《破译枸杞子基因组图谱,揭示其生物活性成分及其合成路径》

  • 来源专题:生物育种
  • 编译者: 季雪婧
  • 发布时间:2024-12-16
  •  枸杞(Lycium barbarum)作为中国传统的药食同源植物,含有丰富的果胶多糖。枸杞果胶多糖(Lycium barbarum pectin polysaccharides,LBPPs)是枸杞的主要生物活性成分,具有抗氧化、免疫调节、抗衰老等多种功效。尽管枸杞在健康领域应用较多,但由于其缺少精确的遗传图谱,导致LBPPs的合成过程和调控机制研究有限,这在很大程度上制约了枸杞的分子育种发展及国际推广。近日,陈润生研究组联合陈畅研究组在《Genomics,Proteomics & Bioinformatics》杂志发表题为"Enzymes Repertoires and Genomic Insights into Lycium Barbarum Pectin Polysaccharides Biosynthesis"的研究论文,解析了枸杞基因组图谱及活性成分。首次揭示了LBPPs的完整生物合成途径,并鉴定了关键合成酶及糖代谢调控相关的RNA。

        该研究基于三代测序技术、光学图谱技术、自研高效三维基因组捕获技术(Trands in Plant Science,2023)等方法,对枸杞进行de novo的基因组组装,突破枸杞基因组高杂合、高重复的瓶颈,获得枸杞高精度基因组图谱。在此基础上,解析了多糖活性酶基因库CAZymes在LBPPs合成中的核心作用,尤其是在枸杞果胶多糖骨架延伸(RRTs)、侧链合成(GAUTs)和链修饰(PAEs)等方面的累积扩张。研究进一步鉴定了一个关键鼠李糖糖基转移酶基因RRT3020,其能够显著促进枸杞果胶多糖的生成。此外,该研究初次解析了与枸杞果胶多糖代谢相关的长链非编码RNA(lncRNAs),为深入了解基因调控提供了新视角。团队首次在枸杞中建立了全面的果胶多糖合成路径,揭示了从糖转运到多糖修饰的整个合成过程

  • 原文来源:http://www.ebiotrade.com/newsf/2024-12/20241210070251719.htm
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  • 《Cell子刊揭示寨卡病毒基因组RNA二级结构图谱》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2018-11-29
    • 11月21日,清华大学生命科学学院张强锋课题组、药学院谭旭课题组在《细胞宿主与微生物》(Cell Host & Mircobe)期刊在线发表题为《寨卡病毒基因组RNA结构的综合分析揭示了病毒感染性的关键决定因素》(Integrative Analysis of Zika Virus Genome RNA Structure Reveals Critical Determinants of Viral Infectivity)的研究论文。该论文对寨卡病毒的RNA基因组在二级结构层次进行了综合分析和建模,并在此基础上发现且验证了一个只在流行株系中特异性存在的长程RNA-RNA相互作用,研究表明该相互作用可能促进寨卡病毒流行株系的细胞感染功能。论文显示了RNA二级结构对寨卡病毒的重要作用,阐释了调控RNA病毒传染性和毒性的新型分子机制,为相关药物开发提供了重要的结构基础。 寨卡病毒是一种黄热病毒。与登革病毒、乙型脑炎等常见典型黄热病毒类似,寨卡病毒通过蚊虫叮咬在人类和其它动物中传播,对人类健康有严重的威胁。寨卡病毒有两个流行株系:一个比较古老的非洲株系,于 1947年发现于非洲;另一种是流行的亚洲株系(又称美洲株系),原在东南亚流行,后在南美洲和中北美洲爆发。目前,对人类威胁较大的株系是亚洲株系。早在2013年法属波利尼西亚群岛(大溪地)和2015年巴西的寨卡疫情中,人们就发现感染寨卡病毒孕妇的胎儿会有小头畸形的症状,同时亚洲株系也被发现会引起格林巴氏综合症。2016年寨卡病毒大规模流行,据统计感染规模超过百万人;因此被世界卫生组织宣布为国际公共卫生紧急事件。 自从大规模流行以后,寨卡病毒吸引了广泛的研究关注。一个重要的科学问题是理解流行株系和非流行株系的基因组差异在病毒传播过程中的作用。以前的研究主要关注氨基酸或者说蛋白质的差异。比如在2017年,军事医学科学院的秦成峰课题组和清华大学的程功课题组分别报道了两个关键的病毒蛋白的氨基酸单位点突变,这些突变对寨卡流行病毒株系的毒性和传播有关键提升作用。然而,比较基因组的分析结果表明,寨卡病毒流行株系和非流行株系的大部分基因组差异并不带来氨基酸的变化,而是发生在非编码区的突变和编码区的同义突变。这些在蛋白层次“沉默”的突变有可能在RNA层次造成功能和调控的差异。然而,由于技术的限制,人们对此所知甚少。 抢先索取Axiom小麦基因分型芯片的更多资料领 取 和其它黄热病毒一样,寨卡病毒的基因组是一条长为一万个核苷酸左右的正链RNA,其中包括编码全部11个病毒蛋白的编码区以及5’端和3’端的非编码区域。在本研究中,研究者综合利用了两种新型的、基于高通量测序技术的RNA二级结构研究手段,平行解析并比较了亚洲株系和非洲株系的寨卡病毒在哺乳动物细胞内的基因组RNA结构。这两种新技术包括利用小分子修饰结合深度测序探测RNA二级结构的icSHAPE技术(2015年发表于Nature),和利用小分子交联结合深度测序检测RNA分子相互配对作用的PARIS技术(2016年发表于Cell)。研究者将测得的icSHAPE和PARIS数据和已知病毒RNA元件的二级结构进行了系统比较,验证了两种技术解析病毒RNA结构的有效性。以PARIS数据为依据,对寨卡病毒RNA基因组进行了RNA结构域的划分,并在结构域的基础上,结合icSHAPE数据和RNA结构预测软件,构建了亚洲和非洲株系寨卡病毒全基因组RNA的二级结构模型。 值得注意的是,结合 PARIS数据和寨卡病毒各亚型的系统进化分析,研究者从中发现了一个亚洲株系特异的5’端非编码区和病毒包膜蛋白编码区之间的长距离RNA-RNA相互作用。在这个区域,亚洲株系相对于非洲株系有很大的核苷酸差异。这些差异都特异的位于氨基酸密码子的第三位因而不影响编码蛋白,但却形成了亚洲株系中特异RNA相互作用的基础。研究者对这个RNA-RNA相互作用进行了突变和回补实验,验证了其对亚洲株系的重要性,如果破坏该相互作用会大幅降低寨卡病毒在神经胶质瘤细胞中的感染性。这个结果揭示了RNA二级结构对于病毒感染性调控的复杂性和重要性,对于理解病毒的基因组组成和进化,开发新型基于RNA的抗病毒药物都有启示意义。 清华大学生命学院张强锋研究员和药学院谭旭研究员为本文的通讯作者,CLS项目博士生李盼、生命学院博士生魏逸凡、梅淼和PTN项目博士生生唐磊为本文共同第一作者。本工作得到了军事科学院秦成峰、加州大学河边分校和清华大学姜涛、苏州大学戴剑锋等的帮助,并获得国家重点研发计划项目、国家自然科学基金、清华大学结构生物学高精尖中心、清华-北大生命科学联合中心和国家青年相关人才计划项目的资金支持。
  • 《热科院香饮所绘制了胡椒染色体级别精细基因组图谱》

    • 来源专题:生物科技领域知识集成服务
    • 编译者:陈方
    • 发布时间:2020-04-08
    • 胡椒(Piper nigrum)是热带多年生木质藤本植物,属于胡椒目(Piperales)胡椒科(Piperaceae),该科是胡椒目中最大的一个类群。胡椒是世界上最古老、使用最广泛的香料之一,被誉为“香料之王”,其在香料贸易中占有举足轻重的地位,有“黑色黄金”的美誉,胡椒的生产、运输和消费从经济和文化上影响了各国及其人民的命运。胡椒起源于印度南部的热带常绿森林,现已在大多数热带和亚热带地区种植,是许多发展中国家小农的重要经济作物,并已成为服务国家“一带一路”倡议的重要媒介作物。近几十年来,胡椒的植物化学和药理特性受到了新的关注,但对于控制其生物合成途径和积累的遗传机制了解很少,其遗传资源也相对较少。 中国热带农业科学院香料饮料研究所联合华中农业大学、马来西亚科学院等7家单位,结合PacBio三代测序、10X Genomics、基于直接标记和染色(DLS)的BioNano单分子光学图谱和Hi-C染色体交互捕获四种测序技术实现了胡椒染色体级别的组装,这是木兰亚纲胡椒目首次报道基因组组装的物种,基于21个典型物种的比较基因组和系统发育分析,确定了胡椒及其所在木兰亚纲的系统发育位置,即木兰亚纲与整个单子叶-双子叶互为姐妹关系,胡椒目与木兰目-樟目互为姐妹关系,且大约在175-187 MYA(95% HPD)发生分歧。同时,进一步通过基因家族扩增、比较转录组和序列进化分析,揭示了胡椒最主要的功能物质胡椒碱生物合成的特异性,初步阐述胡椒碱生物合成分子机理,研究结果为被子植物演化及胡椒碱生物合成提供了新的见解。相关研究成果于2019年10月16日发表于Nature Communications上。