日本大阪现在拥有一台新的双MDGRAPE-4A超级计算机,模拟导电分子动力学,可用于药物研发,11月23日在大阪校区开放日向公众展出。
MDGRAPE-4A超级计算机,可以测定蛋白质在水溶液中的结构状态,计算组成蛋白质和周围水分子原子力,并在计算机中模拟“移动”蛋白质。为此目的设计的MDGRAPE-4A总功率达到1.3petaflops,特殊的体系结构使其能够超越速度更快的通用超级计算机,通过对组成蛋白质和水分子的大约100000个原子进行建模,在一天内进行大约1.1微秒(百万分之一秒)的模拟,在现实的时间尺度上模拟药物和体内蛋白质之间的相互作用。对这些相互作用的理解将有助于开发更有效的分子靶向治疗。MDGRAPE-4A计算机向全球学术界和研究人员开放。未来该小组计划将人工智能、通用电路和专用电路的混合体等新的技术要素其中,进一步改进该系统。