《新疆生地所在超高分辨率遥感图像分类及新型集成学习算法构建方面取得进展》

  • 来源专题:中国科学院亮点监测
  • 编译者: yanyf@mail.las.ac.cn
  • 发布时间:2018-08-01
  •         在城市管理、生态环境分析、规划以及景观分析方面,高质量且精细地表信息图发挥着至关重要的作用,卫星、飞机、无人机平台获取的高分辨率、超高分辨率遥感图像则可以以直观、时效、低成本方式提供高质量且精细地表信息。然而,受城区地表结构复杂、多光谱影像辐射分辨率较低及成像几何畸变等因素影响,高分辨率尤其是超高分辨率遥感图像的高精度解译一直是个挑战性的问题。

      通常在超高分辨率遥感图像分类中加入纹理、面向对象、形态学剖面等空间特征可大大提高其分类精度,但以上这些方法依然存在一定的缺陷,例如:1)纹理算子移动窗口大小、方向的选择对纹理特征的有效性直观重要,且一个移动窗口作用于正副图像其效果不一致;2)面向对象方法受限于所采用的图像分割算法,且分割算法的最优参数直接由所要处理的图像尺度、分辨率、复杂度等决定;3)传统形态学剖面(Morphological profiles, MPs)及扩展的形态学剖面(Extended morphological profiles, EMPs)不能有效提取纹理信息;4)部分重构的形态学剖面(Morphological profile with partial reconstruction, MPPR)会过度重构细节特征;5)形态学剖面、扩展的形态学剖面以及部分重构的形态学剖面采用的基本结构算子(Structural elements, SEs)数量、结构、尺度有限,不可能完全正确匹配整副超高分辨率遥感图像中所有结构特征。

      针对上述问题,中国科学院新疆生态与地理研究所吉力力·阿不都外力研究员团队成员阿里木·赛买提博士利用最大稳定极限区域(Maximally stable extremal region, MSER)提取方法提取了城区超高分辨率遥感图像中的所有最大稳定区域,并将这些稳定区域作为结构算子一次性匹配整副图像中的所有结构特征,提出了最大稳定极限区域引导的形态学剖面构建方法。此外,首次将极限扰动决策树(Extremely randomized decision tree, ERDT)及其集成形式ExtraTrees引入到超高分辨率遥感图像的分类,并提出了极限扰动旋转森林(Extremely randomized rotation forest, ERRF)集成学习算法,并成功应用于城区超高分辨率遥感图像的高精度分类。

      相关研究以Classification of VHR Multispectral Images Using ExtraTrees and Maximally Stable Extremal Region-Guided Morphological Profile为题发表于遥感领域权威期刊IEEE JOURNAL OF SELECTED TOPICS IN APPLIED EARTH OBSERVATIONS AND REMOTE SENSING。研究得到了国家自然科学基金青年基金、中国科学院西部之光B类、新疆维吾尔自治区高层次人才引进工程等项目的资助。

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    • 编译者:yanyf@mail.las.ac.cn
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    •         近日,我所薄膜硅太阳电池研究组(DNL1606)刘生忠研究员与陕西师范大学杨周副教授、刘渝城博士等在钙钛矿单晶数字图像传感器研究中取得新进展,相关研究结果在《先进材料》(Advanced Materials)上发表。         作为太阳能电池应用的超级材料,钙钛矿CH3NH3PbX3(MAPbX3,X=Cl,Br,I)也在光电子领域展现出重要的应用前景。与多晶薄膜相比,钙钛矿单晶具有更好的光电性能。该团队通过微调晶体成核和生长过程,首次开发了一种低温梯度结晶方法(LTGC)来生长高质量的钙钛矿CH3NH3PbBr3单晶,获得了超低的缺陷态密度,大大提高了载流子迁移率和载流子迁移寿命。此外,科研人员成功地利用高质量的单晶设计,制备了由729像素传感器阵列组成的大面积(≈1300mm2)成像组件。该器件具有非常快的响应速度,优异的光响应度,高分辨率的成像功能,以及很好的稳定性,是目前研究报道的首例基于大尺寸单晶钙钛矿的高性能数字图像传感器,为使用钙钛矿单晶材料设计开发新型光电器件提供了新思路。   上述研究工作分别得到中国国家重点研究与发展计划、中央高校基础研究基金、国家自然科学基金项目、111项目、国家大学科研基金、相关人才计划创新团队、中国国家相关人才计划项目的资助。
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    • 编译者:李康音
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    • 2024年6月24日,柏林医学系统生物学研究所(BIMSB)的研究人员共同通讯在Cell发表题为Open-ST: High-resolution spatial transcriptomics in 3D的文章,报道了Open ST,一种新的三维高分辨率空间转录组学技术,开创了空间生物学的一个突破性进展,能以无与伦比的细节了解组织微环境,有望改变研究人员研究不同物种健康和疾病分子景观的方式。 Open ST的核心是巧妙地将Illumina flow cell改为空间转录组捕获平台,实现了亚细胞分辨率(~0.6μm),12 mm2捕获面积的成本效益价格低于130欧元。该方法结合了图案化flow cell技术和用户友好的3D打印切割指南,确保了精确一致的数据采集。值得注意的是,与其他替代品相比,它需要的测序深度要少得多,且同时保持高水平的转录组信息,从而提高了成本效益。这种简化的过程与标准实验室设备兼容,使研究人员能够高效地准备多个文库,使大规模研究变得可行。 Open ST通过其卓越的捕获效率而脱颖而出,在一系列组织中得到了证明——从胚胎小鼠头部到人类原发性肿瘤及其匹配的健康和转移淋巴结,它能够将高百分比的转录物独特地映射到基因组,同时最大限度地减少核糖体RNA的读取,突出了该平台的准确性。该方法在捕获效率方面始终优于或匹配10×Visium等技术,即使在不同的细胞组成下也有很好的表现。通过保持较低的读取与UMI比率,Open ST优化了库的复杂性,并有助于对新发现进行更深入的测序,同时保持成本可控。 一个关键的创新在于3D虚拟组织块(3D Virtual Tissue Block)的生成。Open ST利用HE成像和计算工具,将转录组学数据与组织学相结合,创建了组织结构和功能的交互式多维视图。这种虚拟重建超越了传统二维分析的限制,使科学家能够在真实的生物学背景下探索细胞及其分子图谱之间的空间关系。作者通过成功重建转移性淋巴结,揭示了传统2D方法无法获得的连续结构和潜在生物标志物验证了该方法。 Open ST的局部捕获能力体现在其以高分辨率准确定位标记基因的能力上,反映了细胞复杂的核质结构。这种精确度对于辨别细胞状态及其在组织发育、稳态和发病机制中的作用至关重要。通过严格的图像预处理和分割模型调整,Open ST提供单细胞分辨率的数据,有助于探索细胞异质性,并揭示组织特异性的细胞-细胞通信热点。Open ST在人类原发组织中的应用为免疫、基质和肿瘤群体的空间组织打开了一个新的视角。在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中,该技术描绘了这些细胞的空间异质性,突出了原发性肿瘤及其转移之间的差异。Open ST揭示空间受限异质性的能力为细胞群体在原发性和转移性环境中如何不同地相互作用提供了一个精细的视角。通过准确地在3D肿瘤/淋巴结界面识别潜在的生物标志物,该研究提示了可以为个性化药物策略提供信息的治疗靶点和疾病机制。 通过与基于成像的空间转录组学技术进行严格的基准测试,Open ST成为一种可靠而强大的工具,能够以显著的准确性复制已知的细胞类型和基因表达模式。Open ST对3D虚拟组织块的探索不仅确定了细胞类型和基因程序,还阐明了受体-配体在其固有空间环境中的相互作用,加深了我们对细胞通讯动力学的理解。 总之,Open ST代表了空间转录组学的飞跃,提供了一个全面的开源解决方案,在三个维度上结合了易用性、可负担性、高分辨率和可扩展性。Open ST的应用范围从基础研究到临床研究,有望阐明组织生物学和疾病进展背后的复杂分子机制。随着该领域的不断发展,Open ST将成为推动免疫学及其他领域未来发现和进步的基石技术。