登录
 机构网站
  1. 首页
  2. 情报产品
  3. 快讯详情

《水牛的新高质量参考基因组-爱丁堡大学》

  • 来源专题：动植物疫病
  • 编译者： 刘小燕
  • 发布时间：2019-01-29

  • 研究人员创造了一种新的高质量水牛基因组装配，它超越了人类和山羊组装的连续性。评估基因组装配质量的一种方法是查看中断基因组序列连续性的间隙数。目前研究人员开发出的新水牛基因组装配体，其数量上的差距比以前人类和山羊基因组的数量少。尽管测序技术取得了进展，但我们产生长连续DNA序列读数的能力仍然有限，基因组中通常存在一些缺口。在这项研究中，研究人员结合了许多技术，从而使得可能产生异常高质量的染色体水平基因组组装。他们已经证明，通过组合这些技术，可以显着减少基因组中的缺口数量。水牛是经济上重要的牲畜物种，它通过肉类、牛奶、皮革和通风力为全球农业作出贡献。罗斯林研究所为这项研究作出了贡献，该研究由阿德莱德大学的约翰威廉姆斯教授教导。罗斯林科学家已经为超过50种组织产生了超过210亿个RNA测序读数，为水牛提供了全年的基因表达图谱，另外该数据的重要部分用于注释水牛基因组。

267浏览量
原文链接
相关报告

  • 《遗传所发布高质量中国大豆基因组》
    • 来源专题：生物科技领域知识集成服务
    • 编译者：陈方
    • 发布时间：2020-09-10
    • 中国科学院遗传与发育生物学研究所田志喜课题组联合中国科学技术大学马世嵩课题组、江苏省农业科学院种质资源与生物技术研究所杜建厂课题组和北京贝瑞和康生物技术有限公司共同完成并发布国审大豆品种“中黄13”的高质量基因组序列及其注释信息，为大豆基础研究提供了非常重要的资源。相关研究成果于2018年7月27日以封面文章形式在线发表于《中国科学：生命科学》英文版。 大豆是重要的粮食经济作物，为人类提供主要的油料和蛋白资源。目前，广泛采用的大豆参考基因组来源于一个美国品种Williams 82。该单一品种的基因组并不能完全代表所有大豆的遗传变异，特别是和美国地理距离遥远具有明显遗传变异的亚洲品种。另外，在功能研究中发现该基因组存在多处组装错误，影响了功能基因的定位挖掘。因此，国内大豆研究者迫切需要一个针对国产大豆品种的高质量基因组。 该研究团队结合单分子实时测序（SMRT）、单分子光学图谱（optical mapping）和高通量染色体构象捕获技术（Hi-C），对国审品种“中黄13”的基因组进行从头组装，最终得到1.025 Gb的基因组序列（Gmax_ZH13），包含20条染色体和1条叶绿体。该基因组contig N50为3.46 Mb，scaffold N50 为51.87 Mb，是目前连续性最好的植物基因组之一。进一步分析表明，Gmax_ZH13与Williams 82基因组之间存在着大量的遗传变异。此外，团队整合大量转录组数据为Gmax_ZH13基因组注释基因构建了一个完整的基因共表达网络，为重要农艺性状基因的挖掘提供了新的思路。Gmax_ZH13基因组的发布为大豆基础研究提供了非常重要的资源，为国产优异大豆品种的培育奠定了坚实的基础。 丁陈君 摘编自http://www.ebiotrade.com/newsf/2018-8/201889164020173.htm 原文标题：高质量中国大豆基因组发布！助力大豆重要农艺性状调控基因挖掘
    234浏览量
    原文链接

  • 《海洋所发表中肋骨条藻高质量染色体水平参考基因组》
    • 来源专题：深海资源开发
    • 编译者：徐冰烨
    • 发布时间：2024-11-02
    • 近日，藻类学期刊Algal Research刊发海洋所在硅藻基因组学研究方面的最新成果。该研究成功构建了中肋骨条藻（Skeletonema costatum）高质量染色体水平参考基因组，这是在成功构建海洋优势浮游植物玛氏骨条藻（Skeletonema marinoi）和热带骨条藻（Skeletonema tropicum）染色体水平基因组后完成的第三个骨条藻属物种的参考基因组。 骨条藻属（Skeletonema）是在全球近岸海域广泛分布的广温广盐性浮游硅藻，是海洋生态系统中的重要初级生产者。该硅藻属具有较高的物种多样性，然而早期基于形态的研究未能准确区分和鉴定骨条藻属物种，导致很长时间几乎全部骨条藻物种被认为是中肋骨条藻。文献中报道的中肋骨条藻是广温广盐的典型代表种类，在全球近岸海域广泛分布，是中国沿海主要的赤潮物种之一。1933年首次在我国海域发现中肋骨条藻赤潮，至2009年共记录到142次，累积面积逾26,350 km2。根据中国海洋灾害公报，我国海域几乎每年都暴发中肋骨条藻赤潮，破坏生态系统稳定性，给水产养殖业带来巨大经济损失。 2005年,意大利科学家Diana Sarno等利用骨条藻物种的形态和分子序列差异，明确描述了骨条藻属的8种骨条藻物种。近年，我国学者对我国海域骨条藻进行详细区分，报道了5个骨条藻物种。然而，目前中肋骨条藻只有基因组草图发表，染色体水平的基因组还未构建，阻碍了相关研究的顺利开展。 中肋骨条藻染色体水平基因组的构建综合采用了Illumina测序、PacBio测序和Hi-C辅助基因组组装技术。中肋骨条藻基因组为136.49 Mb，包括23条染色体，contig N50和scaffold N50长度分别为302 Kb和6.19 Mb，具有较高的组装质量。三代组装结果和基因注释结果的BUSCO评估得分均在91%以上，表明中肋骨条藻基因组比较完整。中肋骨条藻基因组共注释了28,321蛋白编码基因，其中86.03 %的基因可以注释到功能。共线性分析发现，中肋骨条藻、玛氏骨条藻和热带骨条藻的绝大部分染色体具有一一对应关系。中肋骨条藻基因组比其他骨条藻大，主要是由于其重复序列含量较高和编码蛋白基因数量较多。中肋骨条藻在22.6 Mya与玛氏骨条藻和热带骨条藻的姐妹枝分化。三个骨条藻高质量基因组参考序列作为重要的基因组资源，对于解析硅藻同属内不同物种独特的地理分布格局等研究具有重要意义。
    218浏览量
    原文链接