《Nature | 吞噬细胞NADPH氧化酶激活机制》

  • 来源专题:战略生物资源
  • 编译者: 李康音
  • 发布时间:2024-02-15
  • 2024年2月14日,北京大学未来技术学院分子医学研究所陈雷课题组在Nature杂志发表题目为Structure of human phagocyte NADPH oxidase in the activated state的文章。该研究报道了人源吞噬细胞NADPH氧化酶处于激活状态和静息状态的高分辨率冷冻电镜结构。

    在NOX2早期的研究中常将胞浆组分p47、p67和Rac1的有效片段设计成融合蛋白用于NOX2的体外激活,但由于该融合蛋白亲和力较低,在电镜样品中难以和NOX2膜组分有效结合,从而导致胞浆组分的电子密度难以被捕获。为了解决这一问题,作者们一方面将GFP及其纳米抗体(GFPnb)分别融合在p22和胞浆组分上以提高它们之间的亲和力,另一方面对p47、p67和Rac1之间连接序列的长度及其排列方式进行了优化,最终选择将p22-GFP-p67融合蛋白与NOX2共表达,所形成的复合体能够被脂修饰的GFPnb-p47-Rac1(稳定结合GTP的Q61L突变体)有效激活,具有较高的NADPH氧化酶活力。作者们最终在同一套冷冻电镜数据中通过三维分类同时获得了处于激活状态并包含有胞浆组分的NOX2的电子密度(2.79 )以及处于静息状态下不含有胞浆组分的NOX2电子密度(2.99 )。

    电子密度显示:激活状态的NOX2胞内侧与胞浆组分p67、Rac1和p47结合,其中跨膜结构域为NOX家族经典的六跨膜螺旋结构,p67和Rac1组成一个近似“嘴巴”的形状,p67代表“下颌”,Rac1代表“上颌”,两者通过氨基酸相互作用夹住NOX2的脱氢酶结构域(DH)。此外,p47上的一段小肽结合在Rac1 α1和β2之间的裂缝中。p67与DH的结合主要依靠p67 C端向外伸出的激活结构域,第202-208位氨基酸形成的β折叠与NOX2的β1形成反平行式排列,与NOX2结合的Rac1处于GTP结合的状态。DH与p67和Rac1相互作用界面上的部分氨基酸突变会降低NOX2的活力。同时,数个在CGD患者中发现的突变位点也位于该相互作用界面附近,这进一步说明了该相互作用界面对NOX2的激活至关重要。

    通过比较静息态结构和激活态结构,作者们发现:在胞浆组分结合后,NOX2的DH结构域会对接到TMD的底部并与TMD的N端形成相互作用。NADPH结合在DH暴露在外侧的裂缝中,其腺嘌呤基团和磷酸基团和裂缝周围的氨基酸发生了相互作用。NOX2的TMD在激活前后没有明显的构象变化,而DH结构域相较于TMD转动了15.7°,形成一种更为紧凑的构象,也缩短了FAD与近胞质侧血红素之间的距离。FAD结合结构域(FBD)相对于NADPH结合结构域(NBD)产生了17.4°的旋转,并缩短了FBD和NBD的距离,使位于FBD上的R356靠近NADPH,与其形成相互作用,稳定了NADPH的结合。

    通过比较静息和激活两种状态下的NOX2的构象,作者们发现在胞浆组分组装后,p67-Rac1的结合会导致DH结构域的收缩并对接到TMD上,从而稳定NADPH的结合并将其电子经由FAD、近胞内侧血红素、F215和近胞外侧血红素传递到胞外的氧气,最终产生超氧阴离子。

    综上所述,作者们利用冷冻电镜对激活和静息状态下NOX2的结构进行了解析,从原子水平上观察到了胞浆组分p67、Rac1和p47是如何与NOX2结合并引起构象变化的,为深入理解NOX2的激活机制提供了结构基础。

  • 原文来源:https://www.nature.com/articles/s41586-024-07056-1
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  • 《Nature | 大脑感知、激活和抑制全身炎症的机制》

    • 来源专题:战略生物资源
    • 编译者:李康音
    • 发布时间:2024-05-03
    • 2024年5月1日,哥伦比亚大学Charles S. Zuker、Hao Jin共同通讯在Nature发表题为A body–brain circuit that regulates body inflammatory responses的文章,揭示了一种有效调控炎症反应的体-脑回路。 研究人员证明,外周免疫损伤,如脂多糖(LPS)给药,可以有效激活脑干内孤束尾核(caudal nucleus of the solitary tract, cNST)的神经元。值得注意的是,沉默这些LPS激活的cNST神经元会导致不受控制的炎症反应加剧,其特征是促炎细胞因子的急剧增加和抗炎介质的减少。相反,激活这些神经元可以抑制炎症,降低促炎细胞因子水平,同时增强抗炎反应。 通过单细胞RNA测序和功能成像实验,作者确定了表达多巴胺β羟化酶(dopamine beta-hydroxylase, DBH)的特定群体的cNST神经元是该免疫调节回路中的关键参与者。这些DBH+神经元的清除或激活分别再现了失调或抑制的炎症反应,突出了它们在维持免疫稳态中的关键作用。但是,大脑是如何感知和应对周围炎症的呢?作者证明了迷走神经感觉神经元的不同群体对促炎和抗炎细胞因子有选择性的反应,并将这些信息传递给cNST DBH+神经元。具体而言,TRPA1+迷走神经神经元对抗炎细胞因子IL-10有反应,而CALCA+神经元被促炎信号激活。值得注意的是,激活这些迷走神经群体模拟了直接调节cNST DBH+神经元的效果,强调了它们在神经免疫回路中的功能整合。 这一发现的治疗潜力是惊人的。在溃疡性结肠炎模型中,激活TRPA1+迷走神经神经元或cNST-DBH+神经元保护小鼠免受致命的LPS诱导的内毒素血症的影响,并改善疾病的严重程度。相反,这种回路的持续激活削弱了宿主清除细菌感染的能力,凸显了最佳免疫功能所需的微妙平衡。 这项开创性的工作揭示了一种以前未被重视的监测和调节炎症反应的体脑回路。通过确定关键的神经元参与者及其功能作用,作者为理解大脑如何调节免疫提供了一个框架,并为从自身免疫疾病到细胞因子风暴和感染性休克等一系列免疫疾病的治疗干预提供了令人兴奋的新途径。这一神经免疫轴的发现为我们理解神经系统和免疫系统之间复杂的相互作用开辟了一个新的前沿,为进一步探索免疫调节的神经回路及其开发新的免疫调节疗法的潜力铺平了道路。
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    • 来源专题:战略生物资源
    • 编译者:李康音
    • 发布时间:2024-04-29
    • 2024年4月25日,中国科学院生物物理研究所丁璟珒课题组和北京生命科学研究所邵峰团队合作,在 Science 期刊发表了题为Cleavage-independent activation of ancient eukaryotic gasdermins and structural mechanisms 的研究论文,该研究揭示了两种来源于低等真核生物的GSDM蛋白通过非蛋白酶切割的新颖方式激活的分子机制。 研究人员首先通过序列同源性分析发现,最原始的多细胞生物丝盘虫(Trichoplax adhaerens)的基因组编码了一个只含有膜打孔结构域的GSDM同源蛋白(TrichoGSDM)。通过重组表达和纯化鉴定,发现TrichoGSDM蛋白同时存在单体和二聚体两种形式,其中单体蛋白具有在脂质体上打孔的活性,TrichoGSDM二聚体则不能上膜打孔。研究人员进一步解析了TrichoGSDM二聚体高分辨率的晶体结构,意外地发现TrichoGSDM二聚体是由两个单体蛋白通过三对分子间二硫键交联而成。在体外利用还原剂处理TrichoGSDM二聚体,或者突变参与二硫键形成的Cys都可以获得均一的单体蛋白,并展示出强烈的膜打孔活性,这表明二硫键连接的二聚体代表了TrichoGSDM蛋白的非激活状态,二聚体向还原态的单体转换可能是TrichoGSDM蛋白潜在的激活机制。细胞质中的谷胱甘肽(glutathione,GSH)和硫氧还蛋白(thioredoxin,TRX)是两种重要的抗氧化系统,可以清除胞质中有害的活性氧或者蛋白质错误氧化形成的二硫键,维持胞质的还原环境。 研究人员利用胞质生理浓度的GSH或丝盘虫的TRX蛋白处理TrichoGSDM二聚体,都可以将二聚体还原、释放单体的膜打孔活性,在细菌中诱导表达TrichoGSDM具有和哺乳动物GSDM蛋白N端结构域相似的抑菌活性,说明细菌胞质的还原环境有利于TrichoGSDM维持在活化的单体状态,通过在细菌膜上打孔抑制细菌生长。研究人员还成功解析了TrichoGSDM在脂质体膜上形成的分子孔道高分辨率的冷冻电镜结构,发现TrichoGSDM由44个单体形成了目前已知的真核生物最大的GSDM孔道。通过结构分析揭示了TrichoGSDM识别酸性磷脂、发生构象变化并寡聚组装成孔的结构基础。这些研究阐明了TrichoGSDM从分子间二硫键介导的二聚体自抑制状态,通过还原二硫键活化成具有打孔活性的单体状态,并进一步在膜上寡聚打孔介导细胞死亡的分子机制,这种新颖的激活机制在GSDM蛋白中是首次发现的。 TrichoGSDM的发现激发了研究人员继续探寻只含有膜打孔结构域的GSDM蛋白的研究兴趣。最近,在丝状真菌粗糙脉孢菌(Neurospora crassa)中发现的融合致死基因rcd-1,在不同菌株中的等位基因可编码RCD-1-1和RCD-1-2两种同源蛋白,当不同菌株发生细胞融合时,两种RCD-1蛋白介导了同种异体识别(allorecognition)引发的细胞死亡。研究人员通过解析RCD-1-1和RCD-1-2的晶体结构,发现两种RCD-1蛋白与哺乳动物GSDM的膜打孔结构域具有相似的结构特征,但二者缺少发挥自抑制功能的结构元件。单独的RCD-1-1或RCD-1-2在溶液中呈现单体状态,通过识别酸性磷脂结合在脂质体膜上,却无法寡聚打孔,因而没有细胞毒性。而两种RCD-1蛋白在大肠杆菌、酿酒酵母或HeLa细胞等多种细胞系统中共表达时,会引发强烈的裂解性细胞死亡。 通过解析共孵育的RCD-1-1和RCD-1-2蛋白在脂质体膜上形成的分子孔道冷冻电镜三维结构,发现两种蛋白通过交替排布的异源寡聚组装方式形成已知的最小GSDM孔道。分析RCD-1分子孔道中两种蛋白的作用方式发现,每一个RCD-1-1分子都与两侧相邻的RCD-1-2分子相互作用,但两侧的互作方式并不等效,拥有更强分子间极性作用的一侧主导了RCD-1异源二聚体的形成,而另一侧的分子间相互作用驱动了以异源二聚体为单元进一步寡聚成孔。将RCD-1-1和RCD-1-2蛋白与脂质体共孵育,或分别结合脂质体后再进行共孵育,都可以通过两种蛋白的分子间识别激活在脂质体膜上的打孔活性,而将异源二聚体识别界面的关键残基突变,在分别表达两种蛋白的不同交配型酵母细胞融合或不同粗糙脉孢菌菌株的孢子融合时,都阻断了RCD-1蛋白的分子间识别,因而不能激活膜打孔活性并引起裂解性细胞死亡。这些研究揭示了具有膜结合特性的RCD-1蛋白单独存在时处在未激活的静息状态,细胞融合导致两种蛋白相遇,通过分子间特异性识别来激活异源二聚体组装,并进一步在细胞膜上寡聚成孔,执行细胞死亡的功能。 上述研究打破了一直以来认为GSDM蛋白需要蛋白酶切割打开自抑制、激活膜打孔活性的传统认识,揭示了低等真核生物中两类只含有膜打孔结构域的GSDM蛋白,分别通过氧化还原调控或配对的分子间相互作用来释放膜打孔活性的全新激活机制,拓展了对GSDM蛋白进化和功能多样性的机制理解。多种不同的激活机制表明GSDM蛋白可以响应更广泛的生物学信号,参与更丰富的生命活动过程。同时,这种不依赖酶切的GSDM蛋白具有被开发成诱导细胞死亡新型工具的潜力,可以助力细胞焦亡相关的基础和转化研究。