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《蛋白质组学和代谢组学的整合揭示了开花前应用细胞分裂素对鲜食葡萄果实中心碳代谢的影响》

  • 来源专题：食物与营养
  • 编译者： 李晓妍
  • 发布时间：2023-03-13
  • 世界各地的消费者都喜欢高品质的鲜食葡萄。为了在成熟时获得更高的品质性状，葡萄生产者使用不同的植物生长调节剂。人工合成的细胞分裂素氯吡脲N-(2-氯-4-吡啶基)N ' -苯脲(CPPU)应用广泛，但其对葡萄品质的影响尚不清楚。我们假设在开花前使用CPPU会导致代谢的变化，从而影响收获时的葡萄品质。

    因此，我们结合蛋白质组学和代谢组学研究CPPU的应用对葡萄品质的影响。经cppu处理的葡萄果实的大小和硬度显著增加。蛋白质组学分析表明，cppu处理的浆果在收获时积累了与碳水化合物代谢、糖酵解和三羧酸(TCA)循环相关的酶。代谢组学分析显示，在cppu处理的葡萄中，与碳水化合物代谢和TCA循环相关的化合物的丰度发生了变化。这些结果表明CPPU可以调节中心碳代谢，改善葡萄浆果品质。

  • 原文来源：https://www.cgiar.org/research/publication/proteomic-metabolomic-integration-pre-flowering-cytokinin-applications-central-carbon-metabolism-grape-berries
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  • 《加速分裂：不稳定的蛋白质是细胞分裂的主要开关》
    • 来源专题：可再生能源
    • 编译者：pengh
    • 发布时间：2019-11-05
    • 极不稳定的蛋白质Cln3似乎是激活发芽酵母中细胞分裂的主要开关。当蛋白质合成速率超过细胞体积增加速率时，Cln3浓度仅达到足以触发细胞分裂过程的水平。格罗宁根大学的科学家与瑞士的同事于11月4日在《自然细胞生物学》杂志上发表了这一发现。 尽管细胞无法思考，但它们仍必须根据环境条件“决定”是分裂还是进入休眠状态。三十年前，发现细胞周期蛋白依赖性激酶（CDK）复合物是细胞分裂周期的主要调节因子。然而，直到今天，细胞决定启动新分裂周期的确切机制仍不清楚。 振荡 三年前，格罗宁根大学的系统生物学家Matthias Heinemann证明，细胞代谢的振荡可能是发芽酵母中细胞周期的“导体”。他的研究小组现在发现了一个新难题，一种叫做Cln3的酵母蛋白。先前已知Cln3与CDK形成复合物并进入运动过程，提示细胞启动新的分裂周期。 “但是，由于人们认为Cln3的浓度在细胞分裂周期中保持恒定，因此尚不清楚CIn3如何影响细胞分裂的决定，” Heinemann解释说。而且，Cln3非常不稳定，并且很难测量其浓度，因为一旦产生，它几乎立即被分解。 为了调查Cln3在细胞决定启动新分裂周期中的作用，Heinemann及其研究团队（包括他的同事Andreas Milias-Argeitis）共同实施了另一种方法来测量CIn3随时间的生产率。 通常，人们会在Cln3基因旁边添加绿色荧光蛋白（GFP）的基因。 当产生Cln3-GFP时，这将导致荧光。 “但在这种情况下，GFP会与Cln3一起迅速分解，无法检测到荧光，” Milias-Argeitis解释说。 通过在Cln3和GFP之间包含一个额外的小肽，可以解决此问题。 “一旦产生了新的融合蛋白，这种额外的肽就会自Cln3自身裂解并释放GFP。因此，Cln3被分解，但GFP保留在细胞中并且可以被检测到。” 因此，可以测量Cln3的生产率。 该研究的第一作者Athanasios Litsios提出了自裂解肽的概念，他对微流控芯片中生长的单个细胞进行了许多艰苦的GFP荧光测量，并在显微镜下进行了观察，同时还测量了细胞体积。这些测量结果表明，Cln3的浓度在细胞决定启动分裂周期之前达到峰值。 Cln3浓度的测量较早完成，但正如Heinemann所解释的那样，仅使用在大型细胞群体中平均的技术。 “在那种情况下，Cln3浓度的峰值在整个细胞群体中平均。” 这种峰值蛋白质水平的显着之处在于它发生在蛋白质生产速度超过细胞体积增加的阶段。小ilia虫病解释如下。 “这意味着蛋白质合成与代谢过程之间存在脱钩，从而导致细胞体积增加。”这种解耦可以解释海涅曼先前观察到的某些代谢振荡，并且在细胞分裂周期的启动中也起作用。 有趣的 这项研究的发现表明，进入细胞分裂周期的决定是由Cln3浓度的峰值触发的，而Cln3浓度的峰值又由蛋白质合成速率的提高驱动。也许这个过程表明了一种机制，该机制使细胞能够“评估”环境条件是否有利于蛋白质生产-这一过程对于细胞分裂很重要。 Heinemann观察到，“在细胞决定开始新的分裂周期之前蛋白质产量增加的观察结果非常有趣。我们将必须对此进行调查，以找出造成这种增加的过程，当然，还涉及什么分子机制。”
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  • 《COVID-19患者血清的蛋白质组学和代谢组学表征》
    • 来源专题：生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者：hujm
    • 发布时间：2020-06-08
    • 5月27日，Cell期刊发表了来自温州医科大学附属泰州医院、西湖大学生命科学学院等机构题为“Proteomic and Metabolomic Characterization of COVID-19 Patient Sera”的文章。 文章指出，重症COVID-19患者的早期发现和有效治疗仍然是主要挑战。该研究对46名COVID-19患者和53名对照个体的血清进行了蛋白质组学和代谢组学分析。从18名非严重和13名严重患者的训练队列中，使用蛋白质组学和代谢组学测量结果训练了机器学习模型。使用10名独立患者对模型进行了验证，其中7名患者已正确分类。在第二批19名新的COVID-19患者的测试队列中，采用了靶向蛋白质组学和代谢组学测定方法来进一步验证该分子分类器，从而得出16个正确的任务。该文章指出，研究发现了COVID-19患者血清中的分子变化（与其他组相比），这涉及巨噬细胞功能失调、血小板脱颗粒和补体系统途径以及大量代谢抑制。这项研究揭示了重症COVID-19患者血清中特征性蛋白质和代谢产物的变化，可用于选择潜在的血液生物标志物以进行严重程度评估。
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