《七种市售 SARS-CoV-2自动分子检测方法的分析灵敏度比较》

  • 来源专题:新发突发疾病(新型冠状病毒肺炎)
  • 编译者: 蒋君
  • 发布时间:2020-08-24
  • SARS-CoV-2大流行对分子微生物学实验室提出了挑战,要求它们迅速实施和验证诊断分析,并在短时间内扩大检测能力。多种分子诊断方法获得了FDA紧急使用授权(EUA),并迅速在全国范围内得到验证。一些研究报告了对这些分子分析的分析和/或临床评估,但是用于这些评估的病毒材料的差异使直接比较其分析性能变得复杂。在这项研究中,我们比较了七种常用的定性SARS-CoV-2分子检测方法的分析灵敏度(检测下限,LOD):雅培分子实时SARS-CoV-2分析,NeuMoDx™ SARS-CoV-2分析,Roche Cobas®SARS-CoV-2分析,BD-MAX™ 系统的BD SARS-CoV-2试剂、Hologic Aptima®SARS-CoV-2分析、Xpert Xpress SARS-CoV-2测试和GenMark ePlex SARS-CoV-2测试。采用单一阳性临床标本进行比较,该样本在病毒输送介质中进行连续稀释,并通过EUA批准的SARS-CoV-2液滴数字PCR(ddPCR)进行定量分析。制备重复样品,并评估其在不同分子测定中的可重复性,每次测定重复多次。我们的数据表明,在核衣壳基因浓度为(N1=1267和N2=1392)copies/mL时,这七种检测方法可以检测到100%的重复测试。在浓度降低为1个对数时,雅培、罗氏和Xpert-Xpress分析可检测到100%的重复测试。

  • 原文来源:;https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1386653220303206
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  • 《两种RT-qPCR方法在自动化工作流程中检测SARS-CoV-2的灵敏性和特异性》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2020-03-18
    • medRxiv预印版于3月10日发表了巴西Sabin 医疗诊断公司发表的论文“Analytical sensibility and specificity of two RT-qPCR protocols for SARS-CoV-2 detection performed in an automated workflow”。文章称制定可靠的SARS-CoV-2实验室诊断成为必须,以便及早识别、隔离和为患者提供最佳的护理。呼吸道分泌物的RT-qPCR检测通常用于检测急性呼吸道感染中的致病病毒。用于检测SARS-CoV-2的RT-qPCR实验方法已有报道,这些实验方法的验证被认为是COVID-19的关键知识缺口,特别是大量检测时。 研究人员调查了在全自动平台上对SARS-CoV-2进行定性检测的两个暂行的RT-qPCR方案的分析灵敏性和特异性。研究人员发现在其条件下,N1和RdRP(修饰的)基因对RNA靶标显示出最高的分析灵敏度。原始浓度的E区域被认为是第三位确诊分析。综上所述,N1、RdRP(优化)和E基因在研究人员针对COVID-19病毒的自动RT-qPCR工作流程中表现出了适当的分析灵敏性和特异性,E基因的灵敏性比其他基因至少低4倍。这项研究强调了在向人群提供检测之前,对实验室检测进行局部验证的重要性。利用合成的RT-qPCR靶点研究自动化工作流程中新的检测诊断参数,是为即将到来的威胁做好准备的一种快速、简单、有效的方法。 *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。
  • 《5月23日_广东省人民医院等团队研发了一种可快速、灵敏检测SARS-CoV-2感染的环介导等温扩增方法》

    • 来源专题:COVID-19科研动态监测
    • 编译者:xuwenwhlib
    • 发布时间:2020-05-24
    • 信息名称:广东省人民医院等团队研发了一种可快速、灵敏检测SARS-CoV-2感染的环介导等温扩增方法 1.时间:2020年5月23日 2.机构或团队:广东省人民医院(广东省医学科学院)、华南理工大学、广东省第二人民医院、北京金匙基因科技有限公司 3.事件概要: 5月23日,medRxiv发表了题为“Development and clinical application of a rapid and sensitive loop-mediated isothermal amplification test for SARS-CoV-2 infection”的文章。 SARS-CoV-2的爆发迫切需要灵敏、方便的COVID-19诊断方法以保证患者的及时治疗。本文中开发和验证了一种新的逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)方法,可在合格的实验室和护理点检测SARS-CoV-2。 研究方法为在2020年1月26日至4月8日期间,从两家医院招募了疑似COVID-19和密切接触患者。采集呼吸样本,用LAMP方法进行检测,并与RT-qPCR结果进行比较。对这两种方法之间不一致的样本进行下一代测序确认。此外,还检测了无症状COVID-19携带者和其他呼吸道病毒感染患者的RT-LAMP。 结果共收集了129例(329个鼻咽拭子)和76例(152个鼻咽拭子和痰样本)的独立样本。RT-LAMP方法的准确性(总敏感性和特异性分别为88.89%和99.00%;阳性和阴性预测值分别为94.74%和97.78%)和诊断有用性(阳性和阴性似然比为88.89和0.11)已被验证。与RT-qPCR的SARS-CoV-2筛查相比,RT-LAMP表现出更高的灵敏度(88.89%比81.48%)和一致性(kappa为0.92),并只需恒温加热和目测检查。从拿到样品到获得结果,RT-LAMP所需时间小于1小时。进一步分析表明,RT-LAMP对无症状患者也是可行的,并且不会与其他呼吸道病原体感染发生交叉反应。 文章认为此RT-LAMP检测方法为SARS-CoV-2感染提供了一种快速、灵敏、直观的检测方法,有助于公共领域的COVID-19检测和医院推广。 *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。 4.附件: 原文链接 https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.05.20.20108530v1