在Cell Research上。该研究揭示了原肠运动时期胚胎不同部位细胞的DNA甲基化和H3K27me3修饰模式的变化规律,并发现了发育相关基因在胚外区域富集DNA甲基化修饰、在胚胎区域富集H3K27me3修饰的现象,阐明了两种表观调控机制对于介导胚外和胚胎部分细胞发育潜能的差异具有重要作用。 细胞命运决定过程的调控机制是发育生物学及干细胞研究领域的关键问题之一。在小鼠胚胎早期发育过程中,具有全能性的合子细胞经过不断的细胞增殖后逐渐特化形成滋养外胚层(TE)和内细胞团(ICM)细胞。其中TE继而形成胚外外胚层等细胞,并最终形成胎盘组织等;ICM细胞则发育形成原始内胚层细胞和上胚层细胞,上胚层细胞经过原肠运动形成外、中、内三个胚层,将来发育形成完整个体。表观遗传调控在该过程中发挥重要作用。研究人员通过建立了基于少量细胞的染色质免疫沉淀技术和亚硫酸盐测序技术等,研究小鼠着床后胚胎不同部位细胞的组蛋白H3K27me3修饰和DNA甲基化修饰的变化规律和分布特点,发现并验证了着床后胚胎中发育相关基因在胚胎区域和胚外区域调控机制的差别及其对发育潜能的影响。这一研究结果为阐明不同表观调控对细胞命运及发育可塑性的影响、认识干细胞的全能性与分化潜能以及干细胞转化医学应用等提供了全新的视角和理论指导。 研究工作得到了中国科学院干细胞与再生医学战略性先导科技专项、科技部和国家自然科学基金委的支持。数据收集工作得到了生化与细胞所动物实验技术平台、分子生物学技术平台、细胞分析技术平台的支持。