近年来,诸如RNA-seq和微阵列等高通量转录组学工具的发展使生物科学研究发生了革命性的变化。尽管这些技术在生物医学研究中得到了广泛的应用,但它们在食品微生物学领域的应用仍然有限。然而,转录组学的研究对于全面了解食源性病原体从农场到餐桌生存的抗性机制和代谢途径具有重要意义。在这篇综述中,对主要的转录组技术进行描述和讨论。然后,对转录组学在食品生产链不同条件下评价食源性致病菌存活率的主要研究进行了评价。特别对生物膜的形成、食品基质及其环境、热处理、耐酸、杀菌剂、食品防腐剂等方面的研究进行了综述。从这些研究中获得的数据对于在食品生产链的任何一个点制定新的控制策略都具有重要的意义。