《SARS-CoV-2 KP.2变异株的病毒学特征》

  • 来源专题:新发突发及重点传染病
  • 编译者: 张玢
  • 发布时间:2024-05-15
  • 新冠病毒 JN.1变种(BA.2.86.1.1),源自带有S:L455S置换的BA.2.86(.1),表现出增强的适应性,并在2024年初超越了之前占主导地位的XBB谱系。 JN.1随后多样化,导致后代出现了具有蛋白尖峰(S)置换的变体,如S:R346T和S:F456L。 特别是KP.2(JN.1.11.1.2)变种,是JN.1的后代,具有S:R346T和S:F456L两种置换,截至2024年4月,正在多个地区迅速传播。 在这里,研究人员调查了KP.2的病毒学特性。 与JN.1相比,KP.2的S蛋白中有三个置换,包括上述两个以及非S蛋白中的另一个置换。 研究人员根据来自美国、英国和加拿大的基因组监测数据估计了KP.2的相对有效再生数(Re),这里已经报道了超过30个KP.2序列,使用贝叶斯多项式逻辑模型。 KP.2在美国、英国和加拿大的Re分别比JN.1高1.22倍、1.32倍和1.26倍。 这些结果表明,KP.2具有更高的病毒适应性,并有可能成为全球主导谱系。 实际上,截至2024年4月初,KP.2的估计变体频率在英国已经达到20%。

    伪病毒检测表明,KP.2的传染性明显(10.5倍)低于JN.1。 然后,研究人员使用单价XBB.1.5疫苗血清和具有XBB.1.5、EG.5、HK.3和JN.1感染的突破感染(BTI)血清进行了中和实验。 在所有情况下,针对KP.2的50%中和滴度(NT50)明显低于针对JN.1的中和滴度。 特别是,KP.2对未感染的单价XBB.1.5疫苗接种者血清的抵抗性最显著(3.1倍),以及对感染者血清(1.8倍)。 总的来说,这些结果表明,KP.2的免疫抵抗能力增强部分导致了比包括JN.1在内的先前变种更高的Re。

    文献信息:Virological characteristics of the SARS-CoV-2 KP.2 variantYu Kaku, Keiya Uriu, Yusuke Kosugi, Kaho Okumura, Daichi Yamasoba, Yoshifumi Uwamino, Jin Kuramochi, Kenji Sadamasu, Kazuhisa Yoshimura, Hiroyuki Asakura, Mami Nagashima, The Genotype to Phenotype Japan (G2P-Japan) Consortium, Jumpei Ito, Kei SatobioRxiv 2024.04.24.590786; doi: https://doi.org/10.1101/2024.04.24.590786

  • 原文来源:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.24.590786v1
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    • SARS-CoV-2 JN.1 变体 (BA.2.86.1.1) 源自 BA.2.86.1 和刺突蛋白取代 Leu455Ser,到 2024 年初已经超过了以前占主导地位的 XBB 谱系。1随后,JN.1亚变体,包括KP.2(JN.1.11.1.2)和KP.3(JN.1.11.1.3),它们获得了额外的刺突蛋白取代(例如,Arg346Thr、Phe456Leu和Gln493Glu),同时出现(附录 PP 12-13).2此外,截至 2024 年 6 月,除了上述替换外,LB.1 (JN.1.9.2.1) 和 KP.2.3 (JN.1.11.1.2·3) 等 JN.1 亚变体在 S (Ser31del) 的第 31 位趋同缺失,已经出现并传播(附录 PP 12-13).2024年5月,我们报告了KP.2的病毒学特征;2在本通信中,我们研究了 KP.3、LB.1 和 KP.2.3 的病毒学特性。 研究人员估计了相对有效繁殖数(R和)的 KP.3、LB.1 和 KP.2.3 使用贝叶斯多项式逻辑模型3基于加拿大、英国和美国的基因组监测数据,截至 2024 年 5 月,这些变异株已在这些国家传播(附录第9-13页).The R和在这些国家,KP.3 比 JN.1 高出 1·2 倍以上,高于或接近 KP.2 (附录 PP 12-13).值得注意的是,R和LB.1和KP.2.3的值高于KP.2和KP.3(附录 PP 12-13).这些结果表明,除了KP.2之外,我们研究的三种变体还将在世界范围内传播。2 研究人员对假病毒进行了病毒学和免疫学实验。KP.2和KP.3在人HOS-ACE2/TMPRSS2细胞中的假病毒感染性显著低于JN.1(附录 PP 12-13).相反,LB.1 和 KP.2.3 的假病毒传染性与 JN.1 相似 (附录 PP 12-13).对突破性感染XBB.1.5或EG.5后的恢复期血清样本、HK.3或JN.1感染后的疫苗接种状态未知血清样本以及单价XBB.1.5疫苗接种后的血清样本进行中和试验。在所有四组恢复期血清样本中,LB.1 和 KP.2.3 的 50% 中和滴度显著低于 JN.1 的 50% 中和滴度(2.2 倍至 3.3 倍和 2.0 倍至 2.9 倍),甚至低于 KP.2 的中和滴度(1.6 倍至 1.9 倍和 1.4 倍至 1.7 倍;附录 PP 12-13).尽管KP.3对所有测试的恢复期血清样本显示出比JN.1更高的中和抵抗力(1·6倍至2·2倍),但KP.3和KP.2之间没有显著差异(附录 PP 12-13).在未感染XBB.1.5疫苗血清样本中,JN.1亚变体的50%中和滴度值非常低(附录 PP 12-13).对于自然感染XBB后的XBB.1.5疫苗血清样本,对KP.3、LB.1和KP.2.3的50%中和滴度值显著低于JN.1(2·1倍至2·8倍),甚至低于感染后的KP.2(1·4倍至2·0倍;附录 PP 12-13). 总体而言,JN.1 亚变体,包括 KP.2 和 KP.3,表现出免疫逃避和 R和与亲本JN.1相比。此外,LB.1 和 KP.2.3 与 Ser31del 相比,显示出更高的假病毒感染性和更强的免疫抵抗力。这些数据表明,Ser31del对于增加传染性、增强免疫逃避和增加R至关重要和.使用Ser31del持续监测变异体并评估这种缺失对各种变异蛋白的影响对于未来的研究是必要的。
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    • 编译者:张玢
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    • 在BA.1/BA.2和随后的BA.2.86谱系在全球迅速接管和占据主导地位的背景下,高度分化的新型冠状病毒变体的出现需要进行表征和密切监测。最近,在南非发现了另一个这样的BA.2后代,命名为BA.2.87.1。在这里,我们使用刺突假型病毒表明,BA.2.87.1比其他目前流行的变异体如JN.1对瑞典流行的抗体反应的中和抗性更低。此外,我们表明单价XBB.1.5适应的加强剂将BA.2.87.1的中和抗体滴度提高了近4倍。虽然,BA.2.87.1可能无法战胜目前流行的其他谱系,但高度分化变异体的反复出现和传播表明,未来可能会出现另一次类似于Omicron替代的大规模抗原转移。 文献信息:Daniel J Sheward, Ulrika Marking, Oscar Bladh, Sofia Held, Elise Looyens, Lena Vandenabeele, Sandra Muschiol, Katherina Aguilera, Nina Greilert Norin, Sofia Oling, Michelle Westerberg, Darren Martin, Gunilla B Karlsson Hedestam, Jan Albert, Charlotte Thalin, Ben Murrell. Neutralisation sensitivity of the SARS-CoV-2 BA.2.87.1 variant. bioRxiv 2024.03.21.586176; doi: https://doi.org/10.1101/2024.03.21.586176