《分子植物卓越中心揭示水稻糖基转移酶影响代谢流进而调控粒型与抗逆的新机制》

  • 来源专题:转基因生物新品种培育
  • 编译者: zhangyi8606
  • 发布时间:2020-10-11
  • 5月26日,国际学术期刊《自然-通讯》(Nature Communications)在线发表了中国科学院分子植物科学卓越创新中心林鸿宣研究组的研究成果,题为UDP-glucosyltransferase regulates grain size and abiotic stress tolerance associated with metabolic flux redirection in rice。该研究工作报道了水稻糖基转移酶影响代谢流重新定向,进而同时调控水稻籽粒大小与抗逆性的新机制。

    粒型是影响水稻产量的主要因素之一,同时水稻产量经常遭受干旱、高盐和高温等非生物胁迫的影响,如何提高水稻产量的同时增强水稻抗逆性是对科研人员和育种工作者的挑战课题。植物需不断调整体内代谢流以适应不同发育时期和生长环境,但在作物中对此了解甚少。

    林鸿宣研究组通过图位克隆的方法定位克隆到一个同时调控水稻粒型与抗逆性的QTL GSA1 (Grain Size and Abiotic stress tolerance 1)。GSA1是粒型与抗逆性的正向调控因子,过表达GSA1增加水稻籽粒大小和粒重,同时提高水稻对高盐、干旱及高温的抗性。核苷酸多态性分析显示,GSA1在非洲野生稻驯化为非洲栽培稻以及亚洲野生稻驯化为粳稻的过程中受到人工选择。GSA1编码一个水稻糖基转移酶UGT83A1,体外实验证实GSA1具有广谱的糖基转移酶活性,以尿苷二磷酸(Uridine diphosphate,UDP)为糖基供体,以山奈酚、柚皮素及槲皮素等黄酮类代谢物为糖基转移受体,调控水稻体内黄酮糖苷谱,间接影响黄酮介导的生长素极性运输及生长素相关基因表达量,最终通过影响细胞分裂和细胞增殖而调控水稻粒型。同时GSA1也可以将松柏醇、对香豆醇及芥子醇等木质素单体作为糖基转移受体,进而调控木质素含量,这可能也是调控水稻粒型的原因。GSA1CG14(非洲稻位点)中位于Plant Secondary Product Glycosyltransferase (PSPG)保守结构域内的氨基酸变异A349T导致GSA1CG14结合UDP的能力比GSA1WYJ(亚洲稻位点)明显下降,糖基转移酶活性显著降低,而位于非保守域的氨基酸变异A246V则对底物结合及糖基转移酶活性无影响。木质素合成途径以及黄酮代谢途径是苯丙烷通路的重要分支。进一步研究表明,逆境胁迫下GSA1参与代谢流从木质素合成途径重新定向于黄酮糖苷合成途径,木质素合成途径下调而黄酮糖苷包括花青素合成相关通路上调,导致水稻抗逆性的增强。过量表达GSA1WYJ显著增加逆境胁迫下黄酮糖苷及花青素的含量,引起水稻抗逆性增强。而敲除GSA1造成逆境下代谢流重新定向的紊乱,黄酮糖苷合成受阻,水稻抗逆性减弱。

    该研究揭示了糖基转移酶通过调控代谢流重新定向进而同时调控水稻粒型与抗逆性的新机制,为培育高产高抗作物新品种提供了有价值的基因资源。

    林鸿宣研究组博士后董乃乾为论文第一作者,单军祥、叶汪薇等对该工作做出了贡献,该研究得到分子植物卓越中心研究员王勇、博士孙雨伟的大力帮助。该工作获得科技部、中国科学院、国家自然科学基金的资助。

相关报告
  • 《分子植物卓越中心揭示种子萌发调控新机制》

    • 编译者:季雪婧
    • 发布时间:2025-07-15
    • 中国科学院分子植物科学卓越创新中心赵春钊研究组在《细胞报告》(Cell Reports)上,发表了题为FERONIA controls ABA-mediated seed germination via the regulation of CARK1 kinase activity的研究论文。该研究借助遗传学、生物化学和生物信息学等研究手段,揭示了类受体激酶FERONIA通过类受体胞质激酶CARK1调控脱落酸信号通路和种子萌发的新机制。种子是农业生产的“芯片”,关系到粮食安全问题。种子萌发通常受到环境因素的影响,因此研究逆境环境下种子萌发的调控机制,对于培育优良种子具有理论意义和应用意义。 脱落酸(ABA)核心信号通路包括脱落酸受体PYR1/PYLs、磷酸酶PP2Cs和激酶SnRK2s,在调控种子萌发过程中发挥着重要作用。研究表明,脱落酸受体PYR1/PYLs受到多个激酶磷酸化修饰,而磷酸化修饰的早期调控机制有待解析。类受体激酶是细胞膜定位蛋白之一,参与植物对外界信号的感知和传递,在植物生长发育和环境响应中具有关键作用。植物细胞存在大量类受体胞质激酶,而这类蛋白通常作用于类受体激酶的下游来传递外界信号。研究发现,类受体激酶FER和类受体胞质激酶CARK1作用于一个信号通路来调控脱落酸介导的种子萌发。 研究显示,FER基因突变导致脱落酸条件下种子萌发加快,而脱落酸触发的SnRK2s激活减弱,表明FER在脱落酸信号转导中发挥正调控作用。研究通过分析FER的免疫沉淀-质谱数据发现,ER和类受体胞质激酶VIII亚家族成员CARK1存在相互作用。CARK1是在种子中高表达的类受体胞质激酶,而随着种子萌发其转录水平逐渐降低,说明CARK1在种子萌发过程中可能发挥负调控作用。同时,CARK家族成员CARK2、CARK10和CARK11也在种子中高表达,并随着种子萌发而表达量下降,说明CARK基因或共同参与调控种子萌发。 生化结果显示,FER磷酸化CARK1的第233位丝氨酸和第234位苏氨酸这两个位点的磷酸化是CARK1激酶活性所需要的。结果表明,FER通过磷酸化来增强CARK1的激酶活性。同时,cark1单突变体表现出在脱落酸条件下萌发快的表型,而Ser233和Thr234位点突变成Ala的CARK1不能互补cark1的萌发表型,说明Ser233和Thr234的磷酸化对于CARK1的功能是必需的。ABI5是脱落酸信号通路下游抑制种子萌发的主要转录因子,而在fer-4和cark1突变体中脱落酸诱导的ABI5积累降低,表明FER和CARK1通过脱落酸信号通路正调控ABI5的蛋白稳定性。遗传分析显示,过量表达脱落酸受体PYL9能够抑制fer-4突变体在脱落酸条件下种子萌发快的表型,证明FER通过ABA信号通路调控种子萌发。因此,FER通过磷酸化修饰激活CARK1激酶,正调控脱落酸介导的种子萌发抑制。 该研究揭示了直接作用于FER下游的类受体胞质激酶,阐明了脱落酸和胁迫条件下种子萌发调控的新机制。研究工作得到国家重点研发计划、国家自然科学基金、中国科学院相关项目等的支持。
  • 《分子植物卓越中心等揭示细菌Class III转录激活机制》

    • 来源专题:转基因生物新品种培育
    • 编译者:zhangyi8606
    • 发布时间:2020-11-12
    • 9月28日,中国科学院分子植物科学卓越创新中心合成生物学重点实验室研究员张余课题组在Nature Chemical Biology上,在线发表题为CueR activates transcription through a DNA distortion mechanism的研究论文,主要研究细菌Class III转录因子CueR转录激活的分子机制。 大约50年前,法国科学家Jacob和Monod发现乳糖操纵子,首次提出基因表达受到蛋白调控。阻遏蛋白Lac I和代谢物激活蛋白CRP(cAMP receptor protein;也称catabolite activator protein,CAP)被证明能够直接结合乳糖操纵子,分别发挥转录抑制和转录激活的功能。因此,学界对转录因子如何抑制及激活转录产生研究兴趣。大约30年前,Thomas A. Steitz研究组解析出CAP/CRP与DNA的复合物晶体结构,该结构首次展示转录因子识别DNA的方式。在随后的几十年中,科学家们利用化学交联、DNA足迹、遗传突变等方法尝试了解转录因子调控基因转录的具体机制,发现转录因子在启动子DNA的结合位置直接决定其对下游基因的影响,一般来说,转录因子结合在核心启动子区域(-35区和-10区)上游发挥转录激活功能,在核心启动子区域或基因内部则抑制转录。其中,转录激活按照转录因子结合位点距离核心启动子区域远近分为两类,结合位点位于启动子核心区域上游称为第一类转录激活(Class I),结合位点与启动子核心区域稍有重叠称为第二类转录激活(Class II)。2016年、2017年,Richard H. Ebright和Thomas A. Steitz研究组以CAP为模型,在Science上报道细菌Class I与II转录激活因子与RNA聚合酶及启动子DNA的复合物结构,揭示出经典的转录激活分子机制。总体来说,它们通过DNA结合结构域与启动子DNA相互作用,通过其转录激活结构域与RNA聚合酶相互作用,将RNAP聚合酶富集到其调控的启动子DNA区域激活转录。 在探索CAP转录激活机制的同时,David C. Fritzinger发现一种机制特异的转录因子MerR,其能够结合在耐汞基因簇启动子核心区域,与RNAP的结合位置完全重叠,在一般情况下,抑制下游基因表达;胞内汞离子浓度高时,则激活下游基因表达。该现象与上述Class I和Class II的转录激活调控方式完全相悖,因为MerR的结合位置与RNAP结合位置完全重叠,按照此前的规律其应该只发挥转录抑制功能,且MerR调控的基因启动子DNA的-35区和-10区间隔为19bp,而细菌RNA聚合酶只能识别-35区和-10区间隔为17±1的启动子。科研人员在多种细菌中发现该类转录因子的存在,因此该类蛋白被命名为MerR家族转录因子,能够感受胞内的金属离子、氧化状态及抗生素胁迫。自20世纪90年代,科研人员利用DNA足迹手段,发现MerR处于抑制态和激活态时,其结合的启动子DNA构象可能有较大的构象变化。Thomas V. O’Halloran研究组针对MerR家族蛋白进行晶体结构研究,从2003年到2015年,科研人员分别解析CueR apo protein,CueR-DNA二元复合物及CueR-Ag+-DNA三元复合物的晶体结构,阐明该家族成员在不结合配体时,结合标准的B型双链DNA;结合配体后,能够使B型双链DNA发生约90度的弯折,使其局部区域呈现出A型双链DNA的构象,这为该类转录因子的激活机制增加了神秘面纱。鉴于其转录调控方式的特殊性,科研人员将MerR家族转录激活方式命名为非典型的转录激活或Class III转录激活。 为揭示MerR家族转录因子的转录激活机制,张余课题组以大肠杆菌中感应银离子和亚铜离子的CueR蛋白为研究对象,解析CueR、Ag+、启动子DNA及RNA聚合酶的转录激活复合物电镜结构。结果显示,CueR结合在启动子DNA的两个关键区域-35区和-10区之间,使双链DNA在四个位置发生较大程度弯折,特别是位于CueR二聚体中心的位置,DNA发生约90度的弯曲。这种由CueR结合导致的启动子DNA弯曲,使19bp的-35/-10间隔区域重新压缩到17bp的物理距离,从而使RNA聚合酶能够启动下游基因转录。此外,该复合物结构显示,虽然CueR在启动子DNA上的结合位点与RNAP聚合酶的结合位点完全重叠,但是CueR结合在启动子DNA的一侧,而RNAP结合在启动子的另一侧,CueR与RNA聚合酶没有相互作用,二者互不干扰,这一点与Class I及Class II的转录激活机制完全不同。该研究解析以CueR为代表的细菌Class III转录激活复合物结构,揭示该类转录激活蛋白不依赖与RNA聚合酶的相互作用,仅通过改变DNA构象激活转录的分子机制。 张余课题组博士生方城力和美国西北大学博士Steven J. Philips为论文的第一作者。浙江大学医学院研究员冯钰、西北大学教授Thomas V. O’Halloran、张余为论文的通讯作者。研究工作得到浙江大学电镜中心以及国家蛋白质中心(上海)的支持,受到国家自然科学基金、中国科学院战略性先导科技专项计划(B类)和上海市科技创新行动计划的资助。