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2023年11月8日，哈佛布莱根和妇女医院Soumya Raychaudhuri、Kevin Wei，美国纽约特种外科医院Laura T. Donlin，罗切斯特大学医学中心Jennifer H. Anolik等团队在Nature共同发表了题为Deconstruction of rheumatoid arthritis synovium defines inflammatory subtypes的文章。该研究对79例RA患者的滑膜组织样本进行了全面的单细胞定量分析，以解构异质性并识别炎症亚型。
作者招募了82个临床RA患者，以及9例骨关节炎对照组，用细胞RNA测序和质谱分析建立了含314000个细胞的RA滑膜组织单细胞altas。通过转录组和蛋白质组数据，他们鉴定了主要的免疫和间质细胞类型以及77个细致的亚群。根据细胞类型的频率，样本聚类分为六组，称为细胞丰度表型(cell-type abundance phenotypes， CTAP)。CTAP在活检组织间是可重复的，并与特定扩增或耗竭的细胞状态相关。例如，CTAP-TB显示滤泡辅助T细胞、外周Th细胞和B细胞扩增，而细胞毒性CD8+ T细胞耗竭。而CTAP-TF表达扩增的细胞毒性CD4+ T细胞和NK细胞。CTAP还与组织学特征相关；CTAP-TB和CTAP-TF炎性细胞浸润和组织化分数更高。重要的是，CTAP与大多数临床指标如疾病活动评分无关。但是，CCP（Cyclic citrullinated peptide）自身抗体滴度和治疗反应因CTAP而异。CTAP表现出不同的细胞因子谱，CTAP-TB标志着趋化因子CXCL13等。单细胞相关分析显示CTAP相关细胞表达已知的RA风险基因，提示共享的遗传调控。然后，作者开发了从RNA测序或流式细胞术数据推断CTAP的方法。将其应用于另一队列样本，发现治疗16周后CTAP发生动态变化。CTAP-F患者对治疗反应较差。
总之，该研究提供了高分辨率的RA滑膜单细胞图谱，并识别出了与临床相关的炎症亚型，揭示了RA超越临床指标的显著异质性。CTAP分类系统可以指导预后预测和精确的治疗策略。其全面多模式的分析方法可以为其他炎症性疾病的研究提供参考。
