《流体流动刺激热液微生物的化学合成》

  • 来源专题:中国科学院文献情报系统—海洋科技情报网
  • 编译者: liguiju
  • 发布时间:2022-04-29
  • 希腊米洛斯岛帕利奥科里海湾有着高多样性的浅水热液微生物群落,海岸沉积物中的热液作用强烈影响着这里的生物地球化学过程并支持化学合成,这使得某些微生物(如硫氧化细菌)能够像光合植物或藻类那样,利用化学能而不是光能将二氧化碳转化为细胞物质。然而,流体流动对微生物群落组成和化学合成产量的影响尚不清楚,因为在自然条件下,尤其是在热液系统中,测量微生物过程是一项挑战。
    美国伍兹霍尔海洋研究所的研究人员研究了浅水热液系统和微生物的产生。他们使用一种创新方法来检测海湾浅水热液系统,以及在原位和接近自然条件下微生物的产生,以此作为模型来评估热液循环对化学合成的重要性。
    研究发现,通过直接检测海湾中受热液影响的砂质沉积物中的微生物群落,可以证明液流在塑造浅水热液喷口微生物群落的组成和活动方面的重要性,并将其确定为微生物活动的热点。流体流动刺激受热液影响的海岸沉积物中的化学自养。相关研究成果发表在《通讯-地球与环境》(Communications Earth & Environment)上。
    此外,研究人员还表示,这项研究显示了浅水热液口的实际生产力,以及微生物适应不断变化的条件的速度。在这项研究中,研究人员进行了两组稳定同位素探测实验,使用稳定碳同位素13C标记的二氧化碳作为示踪剂,以确定微生物的固碳能力。通过部署孵化装置,在开放或封闭的流体流动模式下,在不同深度向沉积物中注入示踪剂,并将装置放置在原位6小时或24小时后再收起。
    固碳量是通过测量标记的二氧化碳与脂肪酸(构成细胞膜的关键成分)的结合来确定的,结合使用基于DNA和RNA的方法评估微生物群落的组成。
    数据显示,在这个沙质沉积物的浅水热液口处,活跃的流体流动维持着固碳率,这是沿海边缘沉积物所确定的最高固定率之一,突出了热液作用在支持化学自养生产方面的影响,它以电子供体(如硫化氢)和受体(如氧气)的形式提供所需的化学物质。
    该研究还发现了一个非常活跃的微生物群落,能够对环境变化做出快速反应。一些区域的化学合成生产主要由Campylobacteria这种细菌驱动,其在开放培养中占主导地位,但在封闭培养中下降。其他细菌,尤其是Gammaproteobacteria,是在开放流体培养中增加,而其他细菌,如Deltaproteobacteria和Thermodusfobacteria,则是在封闭培养中增加。总的来说,微生物群落从一个以化学合成微生物为主的群落转变为一个异养微生物比例较高的群落,微生物群落在几个小时内随着不同条件的变化而变化。(王琳  编译)

  • 原文来源:https://www.whoi.edu/press-room/news-release/fluid-flow-stimulates-chemosynthesis-in-a-greek-salad-of-hydrothermal-microbes/
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    • 来源专题:中国科学院文献情报系统—海洋科技情报网
    • 编译者:liguiju
    • 发布时间:2021-11-30
    • 了解海洋碳循环和预测全球范围内气候变化影响的一个主要挑战是量化从上层水体中逃逸并被封存在深海中的有机碳的比例。全球碳收支中的水柱衰减、深海碳通量和固存率模型是根据海洋表面卫星成像产生的净初级生产和出口通量估计的。然而,总生物碳需求(异养生产和呼吸)与微粒有机碳通量(POC)之间的不平衡,以及通过溶解有机碳(DOC)输出到深海等对这种方法提出了严峻的挑战。偶发性有机碳脉冲只是最近才被强调为总POC通量的重要贡献者,指出了碳泵效率的时空变化。 深海热液喷发是海洋地壳流体循环靠近热源的全球性过程,特别是在中洋脊和弧后盆地一带。热液喷口在地球内部和水圈之间的热量和物质交换中扮演着重要的角色,例如溶解金属和微粒金属的出口来源,可以驱动全球范围内的海洋生物地球化学循环。有人认为,全球碳收支不平衡的部分原因是热液成因铁在地表的富集。尽管人们越来越了解热液羽流中的金属元素循环过程,但它们对深海碳通量的贡献仍然难以捉摸。沿洋中脊系统的热液喷口拥有独特的高产群落,主要依赖于化学自养初级产物。虽然最近有研究表明,热液海底生物群落的产量很高,但在热液非浮力羽流中,微生物群落的增长率、碳生物量的产量以及相关的POC输出通量仍然是个谜。 热液羽流的碳收支是羽流化学自养过程中碳汇与微生物呼吸释放碳平衡的结果。然而,由于缺乏对代谢过程和生物量生产速率的全面分析,难以准确估计它们对深海碳循环的贡献。近日,法国海洋开发研究院地球化学循环与资源实验室的科学家们利用生物地球化学模型估算了热液羽流中微生物群落的自养和异养生成速率,并利用现场数据进行了验证。他们的研究成果展示了底物限制如何阻止热液羽流中化能无机自养生物的产生。与周围海水相比,原核异养生产速率升高(高达0.9 gCm-2y-1)可导致热液羽流中通过化学有机滋养产生0.05 GtCy-1的生物量,这与深海中所报告的微粒有机碳(POC)出口通量类似。他们认为热液羽流是海洋碳收支中重要的深海POC来源。(熊萍 编译)
  • 《微生物所高福院士研究团队联合开发刺激广谱免疫反应的新冠病毒三聚体疫苗》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2023-10-25
    • 近日,中国科学院微生物研究所高福院士研究团队联合中国科学院北京生命科学研究院徐坤助理研究员、中国科学院微生物所齐建勋研究员、南方科技大学王培毅教授、中国疾病预防控制中心武桂珍研究员,在PLOS Pathogens杂志在线发表论文,题为Broad protective RBD heterotrimer vaccines neutralize SARS-CoV-2 including Omicron sub-variants XBB/BQ.1.1/BF.7提出了一种新型的多价疫苗设计思路,开发了单分子三聚体的三价新冠疫苗,能够诱导强烈的保护性广谱免疫反应,对于开发新一代新冠疫苗具有重要的理论意义和应用前景。   前期,高福院士团队领导设计了β冠状病毒高免疫原性的串联重复受体结合结构域(RBD)二聚体蛋白(Dai,2020),并基于该设计理念开发了新冠疫苗ZF2001。为应对新冠病毒变异株的流行,团队将免疫原进一步改造,设计了嵌合RBD异型二聚体蛋白(Xu,2022),以诱导广谱免疫反应,目前开发的疫苗已经进入了临床实验。   在该研究中,高福院士联合团队进一步探索了RBD三聚体的设计策略,将三个相同或三个不同新冠毒株的RBD串联,设计了原型(Prototype)新冠RBD同型三聚体(PPP)、Prototype-Delta-BA.1(PDO)和Delta-BA.2-BA.5(DBA2BA5)RBD异型三聚体进行概念验证,获得了高纯度和结构稳定的免疫原蛋白,然后通过生物化学实验和冷冻电镜结构生物学方法证明其抗原表位完全展示(图1)。最后,通过动物免疫实验证明RBD异型三聚体可诱导对多种新冠变异株广谱的中和抗体反应及强烈的T细胞免疫,通过新冠病毒攻毒实验证明其对多种毒株(Delta、Omicron BA.1、BA.2和BA.4)均具有保护作用,可以降低肺与鼻组织的病毒载量(图2)。  中国科学院微生物研究所特别研究助理张艳芳、中国科学院大学存济医学院博士生康新锐、南方科技大学博士后刘升、中国科学院微生物所特别研究助理韩普、中国疾病预防控制中心副研究员雷雯雯和徐珂为文章共同第一作者。中国科学院微生物研究所高福院士,中国科学院北京生命科学研究院徐坤助理研究员,中国科学院微生物所齐建勋研究员,南方科技大学王培毅教授,中国疾病预防控制中心武桂珍研究员为该文章的共同通讯作者。该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金等项目的经费支持。   论文链接:https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1011659