3月11日_不同类型临床样本中SARS-CoV-2的检测
1.时间：2020年3月11日
2.机构或团队：中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所，首都医科大学北京地坛医院，青岛市疾病预防控制中心
3.事件概要：
中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所、首都医科大学北京地坛医院和青岛市疾病预防控制中心的科研人员在JAMA期刊在线发表题为“Detection of SARS-CoV-2 in Different Types of Clinical Specimens”的文章。
研究人员调查了SARS-CoV-2在COVID-19住院患者不同组织之间的生物分布，这些患者是根据症状和放射学诊断并通过SARS-CoV-2检测确诊的。选取从2020年1月1日至2月17日期间湖北、山东和北京的3所医院根据临床指征收集样本的患者，入院后1至3天从大多数患者中收集咽拭子，整个疾病期间都采集了血液、痰液、粪便、尿液和鼻腔样本。从患有严重疾病或进行机械通气的患者中取样支气管肺泡灌洗液和纤维支气管镜刷式活检。从临床样本中提取RNA并通过针对SARS-CoV-2的开放阅读框1ab gene的rRT-PCR进行测定，rRT-PCR的循环阈值用作检测样本中SARS-CoV-2 RNA拷贝数的指标，循环阈值越低对应的病毒拷贝数越高，小于40的循环阈值被解释为SARS-CoV-2 RNA阳性。研究人员培养了四个高拷贝数的SARS-CoV-2阳性粪便样本，然后进行电子显微镜检测活病毒，探索了亚组患者在住院期间收集的多个样本的模式。
该研究结果显示，从205例COVID-19患者中收集了1070个样本，这些患者的平均年龄为44岁（5岁-67岁），男性占比68％。大多数患者发烧、干咳和疲劳，19％的患者患有严重疾病。支气管肺泡灌洗液样本的阳性率最高（14/15；93％），其次是痰（72/104；72％），鼻拭子（5/8；63％），纤维支气管镜刷活检（6/13；46％），咽拭子（126/398；32％），粪便（44/153；29％）和血液（3/307；1％）。72个尿液样本均未检测出阳性。除鼻拭子外，所有样本类型的循环阈值均超过30（<2.6×104拷贝数/mL），平均循环阈值为24.3（1.4×106拷贝数/mL），表明病毒载量更高。20名患者同时采集了2至6个样本，在6名患者（呼吸道样本，粪便或血液）的单个样本中检测到病毒RNA，而7名患者在呼吸道样本和粪便（n=5）或血液（n=2）中排泄了病毒，在粪便样本中观察到2名没有腹泻的患者的活SARS-CoV-2。
研究讨论：从205名COVID-19患者多个部位的样本中检测到SARS-CoV-2，其中下呼吸道样品最常检测出该病毒呈阳性。更重要的是，在粪便中检测到活病毒，这表明SARS-CoV-2可能通过粪便途径传播。一小部分血液样本的PCR检测结果呈阳性，这表明感染有时可能是全身性的。病毒通过呼吸道和呼吸道外途径的传播可能有助于解释疾病的迅速传播。此外，从多个位置测试样本可能会提高灵敏度并减少假阴性测试结果。两项较小的研究报告了湖北省16例患者的肛门或口腔拭子和血液中存在SARS-CoV-2，17例确诊病例的咽拭子和痰中存在病毒载量。该研究的局限性包括一些患者没有可用的详细临床信息，因此数据无法与症状或病程相关，并且某些类型的样本数量很少，有必要对具有详细的时间和症状数据的患者以及从不同部位连续收集的样本进行进一步调查。
4.附件：
原文链接：
https://jamanetwork.com/journals/jama/article-abstract/2762997?resultClick=1
