《武汉地区与人类严重呼吸系统疾病相关的一种新型冠状病毒的全基因组特征解析》

  • 来源专题:实验室生物安全
  • 编译者: 张虎
  • 发布时间:2020-02-07
  • 内 容:作者研究了7名在疑似病毒起源的海鲜市场上工作的患者,并从一名表现出严重的呼吸系统综合症(包括发烧、头晕和咳嗽)的患者中收集了支气管肺泡灌洗液(BALF)。该患者于2019年12月26日入住武汉市中心医院。利用宏转录组测序中鉴定出冠状病毒科的一种新型RNA病毒称为WH-Human-1冠状病毒(WHCV)。对完整病毒基因组(29,903个核苷酸)的系统进化分析表明,WHCV与一组先前从蝙蝠中取样的严重急性呼吸综合征(SARS)样冠状病毒(Betacoronavirus属,Sarbecovirus亚属)最紧密相关(89.1%核苷酸相似性)。

  • 原文来源:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.24.919183v2
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    • 1.时间:2020年2月3日 2.机构或团队:复旦大学上海公共卫生临床中心和公共卫生学院,华中科技大学同济医学院附属武汉市中心医院心肺危重病科,武汉市疾病预防控制中心,中国疾病预防控制中心国家传染病预防控制所,悉尼大学生命与环境科学学院与医学学院等 3.事件概要: Nature期刊发表论文“A new coronavirus associated with human respiratory disease in China”。 文章指出,重症急性呼吸综合征(SARS)和寨卡病毒(Zika)等新兴传染病对公共卫生构成了重大威胁,尽管进行了广泛的研究,但是新疾病如何出现、何时何地出现仍然不确定。最近在中国湖北省武汉市报告了一种严重的呼吸系统疾病,自第一位患者于2019年12月12日住院以来,截至2020年1月25日,已报告至少1,975例病例。流行病学调查表明,此次暴发与武汉的海鲜市场有关。科研人员研究了一名在市场上工作的患者,该患者于2019年12月26日入住武汉市中心医院,患有严重的呼吸系统综合症,包括发烧、头晕和咳嗽,通过对其支气管肺泡灌洗液样品的超基因组RNA测序,从冠状病毒科中鉴定了一种新型RNA病毒,在此设计为WH-Human-1冠状病毒。科研人员对完整病毒基因组(29,903个核苷酸)的系统进化分析表明,该病毒与一组SARS样冠状病毒(Betacoronavirus属,Sarbecovirus亚属)最相似(89.1%核苷酸相似性)。这次疫情突出表明,病毒从动物身上溢出的能力正在引起人类严重疾病。 4.附件: 原文链接:https://www.nature.com/articles/s41586-020-2008-3
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    • 【蝙蝠可能是WHCV的宿主。但是,由于首次报告该病时市场上有多种动物在出售,因此需要更多的工作来确定WHCV的天然宿主和任何中间宿主。】 发表时间:2020年1月25日 发表团队和机构:复旦大学、同济医学院武汉市中心医院、武汉市疾病预防控制中心、中国疾病预防控制中心传染病预防控制所、悉尼大学玛丽·巴希尔传染病与生物安全研究所 作者:Fan Wu, Su Zhao, Bin Yu, Yan-Mei Chen, Wen Wang, Yi Hu, Zhi-Gang Song, Zhao-Wu Tao, Jun-Hua Tian, Yuan-Yuan Pei, Ming-Li Yuan, Yu-Ling Zhang, Fa-Hui Dai, Yi Liu, Qi-Min Wang, Jiao-Jiao Zheng, Lin Xu, Edward C Holmes, Yong-Zhen Zhang 文章主要内容如下: 通过组装分析,一个最长的重叠群具有很高的丰度,并且与蝙蝠SARS样冠状病毒分离株bat-SL-CoVZC45(GenBank登录号MG772933)密切相关,一致性为89.1%。将该新病毒命名为WH-1型冠状病毒(WH-Human 1 coronavirus, WHCV)(也称为“ 2019-nCoV”),其整个基因组序列(29,903 nt)GenBank登录号MN908947。 为了确定WHCV与先前鉴定的冠状病毒之间的进化关系,研究人员基于整个基因组序列的核苷酸序列,非结构蛋白基因ORF1a和1b以及主要结构估算了系统发育树。在所有系统发育中,WHCV都与Sarbecovirus亚属成员聚集在一起。但是,基于不同基因的系统发育树,WHCV在Sarbecovirus亚型内的拓扑位置改变,这暗示了该病毒具有重组历史。 为了更好地了解WHCV感染人类的潜力,研究人员将其刺突蛋白的受体结合结构域(RBD)与SARS-CoV和蝙蝠SARS样冠状病毒中的受体结合结构域进行了比较。WHCV的RBD序列与SARS-CoV的RBD序列(73.8%-74.9%氨基酸一致性和SARS样冠状病毒的RB4874、Rs7327和Rs4231毒株(75.9%-76.9%氨基酸一致性)密切相关,这些冠状病毒均可以利用ACE2受体进入细胞。并且,与序列比对一致,WHCV的三位预测结构也与SARS-CoV的蛋白质结构密切相关,这些数据表明WHCV可以有效地利用ACE2受体进入细胞,可能促进人对人的传播。 WHCV与蝙蝠冠状病毒最密切相关,甚至nsp7和E蛋白中与Bat-SL-CoVZC45表现出100%的氨基酸相似性。