《Biosafety and Health:2021年1-9月在北京传播的SARS-CoV-2全基因组序列分属23个谱系》

  • 来源专题:新发突发疾病(新型冠状病毒肺炎)
  • 编译者: 蒋君
  • 发布时间:2022-11-30
  • 2022年5月12日,北京市疾病预防控制中心的研究人员发表了一项有关2021年在北京传播的SARS-CoV-2基因组特征的研究。研究人员收集了北京2021年1月至9月的112例新冠肺炎患者呼吸道样本,其中包括40例本地病例和72例输入病例。采用二代测序方法对病毒的全基因组序列进行测序,并分析SARS-CoV-2的变异及系统发育特征。在所有112个序列中,突变都集中在刺突蛋白中,并且所有序列中都发现了D614G突变。在某些情况下,突变包括L452R、T478K、P681R/H和D950N。系统发育分析显示,112个序列分属于23个谱系,其中B.1.1.7 (Alpha)和B.1.617.2 (Delta)谱系占主导地位。
  • 原文来源:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2590053622000568?via%3Dihub
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    • 信息名称:SARS-CoV-2全基因组变异推断进化关系及传播途径 1.时间:2020年5月3日 2.机构或团队:山东大学、齐鲁师范学院、山东第一医科大学、北京航天航空大学 3.事件概要: 山东大学联合多家机构在medRxiv预印本平台发表论文“Genome-wide variations of SARS-CoV-2 infer evolution 1 relationship and transmission route”。 严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)的突变、起源、分型及突变对分子检测的影响仍有待揭示。为了明确SARS-CoV-2的进化关系及评价目前不同国家使用的引物的检测效率,本文检索了来自多个数据库的373个SARS-CoV-2株基因组序列,并进行全基因组突变分析。基于核苷酸序列C28144T的变异,SARS-CoV-2可以分为A组(117株)和B组(256株)。刺突蛋白基因(S基因)1841位突变A1841G,形成B1亚群(40株,30例来自欧洲和美国病毒株组成,尤其是美国华盛顿)。这些突变很可能受环境或不同人群的免疫选择压力影响。A/B株在流行中的比例呈上升趋势(一月为0.35:1,二月为0.62:1,三月为0.76:1),随着时间的推移,A组病毒株的遗传力似乎更强。根据11个核苷酸位点在流行过程中的变化,推测华盛顿株更像是一个祖先类型,而武汉株则更像A组病毒株的子代。 *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。 4.原文链接:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.05.01.071688v1
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    • 编译者:hujm
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