《SARS-CoV-2全基因组变异推断进化关系及传播途径》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2020-05-16
  • 山东大学联合多家机构在medRxiv预印本平台发表论文“Genome-wide variations of SARS-CoV-2 infer evolution 1 relationship and transmission route”。
    严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)的突变、起源、分型及突变对分子检测的影响仍有待揭示。为了明确SARS-CoV-2的进化关系及评价目前不同国家使用的引物的检测效率,本文检索了来自多个数据库的373个SARS-CoV-2株基因组序列,并进行全基因组突变分析。基于核苷酸序列C28144T的变异,SARS-CoV-2可以分为A组(117株)和B组(256株)。刺突蛋白基因(S基因)1841位突变A1841G,形成B1亚群(40株,30例来自欧洲和美国病毒株组成,尤其是美国华盛顿)。这些突变很可能受环境或不同人群的免疫选择压力影响。A/B株在流行中的比例呈上升趋势(一月为0.35:1,二月为0.62:1,三月为0.76:1),随着时间的推移,A组病毒株的遗传力似乎更强。根据11个核苷酸位点在流行过程中的变化,推测华盛顿株更像是一个祖先类型,而武汉株则更像A组病毒株的子代。
    *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。

  • 原文来源:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.05.01.071688v1
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  • 《5月3日_SARS-CoV-2全基因组变异推断进化关系及传播途径》

    • 来源专题:COVID-19科研动态监测
    • 编译者:xuwenwhlib
    • 发布时间:2020-05-04
    • 信息名称:SARS-CoV-2全基因组变异推断进化关系及传播途径 1.时间:2020年5月3日 2.机构或团队:山东大学、齐鲁师范学院、山东第一医科大学、北京航天航空大学 3.事件概要: 山东大学联合多家机构在medRxiv预印本平台发表论文“Genome-wide variations of SARS-CoV-2 infer evolution 1 relationship and transmission route”。 严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)的突变、起源、分型及突变对分子检测的影响仍有待揭示。为了明确SARS-CoV-2的进化关系及评价目前不同国家使用的引物的检测效率,本文检索了来自多个数据库的373个SARS-CoV-2株基因组序列,并进行全基因组突变分析。基于核苷酸序列C28144T的变异,SARS-CoV-2可以分为A组(117株)和B组(256株)。刺突蛋白基因(S基因)1841位突变A1841G,形成B1亚群(40株,30例来自欧洲和美国病毒株组成,尤其是美国华盛顿)。这些突变很可能受环境或不同人群的免疫选择压力影响。A/B株在流行中的比例呈上升趋势(一月为0.35:1,二月为0.62:1,三月为0.76:1),随着时间的推移,A组病毒株的遗传力似乎更强。根据11个核苷酸位点在流行过程中的变化,推测华盛顿株更像是一个祖先类型,而武汉株则更像A组病毒株的子代。 *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。 4.原文链接:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.05.01.071688v1
  • 《SARS-CoV-2冠状病毒繁殖的新传播途径》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2020-02-23
    • medRxiv预印平台于2020年2月18日在线发表了巴黎大学等的文章“A new transmission route for the propagation of the SARS-CoV-2 coronavirus”。 一种新型冠状病毒(SARS-CoV-2)从中国湖北省省会传播到全国各地,然后传播到世界大部分地区。为了预测该流行病未来的发展趋势,本研究在此根据受感染者的公共记录,探讨病毒趋向性的变异如何以不同的模式结束,从而为处理该流行病提供了特定的方法。使用一个分区模型来描述个体通过几种可能状态的进化:易感,已感染,替代感染,已检测和已清除。将模型的参数与现有数据进行拟合,并在必要时考虑到重大的隔离变化。该模型表明,武汉市的隔离措施是有效的,但备选病毒形式和第二种传播途径与现有数据相符。对于新加坡和深圳地区,第二种途径似乎还不活跃,而且疫情规模有限。表明利用现有数据拟合的模型验证了选择性感染方式(肠道趋向性)和第二种传播途径(通过环境)的假设。应采取兼顾这两种途径的相应预防措施,以有利于疫情的控制。 *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。