《DNA只是数百万种可能的遗传分子中的一种》

  • 来源专题:可再生能源
  • 编译者: pengh
  • 发布时间:2019-11-12
  • 生物学将信息编码为DNA和RNA,这些信息是根据其功能微调的复杂分子。但是,它们是存储遗传分子信息的唯一方法吗?一些科学家认为,我们所知道的生命不可能在核酸存在之前就已经存在。因此,了解它们如何在原始地球上存在是基础研究的基本目标。核酸在生物信息流中的核心作用也使其成为药物研究的关键目标,而模仿核酸的合成分子构成了许多治疗包括HIV在内的病毒性疾病的基础。其他类似核酸的聚合物是已知的,但是关于遗传信息存储的可能替代方案仍然是很多未知的。东京工业大学地球生命科学研究所(ELSI),德国航空航天中心(DLR)和埃默里大学的科学家使用复杂的计算方法,探索了核酸类似物的“化学邻域”。令人惊讶的是,他们发现了超过一百万种变体,表明与药理学,生物化学和了解生命起源的努力相关的广阔的,尚未探索的化学领域。这项研究揭示的分子可以进一步修饰以产生数亿潜在的药物线索。

    核酸最早是在19世纪发现的,但是直到20世纪,科学家们才了解它们的组成,生物学作用和功能。 Watson和Crick在1953年发现了DNA的双螺旋结构,为生物学和进化功能提供了简单的解释。地球上所有的生物都将信息存储在DNA中,该信息由两条聚合物链组成,就像一条杖一样,彼此缠绕,彼此互补。将股线拉开时,在任一模板上复制补体将产生原始模板的两个副本。 DNA聚合物本身由一系列“字母”组成,碱基包括腺嘌呤(A),鸟嘌呤(G),胞嘧啶(C)和胸腺嘧啶(T),并且生物体已经进化出各种方法来确保适当的序列字母几乎总是在DNA复制过程中复制的。碱基序列被蛋白质复制到RNA中,然后被读入蛋白质序列。蛋白质本身可以实现许多精细的化学过程,使生命成为可能。在DNA复制过程中,偶尔会发生一些小错误,而某些其他错误有时是由环境诱变剂引起的。这些小错误是自然选择的饲料:其中一些错误会导致序列产生更适合的有机体,尽管大多数影响不大。然而,许多人可以证明是致命的。新序列有利于宿主存活的能力是“棘轮”,使生物学能够适应不断变化的环境挑战。这是万花筒从卑鄙的细菌到老虎的生物形态万花筒的根本原因:核酸中存储的信息允许生物学中的“记忆”。但是,DNA和RNA是存储此信息的唯一方法吗?或者,也许它们只是最好的方法,只有经过数百万年的进化修补后才发现?

    “生物学中有两种核酸,也许有20或30种有效的核酸结合核酸类似物。我们想知道是否还有一个,甚至还有一百万个。答案是,似乎ELSI教授Jim Cleaves说。

    尽管生物学家不认为它们是生物,但是病毒也使用核酸来存储其遗传信息,尽管有些病毒使用RNA(DNA上的微小变异)作为分子存储系统。 RNA与DNA的区别在于存在单个原子取代,但总的来说,RNA的作用与DNA相似。值得注意的是,这两个分子实际上是地球上各种令人难以置信的生物中唯一使用的分子。

    生物学家和化学家一直想知道为什么会这样。这些是唯一可以执行此功能的分子吗?如果不是,那也许是最好的吗?是否有其他分子曾经在进化过程中扮演过这个角色,后来被选择灭绝了?

    长期以来,核酸在生物学中的重要地位也使它们成为化学家的药物靶标。如果药物可以抑制生物体或病毒产生类似传染性后代的能力,则可以有效杀死该生物体或病毒。掩盖生物或病毒的遗传是杀死它的好方法。幸运的是,在每个生物体中管理核酸复制的细胞机制都略有不同,而在病毒中则常常大不相同。

    具有大型基因组的生物(如人类)在复制其遗传信息时需要非常小心,因此在复制核酸时要避免选择错误的前体时要非常有选择性。相反,通常具有较小基因组的病毒更能容忍使用相似但略有不同的分子进行自我复制。这意味着类似于核酸组成部分的化学物质(称为核苷酸)有时会比另一种生物更损害一种生物的生物化学。当今使用的大多数重要抗病毒药物都是核苷酸或核苷类似物,包括那些用于治疗HIV,疱疹和病毒性肝炎的药物。许多重要的抗癌药物也是核苷酸或核苷类似物,因为癌细胞有时会发生突变,使它们以不寻常的方式复制核酸。

    “试图了解遗传的本质以及如何将其体现出来,这是人们可以做的最基础的研究,但它也有一些非常重要的实际应用,”前ELSI和现为南京大学教授。

    由于大多数科学家认为生物学的基础是可遗传的信息,如果没有遗传信息,就不可能进行自然选择,因此研究生命起源的进化科学家也致力于从可能自发发生在原始地球上的简单化学物质制造DNA或RNA的方法。大多数科学家认为,出于微妙的化学原因,RNA比DNA早进化。因此,DNA比RNA稳定得多,DNA成为生命的硬盘。然而,在1960年代的研究很快将理论起源领域一分为二:将RNA视为对生物学起源问题的简单“奥卡姆剃刀”答案的人,以及将RNA视为生物学合成基础的许多纽带。 RNA仍然是一个复杂的分子,在结构上更简单的分子可能在它出现之前就已经发挥了作用。

    共同作者,埃默里大学化学家杰伊·古德温博士说:“考虑到基于这些类似核苷的替代遗传系统的潜力-可能在不同的环境中出现和进化,甚至是在其他环境中出现和进化,真是令人兴奋。这些替代的遗传系统可能将我们对生物学的“中心教条”的概念扩展到新的进化方向,以应对地球上日益严峻的环境,并具有强大的适应性。”

    哪个分子先出现?是什么使RNA和DNA独一无二?通过在实验室中物理制备分子来探索这些基本问题是困难的。另一方面,在制造分子之前先对其进行计算可能会为化学家节省大量时间。共同作者马库斯·梅林格(Markus Meringer)博士说:“我们对这种计算的结果感到惊讶。” “很难先验地估计出有超过一百万个类似支架的核酸。现在我们知道了,我们可以开始在实验室中测试其中的一些核酸了。”

    “绝对令人着迷的是,通过使用现代计算技术,我们可能会在寻找可以存储遗传信息的DNA和RNA的替代分子时偶然发现新药。正是这种跨学科研究使科学具有挑战性和乐趣。但仍然具有影响力。”合著者埃默里大学的彼得·伯格博士说。

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    • 在一项新的研究中,来自美国加州大学伯克利分校、劳伦斯伯克利国家实验室和联合生物能源研究所的研究人员发明了一种合成DNA的新方法。这种方法有望更容易地更快速地合成DNA,并不需要使用毒性化学物,而且可能是更准确的。鉴于具有更高的准确性,这种技术能够产生比当前的方法长10倍的DNA链。这些研究人员说,这种易用性可能会导致研究实验室中普遍存在的“DNA打印机”,类似于如今许多车间中的三维打印机。相关研究结果于2018年6月18日在线发表在Nature Biotechnology期刊上,论文标题为“De novo DNA synthesis using polymerase-nucleotide conjugates”。加州大学伯克利分校研究生Dan Arlow和德国达姆施塔特工业大学博士生Sebastian Palluk在这项研究中详细描述了这种方法。 Arlow说,“如果你是一名机械工程师,在你的商店里有一台3D打印机真的很棒,它可以在一夜之间打印出零件,这样你就可以在第二天早上测试它。如果你是一名研究人员或生物工程师,而且你有一种简化DNA合成的仪器,即'DNA打印机',那么你就能够更快地测试你的想法并尝试更多的新想法。我认为这将带来很多创新。” 联合生物能源研究所首席执行官、劳伦斯伯克利国家实验室资深科学家和加州大学伯克利分校化学与生物分子工程教授Jay Keasling说,“我个人认为Arlow和Palluk开发出的这种新方法可能会引发我们制造DNA方法的变革。” Palluk在Keithling实验室与Arlow一起研究DNA合成问题。作为合成生物学领域的先驱,Keasling和联合生物能源研究所的科学家们致力于将基因导入到微生物(主要是酵母和细菌)中来可持续地产生产品---药物、燃料,工业化学品,同时产生最少的毒性副产物和消耗最少的能源。 合成DNA是一项不断发展的业务,这是因为公司订购定制的基因,这样它们就能够在培养微生物的大缸中产生生物药物、工业酶或有用的化学物质。科学家们购买合成基因,并将它们导入到植物或动物体内或者尝试着开展新的基于CRISPR的疾病治疗方法。 一些科学家甚至提出将信息存储在DNA中,就像如今将数字数据存储在计算机硬盘中一样,这是因为一克DNA在理论上的存储容量相当于5000万张DVD,并且应当会在数百年内保持稳定。然而,这意味着要合成的DNA链数量比目前在生物技术行业中使用的DNA链数量大得多。 所有这些应用都要求这种DNA合成过程在数百万甚至数十亿个DNA分子拷贝中忠实地产生所需的核苷酸或碱基---DNA的构成单元(building block)---序列。 目前的DNA合成方法可追溯到1981年并使用来自有机化学实验室的技术,仅限于直接产生大约长200个碱基的寡核苷酸,这是因为随着合成长度的增加,这个过程中出现的不可避免的错误导致正确序列的产率非常低。为了组装一个小的基因,科学家们必须逐段合成它,每段大约长200个碱基,然后将这些片段拼接在一起。这很费时,通常需要多次尝试,而且有时完全失败。 此外,如果从Twist Biosciences公司和Integrated DNA Technologies(IDT)公司等合成公司订购,那么合成一个大约长1500个碱基的小基因的周转时间可能为两周,需要花费300美元,这就限制了科学家们能够承担得起的尝试进行基因调整的数量和他们开始能够开展实验的速度。 Keasling、Arlow和Palluk等合成生物学家经常需要一次性地将十几种不同的基因插入一种微生物中,使其产生所需的化学物质,然而每个基因都存在它自己的合成问题。 Palluk说,“作为一名德国学生,我参加了国际合成生物学竞赛iGEM,在那里我们试图让大肠杆菌降解塑料废物。但是我很快就意识到大部分研究时间都用于合成DNA,而不是开展实验来观察所获得的工程细胞是否能够降解塑料。这真地促使我研究DNA合成过程。” 化学DNA合成还需要使用特定类型的有毒性的活化DNA构成单元,并重复使用石油衍生溶剂进行清洗。Arlow说,如今,废物处理的问题和这种合成过程对湿度非常敏感使得它非常挑剔的事实都成为科学家们抛弃他们的个人寡核苷酸合成仪并将他们的DNA交给专业公司进行合成的理由。 借鉴免疫系统 这项新的技术依赖于在免疫系统细胞中发现的一种DNA合成酶,这种DNA合成酶天然地能够将核苷酸添加到水中的现有DNA分子上。这种技术有望提高精确度,并可能让DNA链的合成时间延长10倍,从而能够合成出长数千个碱基的DNA分子---一个中等基因的大小。 Palluk说,“我们已想出一种合成DNA的新方法,它利用了大自然用来制造DNA的机器。这种方法很有前途,因为酶已进化了数百万年才能完成这种精确的化学反应。” 细胞通常不会从头开始合成DNA;它们主要都是在已存在于它们中的DNA模板的基础上,利用大量不同的聚合酶进行DNA复制。然而,在20世纪60年代,科学家们发现了一种不寻常的聚合酶,它不依赖于现有的DNA模板,而是随机地将核苷酸添加到制造用于免疫系统中的抗体的基因上。这种被称作末端脱氧核苷酸转移酶(terminal deoxynucleotidyl transferase, TdT)的酶在这些基因中产生随机变异,从而使得产生的抗体蛋白能更好地靶向前所未见的入侵者。 Paldk说,TdT同等地很好地添加所有四种DNA核苷酸,不会发生能够破坏所形成的DNA分子的副产物,并且它的添加速度是非常快的,如果让它随心所欲地发挥作用的话,它每分钟可将DNA延长大约200个碱基。 多年来,许多实验室都已尝试着利用这种酶来合成所需的DNA序列,但这种酶是很难控制的。一个关键要求就是弄清楚如何让这种酶在添加一个核苷酸后停下来,这样就能够一次添加一个碱基从而合成出所需的序列。所有之前的方案都是试图通过使用携带着阻止多次添加的特殊阻断基团的修饰核苷酸来实现这种控制。在给DNA分子添加一个受到阻断的核苷酸后,这些阻断基团就被移除,从而使得接下来的添加成为可能。 Palluk说,“这些方法与下一代测序(Next-Generation Sequencing, NGS)技术有很多共同之处”,他指的是用于读取基因序列的最先进技术,其工作原理是通过使用模板依赖性聚合酶依次地添加发出不同颜色荧光的阻断核苷酸,从而指出添加了这四种可能的碱基中的哪一种。尽管这些用于测序的DNA复制酶能够容纳添加到DNA分子上的核苷酸携带的阻断基团,但是TdT却不能做到这一点。当一个核苷酸正确地定位用于DNA合成反应时,TdT的活性位点太紧而不适合容纳它携带的阻断基团。 Arlow的想法是将一个未携带阻断基团的核苷酸牢固地连接到TdT上,这样在将这个核苷酸添加到延伸中的DNA分子后,这种酶仍然保持连接并且保护DNA链的末端免受进一步的核苷酸添加。在DNA分子延伸后,他们切断TdT与这个添加到DNA链上的核苷酸之间的连接物,将这种酶释放出来,并让DNA链的末端重新暴露出来以便接受进一步的核苷酸添加。 在他们的第一次试验---使用经过改造的TdT酶在10个循环中产生长10个碱基的寡核苷酸---中,这些研究人员证实他们的更快更简单的技术在每一步合成中几乎与当前的技术一样准确。 Arlow说,“当我们利用NGS技术分析合成产物时,我们能够确定大约80%的分子具有所需的长10个碱基的序列。这意味着,平均每个步骤的产率大约为98%,这对解决这个存在了50多年的问题的第一次尝试来说并不算太坏。我们希望达到99.9%的保真度,以便合成出全长DNA。” Palluk说,一旦达到99.9%的保真度,他们就能够一次性合成一种长1000个碱基的分子,产率在35%以上,对目前的化学合成技术来说,这是完全不可能实现的。 他说,“通过直接合成更长的DNA分子,将寡核苷酸拼接在一起的必要性以及由这个繁琐的过程产生的限制可能就会减少。我们的梦想是直接合成基因长度的序列,并在几天内将它们提供给科学家们。” Arlow说“我们希望这种技术将使得生物工程师更容易更快地弄清楚如何通过生物手段制造出有用的产品,这可能导致以一种需要更少石油的方式更可持续地生产我们在世界上所依赖的东西,包括服装、燃料和食品。”
  • 《美国国家癌症研究所等揭示小细胞肺癌或是一种遗传病》

    • 来源专题:中国科学院文献情报生命健康领域集成服务门户
    • 编译者:江洪波
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    • 1月27日,美国国家癌症研究所、乔治敦大学和沃尔特·里德国家军事医学中心发现小细胞肺癌(SCLC)或是一种遗传病。该研究对77位SCLC患者和10位肺外小细胞癌(EPSCC)患者的种系外显子组进行测序,发现43.7%的患者中的35个癌症易感基因中发现了42个有害突变,14个肿瘤中有3个(21.4%)肿瘤的杂合性丧失,这一突变的鉴定,影响了9名(10.3%)患者的医疗管理和家庭成员检测。与健康对照组相比,非选择性SCLC患者更可能携带RAD51D、CHEK1、BRCA2和MUTYH致病突变,并且种系基因型与一级相对癌症或肺癌的可能性显著相关,而且经过铂类化疗后,无复发生存期更长。研究还发现多数常见的突变基因与DNA修复途径有关,其余基因参与生长因子受体、细胞周期、Wnt、转运体、DNA甲基化等途径。研究还特别发现,作为DNA修复基因的RAD51D、CHEK1和BRCA2中遗传的功能丧失突变在SCLC患者中比在对照组中更为频繁。该研究成果发表于《Science Translational Medicine》期刊。