《一条分子股线打出三种拓扑“结”》

  • 来源专题:中国科学院文献情报制造与材料知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者: 冯瑞华
  • 发布时间:2020-09-01
  • 近日,华东师范大学化学与分子工程学院教授李大为(David A. Leigh)团队在分子拓扑学研究领域获突破性进展。研究团队首次利用单一分子股线,通过模拟分子伴侣蛋白诱导蛋白折叠的过程,实现了三种不同分子拓扑结构的构筑,完全区别于此前该领域报道的一种合成方法对应一种拓扑结构的策略,拓展了分子拓扑学研究拓扑类蛋白功能及构象关系的潜力。相关研究成果近日在线发表于《自然》。

    此前,李大为课题组已经报道了利用金属模板构筑多种单分子结结构的工作,但仍缺乏用一条分子链构筑多种结的策略。针对这一科学问题,受伴侣蛋白机制启发,李大为团队设计了具有不同模板络合能力的单一分子链结构,并通过调整相互正交的过渡金属离子和镧系金属离子模板添加过程,利用点手性诱导可以准确构筑具有单一拓扑手性的分子结52、大环01和31结三种拓扑异构体。

    “这三种拓扑结构中,52结的存在对称度较低,这也是科学家首次报道该拓扑结构的合成策略。”李大为告诉《中国科学报》。

    其中,分子结52的构筑包含四步。首先配体L1与Cu(I)配位形成两种金属络合物ΛCu和ΔCu;随后利用配体中点手性诱导,使得其中的一种构型ΛCu络合物与Lu(III)形成开链52结;再通过关环、脱金属模板得到目标52结。需要指出的是,分子结52的合成不受热力学控制,不同的金属离子添加顺序会产生不同结果。

    由于该结构内部存在正交的金属配位位点,因此在所形成31结内,通过改变金属模板,可以实现结结构的运动,而这也是首次在单分子结结构中实现结点流动,为后续研究蛋白类结结构运动提供了可行性方案。

    李大为表示,在该工作中,单分子股线构筑不同分子结结构在分子层面模拟了分子伴侣蛋白诱导蛋白质折叠的过程,这不仅为未来构筑复杂拓扑结构提供了新思路,也为进一步研究蛋白类结结构奠定了基础。

    相关论文信息:https://doi.org/10.1038/s41586-020-2614-0

  • 原文来源:http://paper.sciencenet.cn/sbhtmlnews/2020/8/357417.shtm?id=357417
相关报告
  • 《首个三维光学拓扑绝缘体问世》

    • 来源专题:中国科学院文献情报制造与材料知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:冯瑞华
    • 发布时间:2019-01-11
    • 光沿直线传播,这是很常识的一句话。但,科学家有办法让光拐弯。浙江大学和新加坡南洋理工大学的科学家合作构建出世界上首个三维光学拓扑绝缘体,在三维材料的“高速公路”上,一束光跑出了“Z”字形。10日凌晨,该成果在《自然》杂志发表。 拓扑绝缘体是一种表面导电,内部绝缘的材料。电子在芯片里的运动,就像一辆辆跑车在集市里行驶,不断地碰撞,产生热量。拓扑绝缘体就像为电子建立了高速公路,让电子在一条条“单向车道”上运行。 受到拓扑绝缘体的启发,科学家提出了光学拓扑绝缘体,试图将拓扑绝缘体的神奇特性拓展到光学系统。而在此前,光学拓扑绝缘体的实验研究长期局限于二维空间。 对此,科研人员设计了一种由多个开口谐振器构成的单元结构,具有很强的电磁双各向异性特性,是宽频带三维光学拓扑绝缘体实验得以成功的关键。 最终,联合课题组首次实现了三维光学拓扑绝缘体,它具有宽频带拓扑能隙。这种三维光学拓扑绝缘体,可以用印刷电路板技术制作完成。经课题组验证,由于表面光子受到该材料的拓扑保护,光子在传输过程中,不被杂质、缺陷或者拐角影响,成功避免了光因发生散射导致信息耗散的问题。 “这项研究或可应用于三维拓扑光学集成电路、拓扑波导、光学延迟线、拓扑激光器以及其他表面电磁波的调控器件。”浙江大学信息与电子工程学院教授陈红胜说,对其它波色子系统(如声子及冷原子等)中三维拓扑绝缘体的实现也将有所启发。 这或许是人类向光子芯片、光子计算机迈出的一步。未来,在微小的光子芯片里,光携带着信息在纵横交错的高速公路上奔跑,创造着更快更好的世界。
  • 《DNA只是数百万种可能的遗传分子中的一种》

    • 来源专题:可再生能源
    • 编译者:pengh
    • 发布时间:2019-11-12
    • 生物学将信息编码为DNA和RNA,这些信息是根据其功能微调的复杂分子。但是,它们是存储遗传分子信息的唯一方法吗?一些科学家认为,我们所知道的生命不可能在核酸存在之前就已经存在。因此,了解它们如何在原始地球上存在是基础研究的基本目标。核酸在生物信息流中的核心作用也使其成为药物研究的关键目标,而模仿核酸的合成分子构成了许多治疗包括HIV在内的病毒性疾病的基础。其他类似核酸的聚合物是已知的,但是关于遗传信息存储的可能替代方案仍然是很多未知的。东京工业大学地球生命科学研究所(ELSI),德国航空航天中心(DLR)和埃默里大学的科学家使用复杂的计算方法,探索了核酸类似物的“化学邻域”。令人惊讶的是,他们发现了超过一百万种变体,表明与药理学,生物化学和了解生命起源的努力相关的广阔的,尚未探索的化学领域。这项研究揭示的分子可以进一步修饰以产生数亿潜在的药物线索。 核酸最早是在19世纪发现的,但是直到20世纪,科学家们才了解它们的组成,生物学作用和功能。 Watson和Crick在1953年发现了DNA的双螺旋结构,为生物学和进化功能提供了简单的解释。地球上所有的生物都将信息存储在DNA中,该信息由两条聚合物链组成,就像一条杖一样,彼此缠绕,彼此互补。将股线拉开时,在任一模板上复制补体将产生原始模板的两个副本。 DNA聚合物本身由一系列“字母”组成,碱基包括腺嘌呤(A),鸟嘌呤(G),胞嘧啶(C)和胸腺嘧啶(T),并且生物体已经进化出各种方法来确保适当的序列字母几乎总是在DNA复制过程中复制的。碱基序列被蛋白质复制到RNA中,然后被读入蛋白质序列。蛋白质本身可以实现许多精细的化学过程,使生命成为可能。在DNA复制过程中,偶尔会发生一些小错误,而某些其他错误有时是由环境诱变剂引起的。这些小错误是自然选择的饲料:其中一些错误会导致序列产生更适合的有机体,尽管大多数影响不大。然而,许多人可以证明是致命的。新序列有利于宿主存活的能力是“棘轮”,使生物学能够适应不断变化的环境挑战。这是万花筒从卑鄙的细菌到老虎的生物形态万花筒的根本原因:核酸中存储的信息允许生物学中的“记忆”。但是,DNA和RNA是存储此信息的唯一方法吗?或者,也许它们只是最好的方法,只有经过数百万年的进化修补后才发现? “生物学中有两种核酸,也许有20或30种有效的核酸结合核酸类似物。我们想知道是否还有一个,甚至还有一百万个。答案是,似乎ELSI教授Jim Cleaves说。 尽管生物学家不认为它们是生物,但是病毒也使用核酸来存储其遗传信息,尽管有些病毒使用RNA(DNA上的微小变异)作为分子存储系统。 RNA与DNA的区别在于存在单个原子取代,但总的来说,RNA的作用与DNA相似。值得注意的是,这两个分子实际上是地球上各种令人难以置信的生物中唯一使用的分子。 生物学家和化学家一直想知道为什么会这样。这些是唯一可以执行此功能的分子吗?如果不是,那也许是最好的吗?是否有其他分子曾经在进化过程中扮演过这个角色,后来被选择灭绝了? 长期以来,核酸在生物学中的重要地位也使它们成为化学家的药物靶标。如果药物可以抑制生物体或病毒产生类似传染性后代的能力,则可以有效杀死该生物体或病毒。掩盖生物或病毒的遗传是杀死它的好方法。幸运的是,在每个生物体中管理核酸复制的细胞机制都略有不同,而在病毒中则常常大不相同。 具有大型基因组的生物(如人类)在复制其遗传信息时需要非常小心,因此在复制核酸时要避免选择错误的前体时要非常有选择性。相反,通常具有较小基因组的病毒更能容忍使用相似但略有不同的分子进行自我复制。这意味着类似于核酸组成部分的化学物质(称为核苷酸)有时会比另一种生物更损害一种生物的生物化学。当今使用的大多数重要抗病毒药物都是核苷酸或核苷类似物,包括那些用于治疗HIV,疱疹和病毒性肝炎的药物。许多重要的抗癌药物也是核苷酸或核苷类似物,因为癌细胞有时会发生突变,使它们以不寻常的方式复制核酸。 “试图了解遗传的本质以及如何将其体现出来,这是人们可以做的最基础的研究,但它也有一些非常重要的实际应用,”前ELSI和现为南京大学教授。 由于大多数科学家认为生物学的基础是可遗传的信息,如果没有遗传信息,就不可能进行自然选择,因此研究生命起源的进化科学家也致力于从可能自发发生在原始地球上的简单化学物质制造DNA或RNA的方法。大多数科学家认为,出于微妙的化学原因,RNA比DNA早进化。因此,DNA比RNA稳定得多,DNA成为生命的硬盘。然而,在1960年代的研究很快将理论起源领域一分为二:将RNA视为对生物学起源问题的简单“奥卡姆剃刀”答案的人,以及将RNA视为生物学合成基础的许多纽带。 RNA仍然是一个复杂的分子,在结构上更简单的分子可能在它出现之前就已经发挥了作用。 共同作者,埃默里大学化学家杰伊·古德温博士说:“考虑到基于这些类似核苷的替代遗传系统的潜力-可能在不同的环境中出现和进化,甚至是在其他环境中出现和进化,真是令人兴奋。这些替代的遗传系统可能将我们对生物学的“中心教条”的概念扩展到新的进化方向,以应对地球上日益严峻的环境,并具有强大的适应性。” 哪个分子先出现?是什么使RNA和DNA独一无二?通过在实验室中物理制备分子来探索这些基本问题是困难的。另一方面,在制造分子之前先对其进行计算可能会为化学家节省大量时间。共同作者马库斯·梅林格(Markus Meringer)博士说:“我们对这种计算的结果感到惊讶。” “很难先验地估计出有超过一百万个类似支架的核酸。现在我们知道了,我们可以开始在实验室中测试其中的一些核酸了。” “绝对令人着迷的是,通过使用现代计算技术,我们可能会在寻找可以存储遗传信息的DNA和RNA的替代分子时偶然发现新药。正是这种跨学科研究使科学具有挑战性和乐趣。但仍然具有影响力。”合著者埃默里大学的彼得·伯格博士说。