Nature Communications于3月12日发表了美国威尔康奈尔医学院和纽约基因组中心等机构的文章“Shotgun transcriptome, spatial omics, and isothermal profiling of SARS-CoV-2 infection reveals unique host responses, viral diversification, and drug interactions”，文章描述了鸟枪法转录组、空间组学和等温分析SARS-CoV-2感染揭示了独特的宿主反应、病毒多样性和药物相互作用。
文章称，COVID-19大流行突显了临床检测感染、追踪毒株进化和识别病程的生物标志物的需要。为了应对这些挑战，该团队设计了一种快速（30分钟）比色法（LAMP）检测鼻/口咽拭子中SARS-CoV-2感染，并设计了一种大规模鸟枪法元转录组学平台（total-RNA-seq）用于宿主、病毒和微生物分析。研究人员将这些方法应用于在疫情暴发的头两个月期间从纽约市669名患者收集的临床标本，得出了新冠肺炎的广泛分子特征。研究发现该病毒的纽约独特进化枝（20C）的大量富集，以及干扰素、血管紧张素转化酶（ACE）、血液学和嗅觉途径中的宿主反应。此外，研究人员利用50821份患者记录发现，肾素-血管紧张素-醛固酮系统抑制剂与类似药物不同，对COVID-19的严重后果具有保护作用。最后，COVID-19患者尸检组织的空间转录组数据显示了不同的ACE2表达位点，肺中有巨噬细胞和中性粒细胞浸润。这些发现可以为公共卫生提供信息，并可能帮助制定和驱动SARS-CoV-2诊断、预防和治疗策略。
原文链接：https://www.nature.com/articles/s41467-021-21361-7
