《SARS-CoV-2全基因组变异推断进化关系及传播途径》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2020-05-16
  • 山东大学联合多家机构在medRxiv预印本平台发表论文“Genome-wide variations of SARS-CoV-2 infer evolution 1 relationship and transmission route”。
    严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)的突变、起源、分型及突变对分子检测的影响仍有待揭示。为了明确SARS-CoV-2的进化关系及评价目前不同国家使用的引物的检测效率,本文检索了来自多个数据库的373个SARS-CoV-2株基因组序列,并进行全基因组突变分析。基于核苷酸序列C28144T的变异,SARS-CoV-2可以分为A组(117株)和B组(256株)。刺突蛋白基因(S基因)1841位突变A1841G,形成B1亚群(40株,30例来自欧洲和美国病毒株组成,尤其是美国华盛顿)。这些突变很可能受环境或不同人群的免疫选择压力影响。A/B株在流行中的比例呈上升趋势(一月为0.35:1,二月为0.62:1,三月为0.76:1),随着时间的推移,A组病毒株的遗传力似乎更强。根据11个核苷酸位点在流行过程中的变化,推测华盛顿株更像是一个祖先类型,而武汉株则更像A组病毒株的子代。
    *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。

  • 原文来源:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.05.01.071688v1
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  • 《5月3日_SARS-CoV-2全基因组变异推断进化关系及传播途径》

    • 来源专题:COVID-19科研动态监测
    • 编译者:xuwenwhlib
    • 发布时间:2020-05-04
    • 信息名称:SARS-CoV-2全基因组变异推断进化关系及传播途径 1.时间:2020年5月3日 2.机构或团队:山东大学、齐鲁师范学院、山东第一医科大学、北京航天航空大学 3.事件概要: 山东大学联合多家机构在medRxiv预印本平台发表论文“Genome-wide variations of SARS-CoV-2 infer evolution 1 relationship and transmission route”。 严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)的突变、起源、分型及突变对分子检测的影响仍有待揭示。为了明确SARS-CoV-2的进化关系及评价目前不同国家使用的引物的检测效率,本文检索了来自多个数据库的373个SARS-CoV-2株基因组序列,并进行全基因组突变分析。基于核苷酸序列C28144T的变异,SARS-CoV-2可以分为A组(117株)和B组(256株)。刺突蛋白基因(S基因)1841位突变A1841G,形成B1亚群(40株,30例来自欧洲和美国病毒株组成,尤其是美国华盛顿)。这些突变很可能受环境或不同人群的免疫选择压力影响。A/B株在流行中的比例呈上升趋势(一月为0.35:1,二月为0.62:1,三月为0.76:1),随着时间的推移,A组病毒株的遗传力似乎更强。根据11个核苷酸位点在流行过程中的变化,推测华盛顿株更像是一个祖先类型,而武汉株则更像A组病毒株的子代。 *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。 4.原文链接:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.05.01.071688v1
  • 《湖北省疾病预防控制中心利用全基因组数据推断SARS-CoV-2的进化和种群动态》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2020-03-18
    • 湖北省疾病预防控制中心于2020年3月11日在bioRxiv上更新论文“Genome-wide data inferring the evolution and population demography of the novel pneumonia coronavirus (SARS-CoV-2)”。 研究人员使用了10个新的SARS-CoV-2测序基因组,并结合了GISAID数据库中的136个基因组,通过不同的分析方法(例如网络、EBSP、错配和中性测试)研究了遗传变异和种群动态。作者得到结果:80个单倍型具有183个替换位点,包括27个简约性信息位点和156个单例(singletons);遗传多样性分析表明,SARS-CoV-2基因组有一定程度的突变和变异,这可以解释致命病毒的广泛存在和高度适应性;系统发育分析表明,穿山甲可能不是中间宿主;网络表明,在最初的单倍型(H14)中,一名居住在华南海鲜市场附近(约2公里)的患者样本表明,该患者有无意识接触该市场的历史的可能性很高;但是,基于此线索,无法准确地得出该市场是否是SARS-CoV-2的起源的结论;此外,从该市场收集的16个基因组表明,短期内市场上存在循环感染,这已导致武汉和其他地区爆发SARS-CoV-2疫情;EBSP结果表面,估计首次传播日期始于2019年12月7日,这表明SARS-CoV-2可能已在11月中下旬开始人与人之间的传播。