登录
 机构网站
  1. 首页
  2. 情报产品
  3. 快讯详情

《IEAtlas：源自非编码区域的HLA呈递免疫表位图谱》

  • 来源专题：动植物疫病
  • 编译者： 刘小燕
  • 发布时间：2023-01-30
  • 与癌症相关的表位可以使免疫系统接触到肿瘤细胞，因此探索来自非编码区域的表位正在成为癌症免疫疗法的一个迷人领域。在这里，我们描述了一个数据库IEatlas（http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/IEAtlas），该数据库旨在提供和可视化来自非编码区域的人类白细胞抗原（HLA）呈现的免疫原性表位的综合地图集。IEAtlas根据我们的集成基准非规范开放阅读框架信息重新分析了公开可用的基于质谱的HLA免疫肽组数据集。目前的IEatlas确定了15种癌症类型和30个非癌组织中与HLA-I/II同种异型结合的245 870个非规范表位，极大地扩展了癌症免疫肽组。IEAtlas通过几种常用的免疫原性特征进一步评估免疫原性，包括HLA结合亲和力、稳定性和T细胞受体识别。此外，IEatlas还提供了表位的生化特性，以及主要癌症类型和正常组织中相应基因的临床相关性。还开发了几种灵活的工具来帮助检索和分析来自非编码区域的表位。总体而言，IEatlas将成为调查非规范表位的免疫原能力以及作为治疗性癌症疫苗的潜力的宝贵资源。
  • 原文来源：https://academic.oup.com/nar/article/51/D1/D409/6696849
82浏览量
原文链接
相关报告

  • 《Nature：重大进展！首次构建出人类和小鼠大脑免疫系统图谱》
    • 来源专题：广东省干细胞与组织工程技术路线图信息服务平台
    • 编译者：mall
    • 发布时间：2019-03-04
    • 在一项新的研究中，来自德国弗莱堡大学、哥廷根大学医学中心、柏林大学夏里特医学院、波鸿鲁尔大学、埃森大学医院和比利时根特大学的研究人员构建出人类和小鼠大脑自身免疫系统的全新图谱。他们首次证实大脑中的吞噬细胞，即所谓的小胶质细胞（microglia），都具有相同的核心特征，但是依据它们的功能以不同的方式适应。科学家们之前认为这些是不同类型的小胶质细胞。这一发现是通过一种新的高分辨分析单个细胞的方法取得的，在理解大脑疾病中起着重要的作用。他们详细地展示了人体大脑中的免疫系统如何在多发性硬化症的病变过程中发挥变化，这对未来的治疗方法开发具有重要的意义。相关研究结果发表在2019年2月21日的Nature期刊上，论文标题为“Spatial and temporal heterogeneity of mouse and human microglia at single-cell resolution”。论文通讯作者为弗莱堡大学医学中心神经病理学研究所医学主任Marco Prinz博士。论文第一作者为弗莱堡大学医学中心神经病理学研究所的Takahiro Masuda博士、Roman Sankowski博士和Ori Staszewski博士。 论文通讯作者、弗莱堡大学医学中心神经病理学研究所医学主任Marco Prinz博士说，“我们能够证实大脑中仅一种类型的小胶质细胞以多种形式存在。这类免疫细胞是非常多才多艺的全能者，不是像教科书上到目前为止所认为的专精者。” 多才多艺的全能者而不是专精者 鉴于位于血液中的免疫细胞被血脑屏障阻挡在大脑和脊髓之外，大脑需要它自身的免疫防御---小胶质细胞。大脑中的这些吞噬细胞在胚胎发育的早期就产生，随后清除入侵的细菌和死亡的神经细胞。它们有助于大脑的成熟和终生可塑性。人们之前并不清楚的是在健康和患病的大脑中发挥多种作用的小胶质细胞否存在亚型。 在这项新的研究中，这些研究人员对小鼠模型大脑和从患者身上移除的人体大脑组织中的小胶质细胞进行了详细的研究。 借助于进行单细胞分析的新方法，这些研究人员非常详细地展示了小胶质细胞的特征。为此，他们利用显微镜研究大脑不同区域和不同发育阶段的小胶质细胞。他们还利用单细胞分析方法分析了这些免疫细胞的RNA水平。分析结果表明小胶质细胞都具有相同的核心特征，但是依据它们的功能，在不同的发育阶段和不同的大脑区域有不同的适应性。 有望对多发性硬化症患者有帮助 调节失常的小胶质细胞也参与了几种脑部疾病。特别是，它们在阿尔茨海默病、多发性硬化症和自闭症等一些精神疾病的产生中起着关键作用。在健康的大脑中，小胶质细胞在神经细胞周围形成一个均匀的网络，这个网络在疾病发生时可在几分钟内发生变化并形成许多新的吞噬细胞以限制损伤。 Prinz说，“我们如今拥有人类大脑的第一个高分辨率的免疫细胞图谱。这也让我们能够理解这些免疫细胞在多发性硬化症等疾病中如何发生变化。在多发性硬化症患者中，我们成功地描述了处于一种多发性硬化症特异性状态的小胶质细胞。我们希望在未来靶向处于有害状态的小胶质细胞亚群将是有可能的。” Prinz说，“观察到小胶质细胞有如此灵活是非常令人兴奋的。”对小鼠模型的研究让这些研究人员走上正轨。然而，Masuda也成功地证实人类小胶质细胞要比实验动物中的复杂得多。Masuda说，“人类大脑中的个体变化也会在生命过程中在小胶质细胞中留下痕迹。” 原标题：Nature：重大进展！首次构建出人类和小鼠大脑免疫系统图谱 参考资料： Takahiro Masuda et al. Spatial and temporal heterogeneity of mouse and human microglia at single-cell resolution. Nature, 2019, doi:10.1038/s41586-019-0924-x.
    144浏览量
    原文链接

  • 《Nature | 产前皮肤图谱揭示了人类皮肤形态发生的免疫调节》
    • 来源专题：战略生物资源
    • 编译者：朱晓琳
    • 发布时间：2024-12-02
    •   人类细胞图谱（HCA）旨在绘制人体细胞（生命基本单元）的全面参考图谱——作为理解人体健康和诊断、监测、治疗疾病的基础。近日，HCA联盟在自然系列（Nature Portfolio）和Genome Biology发表了一系列论文，展示了多个图谱的早期草图以及分析工具。   在2024年10月16日《Nature》发表的论文《A prenatal skin atlas reveals immune regulation of human skin morphogenesis》中，Nusayhah Gopee和同事绘制的胎儿皮肤发育图谱确定了免疫细胞在毛囊和血管网形成中的作用。   人类产前皮肤由先天免疫细胞（包括巨噬细胞）组成，但它们是仅作用于免疫还是具有形态发生中的其他功能尚不清楚。在这里，作者汇编了一份全面的产前人类皮肤（受孕后 7-17 周）多组学参考图谱，结合了单细胞和空间转录组学数据，以表征皮肤的微解剖组织生态位。该图谱揭示了非免疫细胞和免疫细胞之间的串扰是毛囊形成的基础，与无疤痕伤口愈合有关，对皮肤血管生成至关重要。文章系统地将源自人类胚胎干细胞和诱导多能干细胞的毛发皮肤类器官 （SkO） 模型与产前和成人皮肤进行了比较1.SkO 模型在毛囊发育过程中密切概括了体内皮肤、表皮和真皮细胞类型以及与遗传性头发和皮肤病发病机制有关的基因表达。然而，SkO 模型缺乏免疫细胞，并且内皮细胞异质性和数量显著降低。体内产前皮肤细胞图谱表明，巨噬细胞和巨噬细胞衍生的生长因子在驱动内皮发育中发挥作用。事实上，在将诱导多能干细胞来源的自体巨噬细胞转移到 SkO 培养物中后，血管网络重塑得到增强。因此，先天免疫细胞是皮肤形态发生的关键参与者，超越了它们在免疫中的常规作用，它们通过与非免疫细胞的串扰来实现这一功能。 图|a，实验概述证明从解离的产前皮肤细胞 （n = 18， 7-17 PCW） 生成 scRNA-seq 数据。成人 HF 数据集11、成人健康皮肤10和毛发型 SkO1被整合以进行比较。使用 RNAscope 、 免疫荧光 和 Visium 分析进行空间实验。该研究结果使用 SkO 共培养进行了功能验证。b，产前皮肤数据集的均匀流形近似和投影 （UMAP） 可视化，对细胞状态进行了广泛的注释，如图例中的颜色和数字所示。c，Milo 蜂群图显示了不同妊娠时间产前皮肤邻域丰度的差异，由宽细胞标记注释。红色和蓝色邻域分别在早期或晚期妊娠中显著丰富。颜色强度表示显著性程度。d，显示空间微环境 （ME） 的点图。细胞类型与微环境系数通过细胞类型总和进行归一化，细胞类型与微环境的分配以颜色表示。突出显示显示巨噬细胞和内皮细胞共定位的 ME5（灰色）。e，综合产前皮肤、成人皮肤的 UMAP 可视化10和 SkO1数据集，由广泛的细胞谱系着色。ASDC，AxlSiglec6 树突状细胞;DC，树突状细胞;HSC，造血干细胞;LC， 朗格汉斯细胞;LE，淋巴内皮;LTi，淋巴组织诱导细胞;MEMP，巨核细胞-红细胞-肥大细胞祖细胞;NK 细胞，自然杀伤细胞;pDC，浆细胞样树突状细胞。中的图像是使用 BioRender （https://biorender.com） 创建的。（来源：文章原文）
    452浏览量
    原文链接