《2月26日_用于新冠病毒基因分型和变异识别的两种检测方法》

  • 来源专题:COVID-19科研动态监测
  • 编译者: zhangmin
  • 发布时间:2021-03-01
  • 据BioSpace网站2月26日消息,Vela Diagnostics宣布,已将ViroKey SQ FLEX SARS-CoV-2基因分型检测和ViroKey SARS-CoV-2 ID RT-PCR检测添加到其产品组合中。
    ViroKey SQ FLEX SARS-CoV-2基因分型检测(RUO)利用下一代测序(NGS)技术对SARS-CoV-2全基因组进行测序。随附的Sentosa™SQ Reporter软件可以找出突变并按谱系对其进行分类,从而有助于对COVID-19大流行的分子流行病学进行研究和理解。据世界卫生组织称,全基因组测序对于提高分子诊断,血清学测定,疫苗设计和抗病毒治疗的有效性/敏感性以及协助研究传播途径和暴发群至关重要。该公司提供了高度自动化的工作流程,从样品到生成报告所需的动手时间不到2小时。这种易用性使实验室可以非常迅速地采用NGS解决方案。
    ViroKey SARS-CoV-2 ID RT-PCR检测(RUO)能够快速识别阳性样本中的变体。变体包括B.1.1.7(英国)、B.1.351(南非)和P.1(巴西)谱系。随着变体的出现,比如最近来自纽约的B.1.526,可能会削弱疫苗的有效性,识别变体变得十分必要。该公司现在能够提供快速检测已知变体的选项,以及更好地管理大流行的所有未来变体。
    变体识别测试可以与ViroKey™SARS-CoV-2 RT-PCR测试v2.0结合使用,该软件已获得美国食品药品管理局(FDA)紧急使用授权,欧盟体外诊断医疗设备认证(CE-IVD)和 澳大利亚药品管理局(TGA)批准等。
    原文链接:https://www.biospace.com/article/releases/vela-diagnostics-adds-two-sars-cov-2-assays-for-virus-genotyping-and-variant-identification-to-its-covid-19-testing-solutions/?keywords=COVID-19

  • 原文来源:https://www.biospace.com/article/releases/vela-diagnostics-adds-two-sars-cov-2-assays-for-virus-genotyping-and-variant-identification-to-its-covid-19-testing-solutions/?keywords=COVID-19
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    • 2月28日_用于快速鉴定和表征新型冠状病毒基因组的基因检测冠状病毒分型工具 1.时间:2020年2月28日 2.机构或团队:比利时Emweb bv;南非夸祖鲁纳塔尔大学健康科学学院检验医学与医学科学学院夸祖鲁-纳塔尔研究创新和测序平台;巴西米纳斯吉拉斯州联邦大学生物科学研究所细胞和分子遗传学实验室;南非艾滋病研究计划中心等 3.事件概要: Bioinformatics于2月28日出版了比利时Emweb bv和南非夸祖鲁纳塔尔大学等发表的论文“Genome Detective Coronavirus Typing Tool for rapid identification and characterization of novel coronavirus genomes”。 文章指出,Genome Detective是一个基于Web的用户友好型软件应用程序,可以基于下一代测序数据集快速准确地组装所有已知的病毒基因组。此应用程序允许以FASTA格式从组装的基因组中鉴定系统发生簇和基因型。自2019年发布以来,已经为导致大规模疫情的新兴病毒产出了许多分型工具,例如巴西的Zika和Yellow Fever Virus。 在该论文中,作者介绍了该基因检测冠状病毒分型工具,指出该工具可以准确地识别在中国和世界各地分离出的冠状病毒(SARS-CoV-2)的基因序列。该工具每次最多可以提交2,000个序列,分析一个新的全基因组序列大约需要一分钟。该工具已经过来自十种冠状病毒物种的数百个全基因组的测试和验证,并正确分类了所有与SARS相关的冠状病毒(SARSr-CoV)和所有可用于SARS-CoV-2的公共数据。随着疫情在全球范围内的蔓延,该工具还可以跟踪新的病毒突变,这可能有助于加速新型诊断剂、药物和疫苗的开发。 4.附件: 原文链接: https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btaa145/5766118
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    • 编译者:zhangmin
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    • Summary: Genome Detective is a web-based, user-friendly software application to quickly and accurately assemble all known virus genomes from next generation sequencing datasets. This application allows the identification of phylogenetic clusters and genotypes from assembled genomes in FASTA format. Since its release in 2019, we have produced a number of typing tools for emergent viruses that have caused large outbreaks, such as Zika and Yellow Fever Virus in Brazil. Here, we present The Genome Detective Coronavirus Typing Tool that can accurately identify novel coronavirus (2019-nCoV) sequences isolated in China and around the world. The tool can accept up to 2,000 sequences per submission and the analysis of a new whole genome sequence will take approximately one minute. The tool has been tested and validated with hundreds of whole genomes from ten coronavirus species, and correctly classified all of the SARS-related coronavirus (SARSr-CoV) and all of the available public data for 2019-nCoV. The tool also allows tracking of new viral mutations as the outbreak expands globally, which may help to accelerate the development of novel diagnostics, drugs and vaccines. *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用.