《Nature | 细菌抗病毒防御中的类真核泛素化系统》

  • 来源专题:战略生物资源
  • 编译者: 李康音
  • 发布时间:2024-07-19
  • 2024年7月17日,加州大学圣地亚哥分校等机构的研究人员在Nature发表了题为A eukaryotic-like ubiquitination system in bacterial antiviral defence的文章。

    泛素化途径在蛋白质稳态、信号传导和先天免疫中发挥着至关重要的作用。在这些途径中,由 E1、E2 和 E3 蛋白组成的酶级联将泛素或泛素样蛋白(Ubl)与靶蛋白赖氨酸残基结合。细菌编码参与硫代谢的 E1 和 Ubl 蛋白的远古近亲,但这些蛋白并不介导 Ubl 与靶蛋白的结合,因此细菌是否能进行类似泛素化的蛋白结合还存在疑问。

    该研究证明了一个与噬菌体防御岛相关的细菌操作子编码了一个完整的泛素化途径。细菌 E1-E2-Ubl 复合物的两个结构显示出与真核生物泛素化机制惊人的结构相似性。细菌 E1 具有一个氨基末端的非活性腺苷酸化结构域和一个羧基末端的活性腺苷酸化结构域,该结构域具有一个包含催化半胱氨酸的可移动 α-helical 插入(CYS 结构域)。其中一个结构显示了细菌 Ubl C 末端处于腺苷化的反应前状态,第二个结构模拟了 E1 到 E2 的转酯化状态,E1 的 CYS 结构域与结合的 E2 相邻。研究人员发现,同一途径中的去泛素化酶对细菌的 Ubl 进行了预处理,使其 C 端甘氨酸暴露出来,以便进行腺苷化。最后,研究人员发现细菌的 E1 和 E2 相互合作,将 Ubl 连接到目标蛋白的赖氨酸残基上。这些数据共同揭示了细菌拥有真正的泛素化系统,其机制和结构与真核生物泛素化途径非常相似,这表明这些途径首先出现在细菌中。

  • 原文来源:https://www.nature.com/articles/s41586-024-07730-4
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    • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2023-02-22
    • 在一项新的研究中,来自美国科罗拉多大学博尔德分校的研究人员发现当涉及到抵御入侵者时,细菌的运作方式与人类细胞极为相似,它们拥有开启和关闭免疫途径所需的相同核心分子机制。他们还揭示了这种共享的古老分子机制---一群称为泛素转移酶(泛素转移酶)的酶---是如何运作的。他们说,更好地了解并有可能重新编程这种分子机制,最终可能为治疗一系列人类疾病(从类风湿性关节炎和克罗恩病等自身免疫性疾病到帕金森病等神经退行性疾病)的新方法铺平道路。相关研究结果于2023年2月8日在线发表在Nature期刊上,论文标题为“An E1–E2 fusion protein primes antiviral immune signalling in bacteria”。 论文共同通讯作者、科罗拉多大学博尔德分校生物化学系助理教授Aaron Whiteley说,“这项新的研究表明,我们与细菌没有什么不同。通过研究这些细菌过程,我们可以学到很多关于人体如何发挥作用的知识。” 下一个CRISPR? 这项新的研究并不是第一次展示细菌可以教给人类的东西。越来越多的证据表明人类免疫系统的一部分可能起源于细菌,而且在植物和动物王国中,进化产生了更复杂的细菌抗病毒工具。 2020年,美国加利福尼亚大学伯克利分校生物化学家Jennifer Doudna因CRISPR获得了诺贝尔奖,这是一种基因编辑工具。细菌利用CRISPR来对抗噬菌体。围绕CRISPR的讨论点燃了科学界对蛋白和酶在抗噬菌体免疫反应中所发挥的作用的新兴趣。 Whiteley说,“在过去的三到五年里,人们已意识到它不会随着CRISPR而结束。它的潜力是如此之大。” 进化史中的缺失环节 在这项新的研究中,Whiteley和论文共同第一作者Jane Coffin Childs与加州大学圣地亚哥分校的生物化学家合作,进一步了解一种名为cGAS(环状GMP-AMP合酶)的蛋白,人们以前已发现它既存在于人类中,也以一种更简单的形式存在于细菌中。 在细菌和人类中,当细胞感觉到病毒入侵时,cGAS对于启动下游防御至关重要。但是在细菌中是什么在调节这个过程,以前是不知道的。 Whiteley团队使用一种称为低温电镜的超高分辨率技术以及其他遗传和生物化学实验,近距离观察了cGAS在细菌中的进化前身的结构,并发现了细菌用来帮助cGAS保护细胞免受病毒攻击的额外蛋白。具体来说,他们发现细菌利用一种精简的泛素转移酶“一体化版本”来修饰它们的cGAS,其中泛素转移酶是一个复杂的酶集合,在人类中控制免疫信号转导和其他关键的细胞过程。 Ledvina说,由于细菌比人类细胞更容易进行基因操作和研究,这一发现为研究工作开辟了一个新的机会。“细菌中的泛素转移酶是我们了解这些蛋白进化史的一个缺失环节。” 对蛋白进行编辑 这项新的研究还揭示了这种分子机制是如何起作用的,确定了两种关键成分---称为Cap2(CD-NTase-associated protein 2)和Cap3(CD-NTase-associated protein 2)的蛋白---分别作为cGAS反应的开启开关和关闭开关。 Whiteley解释说,除了在免疫反应中发挥关键作用外,泛素在人类中还可以作为一种细胞垃圾的标记,引导多余或旧的蛋白被分解和破坏。当这个系统由于突变而失灵时,蛋白就会堆积起来,帕金森病等疾病就会发生。 这些作者强调,还需要进行更多的研究,但这一发现打开了令人兴奋的科学大门。就像科学家们将古老的细菌防御系统CRISPR改编成可以剪除DNA突变的剪刀式生物技术一样,Whiteley相信这种细菌泛素转移酶的一部分---Cap3,即“关闭开关”---最终可能经编程后对缺陷的蛋白进行编辑并治疗人类疾病。 Whiteley说,“我们对泛素转移酶及其进化过程了解得越多,科学界就越有能力在治疗上靶向这些蛋白。这项新的研究提供了非常明确的证据表明我们体内对维持细胞至关重要的分子机制起源于细菌,做着一些非常令人兴奋的事情。” 参考资料: Hannah E. Ledvina et al. An E1–E2 fusion protein primes antiviral immune signalling in bacteria. Nature, 2023, doi:10.1038/s41586-022-05647-4.
  • 《Nature | 细菌用DNA糖基化酶抗病毒》

    • 来源专题:战略生物资源
    • 编译者:李康音
    • 发布时间:2024-04-18
    • 2024年4月17日,洛克菲勒大学Luciano A. Marraffini、芝加哥大学Phoebe A. Rice共同通讯在Nature发表题为DNA glycosylases provide antiviral defence in prokaryotes的文章,发现了原核生物利用DNA糖基化酶防御病毒感染的新机制。迄今为止,这些酶在抗病毒免疫方面还不太被认可,然而作者指出其在细菌和噬菌体之间正在进行的进化军备竞赛中发挥着关键作用。通过创新实验方法,该团队绕过了现有基因组数据的限制,探索了环境DNA(eDNA)尚未开发的潜力,发现新的抗病毒防御机制。 这项研究始于一种策略性方法,通过用裂解大肠杆菌T4噬菌体感染携带土壤宏基因组DNA库的大肠杆菌来分离防御基因。该策略鉴定了一种以前未知的DNA糖苷酶Brig1,其特异性靶向并从T4噬菌体基因组中去除α-葡糖基羟甲基胞嘧啶(α-葡糖基hmC)核碱基。当Brig1作用于病毒DNA时,它会产生无碱基位点,有效地阻止病毒复制的进程。Brig1的特异性是显著的:它能够在体外降解T4噬菌体DNA,证明其直接参与阻碍病毒生命周期。经过仔细检查,发现Brig1是一种具有最低裂解酶活性的单功能糖基化酶,这意味着它能切除受损或修饰的碱基,而不会立即切割DNA的磷酸二酯酶骨架。相反,在适当的条件下,它会产生无碱基位点,导致β-消除反应后的双链DNA断裂。 作者通过分离成功绕过酶防御的“逃避者”噬菌体,进一步阐明了Brig1的有效性。对这些逃避者的基因分析揭示了T4α-葡糖基转移酶基因的突变,表明Brig1靶向噬菌体自身引入的葡糖基化标记。重要的是,该研究在不同细菌分支的不同细菌防御基因座中都检测到了Brig1的同源物,表明这些糖基化酶赋予了细菌对一系列T噬菌体的免疫力。Brig1对α-葡糖基hmC的特异性表明,T噬菌体可能进化出了羟甲基胞嘧啶的不同修饰模式,以逃避宿主编码的DNA糖苷酶(如Brig1)的识别和降解。 此外,该研究强调了Brig1和宿主DNA修复途径之间的相互作用。Brig1对病毒DNA的作用导致可能触发宿主修复机制的改变,随后进一步降解噬菌体基因组,从而放大抗病毒反应。 总的来说,这项研究展示了原核生物中一类以前未被识别的抗病毒蛋白——DNA糖基化酶——它们作为分子哨兵防御噬菌体入侵。Brig1及其同源物的发现为未来研究原核宿主及其病毒捕食者之间的动态相互作用开辟了令人兴奋的途径,对生物技术和理解宿主-病毒相互作用的自然进化具有重要意义。这项工作强调了筛选未测序DNA样本以揭示新型免疫系统的能力,并扩展了我们对细菌防御的复杂性和多功能性的了解,还指出存在更广泛的相关糖苷酶家族,每种糖苷酶都可能靶向不同噬菌体群体中hmC核碱基的不同修饰。