《SARS-CoV-2中和抗体和刺突蛋白结合的预测》

  • 来源专题:新发突发疾病(新型冠状病毒肺炎)
  • 编译者: 蒋君
  • 发布时间:2020-03-10
  • 介绍在本研究中,我们通过生物信息学的方法来识别能够与SARS-CoV-2 Sipke (S)蛋白结合并干扰病毒S蛋白与宿主受体相互作用的中和抗体。为了鉴定有效的SARS-CoV-2中和抗体,预测了中和抗体与SARS-CoV-2 S蛋白的结合亲和性,并通过抗体-抗原对接模拟进行了比较。结果表明,CR3022中和抗体与SARS-CoV-2 S蛋白的结合亲和力高于SARS-CoV S蛋白。我们还发现F26G19和D12小鼠抗体可以与SARS-CoV S蛋白高亲和力结合。我们的发现为开发抗原诊断、治疗性抗体和抗SARS-CoV-2疫苗提供了重要的线索。

  • 原文来源:;https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2020/02/27/2020.02.22.951178.full.pdf
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    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2020-03-03
    • bioRxiv预印平台于2月27日发表了韩国化学技术研究院等发表的文章“Spike protein binding prediction with neutralizing antibodies of SARS-CoV-2”。 文章显示,2019年冠状病毒病(COVID-19)是由严重急性呼吸系统综合征2型冠状病毒(SARS-CoV-2,也称2019- ncov)引起的一种新型人类传染病。目前,研究人员正在尽最大努力寻找治疗COVID-19的有效药物。中和抗体,以一种抑制病毒进入细胞和基因组脱壳的方式与病毒衣壳结合,是针对病毒入侵的特异性防御。在研究中,该研究团队通过生物信息学的方法来识别能够与SARS-CoV-2 刺突蛋白结合并干扰病毒刺突蛋白与宿主受体相互作用的中和抗体。对刺突蛋白的序列分析发现,SARS-CoV-2 刺突蛋白的RBD区域与SARS-CoV及与SARS-CoV相关的bat病毒(btSARS-CoV)存在两大差异。插入区域接近与人类ACE2受体相互作用的残基。中和抗体的表位分析显示,SARS-CoV中和抗体使用构象表位,而MERS-CoV中和抗体使用常见的线性表位区域,这有助于在MERS-CoV蛋白质形成β-折叠结构并且在SARS-CoV-2 刺突蛋白上缺失。为了鉴定有效的SARS-CoV-2中和抗体,预测了中和抗体与SARS-CoV-2 刺突蛋白的结合亲和性,并通过抗体-抗原对接模拟进行了比较。结果表明,CR3022中和抗体与SARS-CoV-2 刺突蛋白的结合亲和力高于SARS-CoV刺突蛋白。该团队还发现F26G19和D12小鼠抗体可以高亲和力结合SARS-CoV 刺突蛋白。 *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。
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    • 编译者:malili
    • 发布时间:2020-11-07
    • SARS-CoV-2和SARS-CoV具有共同的人类受体ACE2。蛋白质-蛋白质相互作用结构模型表明,两种病毒的刺突蛋白受体结合域(RBD)也具有相似的整体结合构象和与ACE2的结合自由能。使用重组ACE2蛋白和ACE2表达细胞进行体外实验,证实了两种冠状病毒与ACE2的结合相似。以上研究为SARS-CoV-2疫情的高传染性提供了依据和可能的解释。有效的AC2阻断SARS-CoV中和抗体对SARS-Co2的交叉结合和中和活性有限。ACE2非阻断性SARS-CoV-RBD抗体虽然对SARS-CoV的中和活性较弱,但其对SARS-CoV-2呈阳性交叉中和作用的机制也尚不清楚。这些发现表明,针对不同冠状病毒的治疗性抗体的功效和谱之间需要进行权衡,因此突出了开发针对SARS-CoV-2及其未来突变体的广泛保护性抗体和疫苗的可能性和挑战。