《Nature | 反向代谢组学用于人类化学结构的发现》

  • 来源专题:战略生物资源
  • 编译者: 李康音
  • 发布时间:2023-12-08
  • 2023年12月5日,加州大学圣地亚哥分校等机构的研究人员在Nature发表题为Reverse metabolomics for the discovery of chemical structures from humans的文章。

    确定在非靶向代谢组学实验中检测到的分子的结构和表型背景仍然具有挑战性。该研究将反向代谢组学作为一种发现策略,其中从新合成的化合物中获取MS/MS谱,并在公共代谢组学数据中进行搜索以发现表型关联。为了证明该概念,研究人员广泛地合成并探索了人类中的多种代谢物-N-酰基酰胺,羟基脂肪酸的脂肪酸酯,胆汁酸酯和共轭胆汁酸。

    使用库规模分析,研究人员发现一些结合胆汁酸与炎症性肠病 (IBD) 有关。使用四个不同的人IBD队列进行验证,研究人员发现在克罗恩病中Glu、Ile/Leu、Phe、Thr、Trp和Tyr缀合的胆酸升高。这些化合物和相关结构中的几种已显示出影响与炎症性肠病相关的途径,例如CD4 T细胞和PXR激动剂中的干扰素-γ 产生。属于双歧杆菌,梭菌属和肠球菌属的细菌能够在培养时产生这些胆汁酰胺化物。因为用MS/MS谱搜索储存库最近才成为可能,所以现在可以采用反向代谢组学方法作为从人类和动物生态系统中发现其他分子的一般策略。


  • 原文来源:https://www.nature.com/articles/s41586-023-06906-8
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    • 来源专题:战略生物资源
    • 编译者:李康音
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    • 2024年4月24日,美国Vividion Therapeutics的研究人员在Nature杂志发表了题为Chemoproteomic discovery of a covalent allosteric inhibitor of WRN helicase的文章。 WRN螺旋酶是治疗微卫星不稳定(MSI)癌症的一个前景广阔的靶点,因为它在解决错配修复机制失效的细胞中积累的有害非规范DNA结构方面发挥着至关重要的作用。目前还没有直接针对人类 DNA 或 RNA 螺旋酶的获批药物,部分原因是开发针对这类蛋白的强效选择性化合物具有挑战性。 该研究介绍了通过化学蛋白质组学发现的处于临床阶段的 WRN 共价异位抑制剂 VVD-133214。这种化合物可选择性地与位于螺旋酶结构域区域的半胱氨酸(C727)结合,该区域在 DNA 解旋过程中会发生结构域间移动。VVD-133214 与核苷酸协同结合 WRN 蛋白,稳定了缺乏适当螺旋酶功能所需的动态灵活性的紧凑构象,导致 MSI-高(MSI-H)细胞(而非微卫星稳定细胞)出现广泛的双链 DNA 断裂、核肿胀和细胞死亡。该化合物在小鼠体内耐受性良好,在多个MSI-H结直肠癌细胞系和患者衍生异种移植模型中可导致肿瘤的显著消退。 该工作显示了一种抑制 WRN 功能的异构方法,它可以规避癌细胞中内源性 ATP 辅因子的竞争,并将 VVD-133214 定义为治疗 MSI-H 癌症患者的一种有前途的候选药物。
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    • 编译者:李康音
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    • 2024年1月29日,华盛顿大学西雅图分校医学院的研究人员在Cell发表题为A 25-year odyssey of genomic technology advances and structural variant discovery的文章。 该观点侧重于过去 25 年基因组技术的进步及其对人类遗传学领域种系变异发现的影响。该领域见证了从微阵列到短读长测序再到现在的长读长测序的巨大技术进步。每种技术都提供了对不同类别的人类遗传变异的全基因组访问。现在,研究人员即将首次通过单一检测对所有形式的变异进行全面变异检测。研究人员预测,这种转变将进一步改变我们对人类健康和生物学的理解,更重要的是,为塑造我们基因组的动态突变过程提供新的见解。