《有关植物进化和物种起源的新数据》

  • 来源专题:生物安全网络监测与评估
  • 编译者: yanyf@mail.las.ac.cn
  • 发布时间:2019-11-01
  • 当今世界上有超过500,000种植物。它们都是从一个共同的祖先演变而来的。目前尚不清楚这种生物多样性飞跃如何发生。在即将出版的《自然》杂志上,一个国际研究团队,包括马丁·路德大学的哈雷·威登伯格的科学家,展示了有关植物进化的独特项目的结果。该团队利用来自1,147个物种的遗传数据,为迄今为止的绿色植物创建了最全面的进化树。

    植物的历史和进化可以追溯到大约十亿年前。藻类是最早利用叶绿体利用太阳能的生物。换句话说,它们是最早进行光合作用的植物生物。如今,有超过500,000种植物,包括水生和陆生植物。在《自然》杂志上进行的这项新研究的目的是揭示这种发展的遗传基础。 “几亿年前,一些物种开始出现并进化。但是,今天,我们有了回顾过去的工具,”当时农业和营养科学研究所的植物生理学家Marcel Quint教授解释说。 MLU。

    Quint领导着同样来自MLU的生物信息学家Ivo Grosse教授领导的一个子项目,该项目是“千植物转录组计划”的一部分,该计划是一个由200名研究人员组成的全球网络。该小组收集了1147种陆地植物和藻类物种的样本,以分析每种生物的全基因组基因表达模式(转录组)。利用这些数据,研究人员重建了植物的进化发育和单个物种的出现。他们的重点是迄今为止尚未在此水平上进行研究的植物物种,包括众多藻类,苔藓和开花植物。

    “这是一个非常特殊的项目,因为我们不仅分析了1000多种植物的单个成分,还分析了完整的转录组,为我们的发现提供了更为广阔的基础,” Ivo Grosse解释说。由MLU科学家领导的子项目研究了植物中大型基因家族的发展和扩展。 “这些基因家族中的一些已经在数百万年的过程中复制了。这个过程可能是植物进化的催化剂:拥有更多的遗传物质可能会释放出新的能力和全新的特征,” Marcel Quint说。该项目的主要目标之一是确定遗传重复与植物界的关键创新之间的潜在联系,例如花卉和种子的发育。 Quint和Grosse与来自马尔堡,耶拿和科隆的大学以及位于普隆的马克斯·普朗克进化生物学研究所的科学家合作进行了研究。大多数分析是由Ivo Grosse实验室的博士生Martin Porsch进行的。

    研究人员使用综合数据集为植物创建了新的进化树。它表明,我们先前对植物进化的假设之一是不正确的:“我们曾经认为最大的遗传扩展发生在向开花植物的过渡过程中。毕竟,该群体包含了当今大多数现有的植物物种。”马丁·波许(Martin Porsch)说。但是,新数据表明,这种生物多样性扩展的遗传基础已经建立得很早。 “从水生植物到陆生植物的转变是所有进一步基因发展的起点。这种发展是植物面临的最大挑战,因此他们比以往任何时候都需要更多的基因创新,” Porsch继续说道。总结说:“在过渡期之后,达到平稳状态后,我们发现了遗传多样性的巨大增加。从那时起,几乎所有的遗传物质都可用来驱动进化进程并产生我们今天看到的生物多样性。”伊沃·格罗斯(Ivo Grosse)。根据研究人员的说法,开花植物的大规模扩张只是在数百万年后才开始,因为除其他外,长期以来缺乏合适的环境条件。此外,由于进化不是有计划的过程,因此某些遗传潜能只是在很久以后才显现出来,或者根本没有显现出来。

相关报告
  • 《“大数据”可能有助于解决有关植物多样性和进化的长期问题》

    • 来源专题:外来生物入侵
    • 编译者:王成卓
    • 发布时间:2019-01-14
    • 利用“大数据”可以帮助预测植物在这个日益由人类主导的星球上的生存状况。美国佛罗里达自然历史博物馆(Florida Museum of Natural History)的研究人员发出“行动呼吁”,呼吁利用大数据来解决有关植物多样性和进化的长期问题。在《自然植物》(Nature Plants)杂志上发表的一篇评论文章中,科学家敦促他们的同事在研究中利用大量开放获取的数据资源,并通过填补剩余的数据缺口来帮助这些资源的增长。佛罗里达博物馆馆长道格·索蒂斯(Doug Soltis)说:“利用大数据在全球范围内解决主要的生物多样性问题具有巨大的现实意义,从保护工作到预测和缓冲气候变化的影响。”利用这些工具和应用的时机已经成熟,不仅适用于植物,而且适用于所有生物群体。数据资源为科学家和自然资源保护者提供了关于地球上生命的过去、现在和未来的丰富信息。随着这些数据库的增长,不仅需要分析而且需要连接大量数据集的计算工具也在增长。通过大数据,科学家可以更清晰地了解全球植物的整体健康状况,及时诊断,制定正确的治疗方案。
  • 《昆明植物所在旧世界热带木本竹类起源和形态性状演化研究中取得新进展》

    • 来源专题:生物育种
    • 编译者:季雪婧
    • 发布时间:2024-09-04
    •     竹类植物是竹亚科(Bambusoideae)植物的统称,与早熟禾亚科(Poideae)(如小麦)以及稻亚科(Oryzoideae)(如水稻)共同构成BOP分支。竹亚科是禾本科物种多样性最丰富的亚科之一,共分为三个族,分别为代表草本竹类的莪利竹族(Olyreae),代表温带木本竹类的青篱竹族(Arundinarieae)和代表热带木本竹类的箣竹族(Bambuseae),其中箣竹族分为旧世界热带木本竹类(Paleotropical woody bamboos,PWB)和新世界热带木本竹类(Neotropical woody bamboos,NWB)两个分支。PWB分支约有53属560种,分布于亚洲、非洲、大洋洲的热带和亚热带地区。该分支的种类生长快速,生物量大,是重要的森林资源、优良的园林绿化和观赏植物,并具有很高的生态价值。同时,PWB也是一个形态上和适应性高度异质化的类群,能够适应多种生境并有独特且复杂的形态分化,涵盖了木本竹特有的多种形态性状,是最能体现木本竹丰富形态多样化的一个单系类群。其中包含世界上已知最大的竹种巨龙竹Dendrocalamus sinicus?L.C. Chia & J.L. Sun,其秆直径可达30cm,高可达38m;竹秆含水量最高的竹子(肉质多浆的竹子)Laobambos?calcareus?Haev.,Lamxay & D.Z. Li,以应对其自然生境的极端季节性干旱;“籐本”竹类DinochloaBuse和Sokinochloa?S. Dransf.生长在热带雨林,能够缠绕并攀爬上林中的大树;单枝竹属BoniaBalansa和TemochloaS. Dransf.能够适应石灰岩生境;梨竹属Melocanna Trin.的竹种果实肉质化明显,能够结出大如梨状的颖果等等。因此,开展对PWB分支形态性状演化的研究,有助于我们朝着最终解析竹类植物独有的生物学问题迈出重要一步,还将推动整个禾本科演化历史和适应性的研究。     由于PWB分支形态特征高度复杂,且大多种开花周期长(可达到120年),导致其花果标本常常难以获取,因此,该分支的分类大部分依据形态学特征,如:地下茎、分枝及秆箨等,但部分营养器官特征容易受到环境的影响产生较大的变异,且早期的竹子标本大多不完整。随着野外调查和采集的深入,该类群近几年仍不断有新的属、种被发现。目前,随着分子生物学的发展,越来越多的人结合经典分类学和分子生物学手段来对竹亚科进行系统学研究。由于PWB分布较广,且有很多局域分布的特有属,先前分子系统学的研究取样有限,导致其内部亚族的划分以及属间的关系仍旧混乱,在亚族和属的水平,尚有很多问题亟待澄清。此外,以前对PWB分支开展的分子系统学研究也存在一些不足,难以建立其系统发育框架并探讨该分支的起源与形态演化。     中国科学院昆明植物研究所李德铢团队在扩大取样的基础上,基于优化的简化基因组测序(MiddRAD-seq)技术,利用大量SNPs数据重建了PWB分支基于32属180个代表种(含外类群5个属的5个代表种)共208个个体取样的系统发育框架和时空演化历史,并探索了习性、花序类型和颖果类型与气候、土壤和地形等41个环境因子的关系。研究发现,PWB冠群在渐新世-中新世之交开始分化,先后形成了Melocanninae、Racemobambosinae s.l.(包括Dinochloinae,Greslanlinae,Racemobambosinae s.str.和Temburongiinae)、Hickeliinae以及Bambusinae?s.l.?(包含Bambusinae s.str.和Holttumochloinae)四个主要分支(亚族)(图1、2),其祖先具有直立的习性、续次性发生花序和基础型颖果类型,且在PWB多样化的过程中,攀缘习性、一次性发生花序、坚果型/梨果型颖果等性状经历了多次演变(图2)。这三种性状的演变都与气候、地形和土壤具有一定的相关性(图3),因此,PWB分支形态性状的演化可能受到气候、地形和土壤多因素的影响。总体来看,三个形态性状的演化与气候因子的相关性最强,其次是地形因子,与土壤因子的相关性最弱。相对而言,直立生活习性以及梨果状颖果的演化受地形因子的影响较为明显,坚果状颖果演化则主要受气候因子的影响,与土壤因子和地形因子之间的相关性非常弱。该研究还分析了影响每种形态性状演化的关键环境因子以及两者之间的关系,并预测了可能有助于不同形态性状演化的生态位特征,例如:年平均太阳辐射(Srad)\最暖季降水量(Bio18)\年平均湿润频率(Wet)与一次性发生花序的演化呈正相关,而与续次性发生花序的演化呈负相关,表明花序类型的演化可能与生态位的湿度更相关,且续次性发生花序所在生态位的土壤有机碳含量(Soc)偏高等。该研究结果首次利用大量核基因数据解析了PWB分支的系统发育框架和时空演化历史,并从多环境因子的角度探讨了形态性状的适应性演化,为深入理解整个竹亚科起源、演化以及环境适应性有重要理论价值,也为今后竹亚科乃至禾本科的生态学和进化研究提供了新的视角。     研究结果以The origin and morphological character evolution of the paleotropical woody bamboos为题近日发表在植物学综合性学术期刊Journal of Integrative Plant Biology上。中国西南野生生物种质资源库刘泾霞助理研究员为论文第一作者,李德铢研究员为论文通讯作者。该研究得到国家自然科学基金项目(32120103003,31970355,32300206)、云南省重点研发计划项目(202103AC100003)和云南省博士后定向培养项目的资助。