从弗莱明发现青霉素开始，抗生素的使用挽救了世界上成千上万人的生命。然而近年来，抗生素的环境效应引发了越来越多的关注——因抗生素滥用导致抗生素抗性基因（ARGs ）在环境中累积并威胁公共健康，尤以养殖场、农田、河流等受人类活动影响较大的环境最为典型。事实上，在抗生素被人类使用之前，自然界中生物来源的抗生素一直对环境微生物进行着长期驯化，微生物的耐药性在天然环境中也早已广泛存在。其中，土壤作为一个与人类关系极为密切的生态系统和抗性基因的重要来源，是抗生素环境效应形成的主要场所，但我们对大尺度上天然环境中ARGs 的基础背景值及其驱动机制仍然知之甚少。通过对我国从海南到漠河、跨域了近4000 公里典型森林生态系统的调查研究，贺纪正等发现这些自然土壤中广泛存在着8 个大类共计160 余种抗性基因；ARGs 的多样性与细菌多样性、草本植物多样性以及可移动遗传原件MEGs 的多样性显著相关，其组成也与细菌和草本植物的群落组成密切相关。在考虑空间、气候和土壤等因素的条件下，土壤细菌和草本植物的群落对于ARGs 地理格局的形成具有非常重要的影响。该研究揭示了地上地下群落的相互作用对森林生态系统中土壤抗性组大尺度分布格局的影响，对研究环境抗性组学的起源及其演变具有重要科学意义。
研究成果(Diversity of herbaceous plants and bacterial communities regulates soil resistome across forest biomes ）近期发表于环境微生物领域主流杂志Environmental Microbiology 。该研究得到了中国科学院战略性先导科技专项（B 类）等课题的资助。
