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《湖北省疾病预防控制中心利用全基因组数据推断SARS-CoV-2的进化和种群动态》

  • 来源专题：生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者： hujm
  • 发布时间：2020-03-18

  • 湖北省疾病预防控制中心于2020年3月11日在bioRxiv上更新论文“Genome-wide data inferring the evolution and population demography of the novel pneumonia coronavirus (SARS-CoV-2)”。
    研究人员使用了10个新的SARS-CoV-2测序基因组，并结合了GISAID数据库中的136个基因组，通过不同的分析方法（例如网络、EBSP、错配和中性测试）研究了遗传变异和种群动态。作者得到结果：80个单倍型具有183个替换位点，包括27个简约性信息位点和156个单例（singletons）；遗传多样性分析表明，SARS-CoV-2基因组有一定程度的突变和变异，这可以解释致命病毒的广泛存在和高度适应性；系统发育分析表明，穿山甲可能不是中间宿主；网络表明，在最初的单倍型（H14）中，一名居住在华南海鲜市场附近（约2公里）的患者样本表明，该患者有无意识接触该市场的历史的可能性很高；但是，基于此线索，无法准确地得出该市场是否是SARS-CoV-2的起源的结论；此外，从该市场收集的16个基因组表明，短期内市场上存在循环感染，这已导致武汉和其他地区爆发SARS-CoV-2疫情；EBSP结果表面，估计首次传播日期始于2019年12月7日，这表明SARS-CoV-2可能已在11月中下旬开始人与人之间的传播。

  • 原文来源：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.04.976662v2
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  • 《北京市疾病预防控制中心等对临床样本中SARS-CoV-2的病毒载量研究》
    • 来源专题：生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者：hujm
    • 发布时间：2020-02-29
    • 2月24日，The Lancet Infectious Diseases上发表了来自北京市疾病预防控制中心等研究团队的题为“Viral load of SARS-CoV-2 in clinical samples”的文章，该文章报告了从82个受感染者收集的不同类型的临床标本中得到的与病毒载量相关的发现，如痰液样本通常显示出比咽拭子样本更高的病毒载量；发病后早期的病毒载量很高等发现。 新型冠状病毒暴发后往往采用实时RT-PCR分析确诊，但受感染患者的病毒动力学仍未完全确定。文章报告了从82个受感染者收集的不同类型的临床标本中得到的发现。从两位北京患者住院后（患者1，发病后3-12天；患者2，发病后4-15天）每天采集系列样本（咽拭子，痰液，尿液和粪便），通过N基因特异性定量RT-PCR测定法检测这些样本。症状发作后约5–6天，咽拭子和痰液样本中的病毒载量达到峰值，为10 4 copies/ml至10 7 copies/ml。病毒载量的这种变化模式与从SARS患者不同，后者通常在发病后10天左右达到高峰。痰液样本通常显示出比咽拭子样本更高的病毒载量。在这两名患者的尿液或粪便样本中未检测到病毒RNA。 研究人员还研究了从不同感染阶段的80个人收集的呼吸道样本（鼻腔[n=1]和咽拭子[n=67]和痰液[n=42]）。病毒载量范围为641 copies/ml至1.34×1011 copies/ml，其中喉咙样本的中位数为7.99×104 copies/ml，痰样本中的中位数为7.52×105 copies/ml。在本研究中测试的唯一鼻拭子样本（发病后第3天）显示病毒载量为1.69×105 copies/ml。总体而言，发病后早期的病毒载量很高（> 1×106copies/ml）。但是，从一名发病后第8天死亡的患者收集到痰标本也具有很高的病毒载量（1.34×1011 copies/ml）。值得注意的是，两名密切接触者在发病前一天的RT-PCR上显示出阳性结果，这表明被感染的人在出现症状之前就具传染性。 在可用的30对咽拭子和痰样本中，病毒载量与两种类型的样本在1-3天（R2 = 0.50，p = 0.022）和4-7天（R2 = 0.93，p <0.001）和第7-14天（R2 = 0.95，p = 0.028）显著相关。 从17例确诊病例的可用数据（发病后0-13天），RT-PCR分析结果显示有9个粪便样本（53％；发病后0-11天）呈阳性。尽管病毒载量小于呼吸道样本（550 copies/ml至1.21×105 copies/ml），但这也提醒处理粪便样本时应考虑采取预防措施。
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  • 《中国广东省SARS-CoV-2基因流行病学》
    • 来源专题：生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者：hujm
    • 发布时间：2020-05-07
    • 4月15日，Cell期刊在线发表了来自广东省公共卫生研究所、广东省疾病预防控制中心等机构的研究团队的题为“Genomic epidemiology of SARS-CoV-2 in Guangdong Province, China”的文章。 该文章指出，到2020年初，在中国人口最多的广东省进行了广泛分子监测，从160万份检测中报告了1388例SARS-COV-2阳性病例。为了了解中国SARS-CoV-2的分子流行病学和遗传多样性，该研究结合了宏基因组测序和tiling扩增法，从广东省受感染的个体中获得了53个病毒基因组，流行病学和系统发育分析的结果表明，尽管大流行初期病毒基因的变异性低、系统发育聚类尚不确定，但多个独立的种群输入广东省。该文章指出，该研究揭示了国家出行限制以及广东省大规模密集监测和干预措施的约束对本地传输链的时间、规模和持续时间的影响。此外，该文章建议，随着从其他国家输入病例数量的增加，仍需要在广东进行COVID-19监测。
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