《北京市疾病预防控制中心等对临床样本中SARS-CoV-2的病毒载量研究》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2020-02-29
  • 2月24日,The Lancet Infectious Diseases上发表了来自北京市疾病预防控制中心等研究团队的题为“Viral load of SARS-CoV-2 in clinical samples”的文章,该文章报告了从82个受感染者收集的不同类型的临床标本中得到的与病毒载量相关的发现,如痰液样本通常显示出比咽拭子样本更高的病毒载量;发病后早期的病毒载量很高等发现。
    新型冠状病毒暴发后往往采用实时RT-PCR分析确诊,但受感染患者的病毒动力学仍未完全确定。文章报告了从82个受感染者收集的不同类型的临床标本中得到的发现。从两位北京患者住院后(患者1,发病后3-12天;患者2,发病后4-15天)每天采集系列样本(咽拭子,痰液,尿液和粪便),通过N基因特异性定量RT-PCR测定法检测这些样本。症状发作后约5–6天,咽拭子和痰液样本中的病毒载量达到峰值,为10 4 copies/ml至10 7 copies/ml。病毒载量的这种变化模式与从SARS患者不同,后者通常在发病后10天左右达到高峰。痰液样本通常显示出比咽拭子样本更高的病毒载量。在这两名患者的尿液或粪便样本中未检测到病毒RNA。
    研究人员还研究了从不同感染阶段的80个人收集的呼吸道样本(鼻腔[n=1]和咽拭子[n=67]和痰液[n=42])。病毒载量范围为641 copies/ml至1.34×1011 copies/ml,其中喉咙样本的中位数为7.99×104 copies/ml,痰样本中的中位数为7.52×105 copies/ml。在本研究中测试的唯一鼻拭子样本(发病后第3天)显示病毒载量为1.69×105 copies/ml。总体而言,发病后早期的病毒载量很高(> 1×106copies/ml)。但是,从一名发病后第8天死亡的患者收集到痰标本也具有很高的病毒载量(1.34×1011 copies/ml)。值得注意的是,两名密切接触者在发病前一天的RT-PCR上显示出阳性结果,这表明被感染的人在出现症状之前就具传染性。
    在可用的30对咽拭子和痰样本中,病毒载量与两种类型的样本在1-3天(R2 = 0.50,p = 0.022)和4-7天(R2 = 0.93,p <0.001)和第7-14天(R2 = 0.95,p = 0.028)显著相关。
    从17例确诊病例的可用数据(发病后0-13天),RT-PCR分析结果显示有9个粪便样本(53%;发病后0-11天)呈阳性。尽管病毒载量小于呼吸道样本(550 copies/ml至1.21×105 copies/ml),但这也提醒处理粪便样本时应考虑采取预防措施。

  • 原文来源:https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(20)30113-4/fulltext
相关报告
  • 《2月24日_北京市疾病预防控制中心等对临床样本中SARS-CoV-2的病毒载量研究》

    • 来源专题:COVID-19科研动态监测
    • 编译者:zhangmin
    • 发布时间:2020-02-27
    • 1.时间:2020年2月24日 2.机构或团队:北京市疾病预防控制中心;北京市预防医学研究中心;首都医科大学;香港大学李嘉诚医学院 3.事件概要: 2月24日,The Lancet Infectious Diseases上发表了来自北京市疾病预防控制中心等研究团队的题为“Viral load of SARS-CoV-2 in clinical samples”的文章,该文章报告了从82个受感染者收集的不同类型的临床标本中得到的与病毒载量相关的发现,如痰液样本通常显示出比咽拭子样本更高的病毒载量;发病后早期的病毒载量很高等发现。 新型冠状病毒暴发后往往采用实时RT-PCR分析确诊,但受感染患者的病毒动力学仍未完全确定。文章报告了从82个受感染者收集的不同类型的临床标本中得到的发现。从两位北京患者住院后(患者1,发病后3-12天;患者2,发病后4-15天)每天采集系列样本(咽拭子,痰液,尿液和粪便),通过N基因特异性定量RT-PCR测定法检测这些样本。症状发作后约5–6天,咽拭子和痰液样本中的病毒载量达到峰值,为10 4 copies/ml至10 7 copies/ml。病毒载量的这种变化模式与从SARS患者不同,后者通常在发病后10天左右达到高峰。痰液样本通常显示出比咽拭子样本更高的病毒载量。在这两名患者的尿液或粪便样本中未检测到病毒RNA。 研究人员还研究了从不同感染阶段的80个人收集的呼吸道样本(鼻腔[n=1]和咽拭子[n=67]和痰液[n=42])。病毒载量范围为641 copies/ml至1.34×1011 copies/ml,其中喉咙样本的中位数为7.99×104 copies/ml,痰样本中的中位数为7.52×105 copies/ml。在本研究中测试的唯一鼻拭子样本(发病后第3天)显示病毒载量为1.69×105 copies/ml。总体而言,发病后早期的病毒载量很高(> 1×106copies/ml)。但是,从一名发病后第8天死亡的患者收集到痰标本也具有很高的病毒载量(1.34×1011 copies/ml)。值得注意的是,两名密切接触者在发病前一天的RT-PCR上显示出阳性结果,这表明被感染的人在出现症状之前就具传染性。 在可用的30对咽拭子和痰样本中,病毒载量与两种类型的样本在1-3天(R2 = 0.50,p = 0.022)和4-7天(R2 = 0.93,p <0.001)和第7-14天(R2 = 0.95,p = 0.028)显著相关。 从17例确诊病例的可用数据(发病后0-13天),RT-PCR分析结果显示有9个粪便样本(53%;发病后0-11天)呈阳性。尽管病毒载量小于呼吸道样本(550 copies/ml至1.21×105 copies/ml),但这也提醒处理粪便样本时应考虑采取预防措施。 4.附件: 原文链接 https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(20)30113-4/fulltext
  • 《不同类型临床样本中SARS-CoV-2的检测》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2020-03-19
    • 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所、首都医科大学北京地坛医院和青岛市疾病预防控制中心的科研人员在JAMA期刊在线发表题为“Detection of SARS-CoV-2 in Different Types of Clinical Specimens”的文章。 研究人员调查了SARS-CoV-2在COVID-19住院患者不同组织之间的生物分布,这些患者是根据症状和放射学诊断并通过SARS-CoV-2检测确诊的。选取从2020年1月1日至2月17日期间湖北、山东和北京的3所医院根据临床指征收集样本的患者,入院后1至3天从大多数患者中收集咽拭子,整个疾病期间都采集了血液、痰液、粪便、尿液和鼻腔样本。从患有严重疾病或进行机械通气的患者中取样支气管肺泡灌洗液和纤维支气管镜刷式活检。从临床样本中提取RNA并通过针对SARS-CoV-2的开放阅读框1ab gene的rRT-PCR进行测定,rRT-PCR的循环阈值用作检测样本中SARS-CoV-2 RNA拷贝数的指标,循环阈值越低对应的病毒拷贝数越高,小于40的循环阈值被解释为SARS-CoV-2 RNA阳性。研究人员培养了四个高拷贝数的SARS-CoV-2阳性粪便样本,然后进行电子显微镜检测活病毒,探索了亚组患者在住院期间收集的多个样本的模式。 该研究结果显示,从205例COVID-19患者中收集了1070个样本,这些患者的平均年龄为44岁(5岁-67岁),男性占比68%。大多数患者发烧、干咳和疲劳,19%的患者患有严重疾病。支气管肺泡灌洗液样本的阳性率最高(14/15;93%),其次是痰(72/104;72%),鼻拭子(5/8;63%),纤维支气管镜刷活检(6/13;46%),咽拭子(126/398;32%),粪便(44/153;29%)和血液(3/307;1%)。72个尿液样本均未检测出阳性。除鼻拭子外,所有样本类型的循环阈值均超过30(<2.6×104拷贝数/mL),平均循环阈值为24.3(1.4×106拷贝数/mL),表明病毒载量更高。20名患者同时采集了2至6个样本,在6名患者(呼吸道样本,粪便或血液)的单个样本中检测到病毒RNA,而7名患者在呼吸道样本和粪便(n=5)或血液(n=2)中排泄了病毒,在粪便样本中观察到2名没有腹泻的患者的活SARS-CoV-2。 研究讨论:从205名COVID-19患者多个部位的样本中检测到SARS-CoV-2,其中下呼吸道样品最常检测出该病毒呈阳性。更重要的是,在粪便中检测到活病毒,这表明SARS-CoV-2可能通过粪便途径传播。一小部分血液样本的PCR检测结果呈阳性,这表明感染有时可能是全身性的。病毒通过呼吸道和呼吸道外途径的传播可能有助于解释疾病的迅速传播。此外,从多个位置测试样本可能会提高灵敏度并减少假阴性测试结果。两项较小的研究报告了湖北省16例患者的肛门或口腔拭子和血液中存在SARS-CoV-2,17例确诊病例的咽拭子和痰中存在病毒载量。该研究的局限性包括一些患者没有可用的详细临床信息,因此数据无法与症状或病程相关,并且某些类型的样本数量很少,有必要对具有详细的时间和症状数据的患者以及从不同部位连续收集的样本进行进一步调查。