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《对新出现的病原体威胁做出敏捷而有效的响应，需要开放数据和开放分析》

  • 来源专题：生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者： hujm
  • 发布时间：2020-02-26

  • 美国、德国、澳大利亚和比利时等机构的科研人员在bioRxiv预印版平台发表论文“No more business as usual: agile and effective responses to emerging pathogen threats require open data and open analytics”，强调对新出现的病原体威胁做出敏捷而有效的响应，需要开放数据和开放分析。
    全球合作是应对新型冠状病毒肺炎（COVID-19）爆发等突发公共卫生事件所必需的，需要无障碍地访问数据、分析工具和计算基础设施。令人遗憾的是，许多COVID-19研究缺乏数据共享和大量的分析混淆。在这项研究中，科研人员使用了迄今为止在公共领域中可用的所有COVID-19基因组数据，以强调获取原始数据的重要性，并证明现有合作研究在生物医学软件的管理和部署方面的努力可以可靠地支持全球危机期间的快速、可重复的研究。

  • 原文来源：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.21.959973v1.full.pdf
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    • 1.时间：2020年2月22日 2.机构或团队：宾夕法尼亚州立大学，约翰·霍普金斯大学，美国克利夫兰诊所，德国弗莱堡大学，澳大利亚墨尔本大学，比利时根特大学，美国天普大学 3.事件概要： 美国、德国、澳大利亚和比利时等机构的科研人员在bioRxiv预印版平台发表论文“No more business as usual: agile and effective responses to emerging pathogen threats require open data and open analytics”，强调对新出现的病原体威胁做出敏捷而有效的响应，需要开放数据和开放分析。 全球合作是应对新型冠状病毒肺炎（COVID-19）爆发等突发公共卫生事件所必需的，需要无障碍地访问数据、分析工具和计算基础设施。令人遗憾的是，许多COVID-19研究缺乏数据共享和大量的分析混淆。在这项研究中，科研人员使用了迄今为止在公共领域中可用的所有COVID-19基因组数据，以强调获取原始数据的重要性，并证明现有合作研究在生物医学软件的管理和部署方面的努力可以可靠地支持全球危机期间的快速、可重复的研究。 4.附件： 原文链接： https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.21.959973v1.full.pdf
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    • 编译者：张玢
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    • 2023年秋季，根据疾病预防控制中心（CDC）数据分析，儿童支原体肺炎相关的急诊科（ED）就诊人数在COVID-19大流行期间略有反弹，但仍未达到大流行前的高峰水平。 在大流行前，与肺炎相关的急诊科就诊中，支原体肺炎的诊断比例从1.15%下降至大流行期间的0.35%，然后在大流行后期增至0.89%。CDC亚特兰大国家免疫和呼吸疾病中心的克里斯·埃登斯博士及其同事在《疾病与死亡周报》中详细介绍了这一情况。 此外，该研究显示，支原体肺炎阳性检测结果的比例从研究的大流行前期（2018年1月至2020年4月）的1.2%下降至大流行期间（2020年5月至2023年8月）的0.04%，然后在研究的大流行后期（2023年9月至2023年12月）增至0.53%。 在2023年9月至2024年1月期间，CDC在四个不同地点收集的14份阳性标本分析后发现对大环内酯类药物敏感。埃登斯和合著者写道：“尽管对抗菌药物耐药性仍存在担忧，但大环内酯类药物仍然是美国支原体肺炎感染的推荐一线治疗。” 考虑到去年年底全球关于儿童支原体肺炎潜在激增的担忧，这一研究结果有些令人放心。2023年11月，俄亥俄州的一个县报告支原体肺炎病例达到流行水平，并且在六个欧洲国家、韩国和中国也报告了儿童病例和住院人数的增加。然而，CDC于12月1日宣布，总体而言，儿童因各种原因患肺炎的发病率与往年持平。 支原体肺炎通常引起所谓的“隐形肺炎”，在学龄儿童中尤为常见。虽然大多数感染是轻微的，但有些儿童会发展为严重肺炎，可能需要住院治疗。埃登斯和同事解释说，支原体肺炎感染通常每3至5年会出现显著的周期性增加，这可能是由于主要循环菌株的变化。 该分析使用了CDC的全国综合监测计划的数据，该计划包括美国6500多家急诊科和急诊护理科的诊断代码，以确定COVID-19大流行前、期间和后的支原体肺炎相关诊断比例。同时，还利用了新疫苗监测网络的数据来确定同一时期支原体肺炎阳性实验室检测结果的比例。
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