《Nature | POLG1突变影响mtDNA和抗病毒》

  • 来源专题:战略生物资源
  • 编译者: 李康音
  • 发布时间:2024-04-06
  • 2024年4月3日,赫尔辛基大学Anu Suomalainen通讯在Nature发表题为Ancestral allele of DNA polymerase gamma modifies antiviral tolerance的文章,探索了DNA聚合酶γ(POLG1)在抗病毒防御机制中的作用及其与线粒体隐性共济失调综合征(mitochondrial recessive ataxia syndrome, MIRAS)的关系。POLG1中普遍存在的欧洲型突变,特别是p.W748S变体,影响了抗病毒能力。这项研究强调了线粒体通过感染后释放DNA(mtDNA)和RNA(mtRNA)片段在抗病毒耐受中的关键作用。这些分子充当病毒传感器的触发器,并启动针对病原体的强大的I型干扰素(IFN-I)反应,如HSV-1、TBEV和SARS-CoV-2。

    在仔细研究引起MIRAS的POLG1变体的作用后,作者发现这种对mtDNA复制至关重要的酶在防御双链DNA和正链RNA病毒的能力方面受到了损害。p.W748S突变通过破坏mtDNA复制子异构体的稳定来削弱天然免疫反应,从而导致mtDNA耗竭,而病毒感染加剧了这种现象。在MIRAS患者和敲除小鼠模型中,这种耗竭反映在mtDNA和mtRNA的细胞质释放减少,无法刺激有效的IFN-I反应。因此,延迟和被抑制的免疫反应使病毒在感染的早期阶段能够更有效地复制。这一优势促进了促炎环境的增强,表现为GABA能神经元的亚急性丢失和严重的肝脏炎症和坏死。

    一项对芬兰人口数据库的综合分析显示,携带POLG1 p.W748S突变的人群中免疫缺陷特征的比例过高,这支持了POLG1功能障碍会显著损害抗病毒耐受性并导致癫痫和肝病等神经并发症的假设。对MIRAS小鼠的广泛研究为该疾病的发病机制提供了令人信服的见解。在这些动物中,mtDNA缺失被证实与POLG1功能受损有关。感染TBEV后,MIRAS小鼠表现出肝脏炎症加剧和高水平的白细胞介素-6(IL-6)。体外和体内实验都表明,MIRAS细胞和小鼠更容易受到病毒复制的影响。最后,患者来源的大脑尸检样本揭示了异常的免疫途径,其特征是POLG1蛋白和mtDNA复制子异构体复合体数量减少,以及大脑皮层和小脑中mtDNA的显著缺失。转录组学分析显示,编码关键免疫调节蛋白的基因普遍下调,包括模式识别受体(PRR)、参与RIG-I信号传导的RNA解旋酶和IFN-I通路的下游效应分子,如OAS、IRF、STAT1和各种ISG。

    总体而言,该研究揭示了一种新的机制,即与MIRAS相关的POLG1突变导致了一系列事件,损害IFN-I信号传导,并促进对病毒挑战的慢性过度活跃炎症状态。对嗜神经病毒的初始免疫反应减弱,加剧了组织损伤,并可能推动MIRAS的进展,这突出了线粒体健康在免疫中的重要性,并突出了减轻MIRAS患者感染和相关疾病严重程度的潜在治疗靶点。

  • 原文来源:https://www.nature.com/articles/s41586-024-07260-z
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    • 2024年4月17日,洛克菲勒大学Luciano A. Marraffini、芝加哥大学Phoebe A. Rice共同通讯在Nature发表题为DNA glycosylases provide antiviral defence in prokaryotes的文章,发现了原核生物利用DNA糖基化酶防御病毒感染的新机制。迄今为止,这些酶在抗病毒免疫方面还不太被认可,然而作者指出其在细菌和噬菌体之间正在进行的进化军备竞赛中发挥着关键作用。通过创新实验方法,该团队绕过了现有基因组数据的限制,探索了环境DNA(eDNA)尚未开发的潜力,发现新的抗病毒防御机制。 这项研究始于一种策略性方法,通过用裂解大肠杆菌T4噬菌体感染携带土壤宏基因组DNA库的大肠杆菌来分离防御基因。该策略鉴定了一种以前未知的DNA糖苷酶Brig1,其特异性靶向并从T4噬菌体基因组中去除α-葡糖基羟甲基胞嘧啶(α-葡糖基hmC)核碱基。当Brig1作用于病毒DNA时,它会产生无碱基位点,有效地阻止病毒复制的进程。Brig1的特异性是显著的:它能够在体外降解T4噬菌体DNA,证明其直接参与阻碍病毒生命周期。经过仔细检查,发现Brig1是一种具有最低裂解酶活性的单功能糖基化酶,这意味着它能切除受损或修饰的碱基,而不会立即切割DNA的磷酸二酯酶骨架。相反,在适当的条件下,它会产生无碱基位点,导致β-消除反应后的双链DNA断裂。 作者通过分离成功绕过酶防御的“逃避者”噬菌体,进一步阐明了Brig1的有效性。对这些逃避者的基因分析揭示了T4α-葡糖基转移酶基因的突变,表明Brig1靶向噬菌体自身引入的葡糖基化标记。重要的是,该研究在不同细菌分支的不同细菌防御基因座中都检测到了Brig1的同源物,表明这些糖基化酶赋予了细菌对一系列T噬菌体的免疫力。Brig1对α-葡糖基hmC的特异性表明,T噬菌体可能进化出了羟甲基胞嘧啶的不同修饰模式,以逃避宿主编码的DNA糖苷酶(如Brig1)的识别和降解。 此外,该研究强调了Brig1和宿主DNA修复途径之间的相互作用。Brig1对病毒DNA的作用导致可能触发宿主修复机制的改变,随后进一步降解噬菌体基因组,从而放大抗病毒反应。 总的来说,这项研究展示了原核生物中一类以前未被识别的抗病毒蛋白——DNA糖基化酶——它们作为分子哨兵防御噬菌体入侵。Brig1及其同源物的发现为未来研究原核宿主及其病毒捕食者之间的动态相互作用开辟了令人兴奋的途径,对生物技术和理解宿主-病毒相互作用的自然进化具有重要意义。这项工作强调了筛选未测序DNA样本以揭示新型免疫系统的能力,并扩展了我们对细菌防御的复杂性和多功能性的了解,还指出存在更广泛的相关糖苷酶家族,每种糖苷酶都可能靶向不同噬菌体群体中hmC核碱基的不同修饰。
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    • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者:hujm
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    • 新冠肺炎(COVID-19)的长期存在对于有效的治疗药物或疗法产生了巨大需求。 美国食品药品监督管理局(FDA)已批了瑞德西韦(Remdesivir)作为抗新冠病毒药物,但瑞德西韦虽然缩短了康复时间,但并没有为新冠患者提供生存益处。 FDA还批准了几种单克隆抗体的紧急使用授权,这些单克隆抗体可以减少新冠患者的住院和死亡,但单克隆抗体的有效性随着新冠突变株 Omicron 的出现而减弱甚至丧失。 2021年12月,FDA还批准了两款抗新冠病毒口服药物的紧急使用授权,分别是辉瑞公司的 Paxlovid 和默克公司的 Molnupiravir,这两款口服药物在降低新冠感染者的住院和死亡风险方面效果显著,但它们能否预防新冠病毒感染还缺少明确证据。此外,Molnupiravir 在人体细胞中存在潜在致癌性问题,Paxlovid 在某些人群中存在耐受性问题。 因此,制定控制新冠感染的新策略仍然是当务之急。 2022年7月25日,杜克大学医王前奔教授团队、俄亥俄州立大学刘善虑教授团队、董一洲教授团队合作,在 Nature Chemical Biology 期刊发表了题为:Cas13d knockdown of lung protease Ctsl prevents and treats SARS-CoV-2 infection 的研究论文。 该研究首次证实 CRISPR-Cas13d(CasRx)可用于预防和治疗新冠病毒感染。具体来说,该研究使用改进的肺靶向性脂质纳米颗粒递送 CRISPR-Cas13d mRNA,特异性敲低肺部 Cstl 基因的 mRNA,从而阻断新冠病毒的感染,还可用于治疗新冠病毒感染。 重要的是,该方法不仅提供了一种预防和治疗新冠病毒感染的全新方法,而且由于该方法不依赖于对特定病毒结构的识别,因此无论病毒如何变异,该方法都是有效的。 该论文的通讯作者、杜克大学医学院病理学系王前奔教授表示,这项研究结果表明,CRISPR 技术代表了一种控制 SARS-CoV-2 感染的独特策略,应该作为一种潜在的治疗新冠肺炎的方法。 组织蛋白酶L(CTSL),是一种分解蛋白质的酶,该蛋白酶在肺部含量丰富。长期以来,该蛋白酶被认为在 SARS-CoV-1、MERS-CoV 等冠状病毒,以及 SARS-CoV-2 的感染中发挥重要作用,能够帮助这些病毒进入宿主细胞并增殖。 多年来,其他研究团队一直试图使用 CTSL 抑制剂来阻止冠状病毒感染。体外细胞实验显示很有希望,但在动物身上进行的测试却显示出令人失望的结果。 在这项最新论文中,研究团队使用了基于 CRISPR-Cas13d(CasRx)的 RNA 敲低技术,通过脂质纳米颗粒(LNP)递送 CRISPR-Cas13d 系统的 mRNA 的形式,以达到瞬时敲低 Ctsl 基因的 mRNA 的效果。这是因为 CTSL 酶本身在体内还发挥多种重要生理功能,因此不适合直接在 DNA 层面的敲除或在 mRNA 层面的长期敲低。 由于 CTSL 主要存在于肺部,为了将 CRISPR-Cas13d mRNA 特异性递送到肺部,研究团队在 SORT-LNP 的基础上,调整了阳离子脂质体比例,构建了基于 MC3 的肺选择性纳米递送系统。 SORT-LNP 由德州大学西南医学中心 Daniel Siegwart 教授实验室开发,通过在脂质纳米颗粒中添加第五种成分——SORT 脂质,可以改变 LNP 在体内的器官靶向特异性,并实现 mRNA 对肝脏以外器官的靶向递送。这种 SORT-LNP 可推广到多种肝外器官组织,实现对肺、肾脏乃至上皮细胞和免疫细胞等的 mRNA 递送。该论文于2020年4月发表于 Nature Nanobitechnology 期刊【2】,程强(现为北京大学未来技术学院研究员)、魏妥(现为中国科学院动物所研究员)为论文共同第一作者。 使用这种改进的肺选择性纳米递送系统,研究团队成功将 Cas13d(CasRx)mRNA/gRNA 靶向递送到肺部,实现了对肺部 Ctsl 基因的 mRNA 的高效、特异性,且安全敲低了肺部 Ctsl 基因的 mRNA,显著减少了肺部的组织蛋白酶L(CTSL)。这不仅可以阻止新冠病毒进入并感染宿主细胞,实现预防的目的,还在治疗重度新冠感染上取得显著效果。 使用这种基于纳米颗粒载体递送 CRISPR-mRNA 的新冠预防方法的好处显而易见,它的效果只持续数天,而不是像疫苗那样持续数月甚至数年。如果将其开发成喷雾吸入剂,就可以在需要的时候(例如乘飞机旅行或参加大型活动前)作为预防措施自行给药。 更关键的是,这种方法不仅可以预防感染,还具有显著的治疗潜力,在重度感染新冠病毒的小鼠模型中成功降低了其肺部病毒载量,抑制了引发致病后果的免疫风暴,显著提高了重度感染新冠病毒的小鼠的存活率。 王前奔教授表示,这是第一项证明 CRISPR/Cas13 可用于治疗新冠病毒感染的研究,而且这种纳米递送系统将来可以很容易地应用到 RNA 病毒之外的 DNA 病毒的感染,例如乙型肝炎。