《12月18日_动态数据驱动的荟萃分析确定了COVID-19宿主基因的优先级》

  • 来源专题:COVID-19科研动态监测
  • 编译者: 张敏
  • 发布时间:2021-01-29
  • 爱丁堡大学的研究人员12月18日在期刊Scientific Reports上在线发表了题为“Dynamic data-driven meta-analysis for prioritisation of host genes implicated in COVID-19”的科学报告。

    文章称,越来越多的文献描述了宿主因子在COVID-19发病机制中的作用,表明需要结合多种多样的全基因组数据以发现更为有效和安全的治疗方法。研究人员对与人类β冠状病毒感染(SARS-CoV-2、SARS-CoV、MERS-CoV、季节性冠状病毒)有关的宿主基因的进行了排名,对确定潜在宿主因素的实验进行了系统性综述,使用荟萃分析(MAIC)对来自不同来源的基因列表进行整合,使用数据驱动的基因列表加权来生成宿主基因的综合排名列表。在32个数据集中,排名最高的基因是PPIA(编码环孢素A),这是一种使用环孢菌素可治疗的靶标。其他排名较高的基因包括预测的预后因子(CXCL10、 CD4,、CD3E)和COVID-19的研究性治疗靶点(IL1A)。研究人员可以在https://baillielab.net/maic/covid19搜索和查看基因排名以及不同实验方法对基因排名的贡献。随着新数据的发布,基因列表将被定期更新。

  • 原文来源:http://www.nature.com/articles/s41598-020-79033-3
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    • COVID-19 中的危重疾病是一种极端且临床上同质的疾病表型,之前已经证明1 对发现遗传关联非常有效2。尽管就诊时病情已处于晚期,已经表明,COVID-19危重患者的宿主遗传学可以识别出对该组具有强烈有益作用的免疫调节疗法3。在这里,分析了 24,202 例患有危重疾病的 COVID-19 病例,其中包括国际 GenOMICC(11,440 例)研究中危重病病例的微阵列基因型和全基因组测序数据的组合,并结合其他招募住院患者的研究,重点关注严重和危重疾病:ISARIC4C(676 例)和 SCOURGE 联盟(5,934 例)。为了将这些结果放在现有工作的背景下,我们对新的GenOMICC全基因组关联研究(GWAS)结果与先前发表的数据进行了荟萃分析。我们发现了49个全基因组显着关联,其中16个以前没有报道过。为了研究这些发现的治疗意义,我们推断蛋白质编码变异的结构后果,并使用单核细胞转录组关联研究(TWAS)模型将我们的GWAS结果与基因表达数据相结合,以及使用孟德尔随机化的基因和蛋白质表达。我们在多个系统中鉴定潜在的成药靶标,包括炎症信号传导(JAK1),单核巨噬细胞活化和内皮通透性(PDE4A),免疫代谢(SLC2A5和AK5)以及病毒进入和复制所需的宿主因子(TMPRSS2和RAB2A)。
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    • 11月10日,深圳市第三人民医院等在Cell Discovery期刊发表题为“Initial whole-genome sequencing and analysis of the host genetic contribution to COVID-19 severity and susceptibility”的文章。研究人员初步分析了宿主基因对COVID-19严重程度和易感性的影响。 文章称,该研究通过对深圳第三人民医院不同严重程度分类的332例COVID-19患者进行深入测序和分析,首次在中国人群中进行宿主基因研究。该团队在校正了潜在的混杂因素之后,在总共2220万个遗传变异中,对五个严重程度组(包括无症状、轻度、中度、重度和重症患者)进行了单变量和基于基因的关联测试。谱系分析表明,对于危重病和无症状疾病,GOLGA3和DPP7中功能变异的丧失可能具有单基因效应。全基因组关联研究表明,与严重性相关的最重要基因位点位于参与IL-1信号通路的TMEM189–UBE2V1中。与轻度和普通人群相比,重症患者中影响TMPRSS2蛋白稳定性的p.Val197Met错义变体显示等位基因频率降低。该研究确定,HLA-A* 11:01,B* 51:01和C* 14:02等位基因明显诱发了患者的最坏结果。这项对中国患者的初步基因组研究为COVID-19患者群体的表型差异提供了遗传学方面的见解,并着重指出了可能有助于指导有针对性控制疫情的基因和变异。该文章还回顾了该研究的局限性和优点,以指导今后国际上阐明COVID-19和其他传染性和复杂疾病宿主-病原体相互作用的遗传结构的工作。 原文链接:https://www.nature.com/articles/s41421-020-00231-4