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《3月30日_研究人员分析SARS-CoV-2 B.1.1.7在美国的出现和快速传播情况》

  • 来源专题：COVID-19科研动态监测
  • 编译者： zhangmin
  • 发布时间：2021-04-02

  • 斯克里普斯研究所和加利福尼亚大学等机构的研究人员3月30日在期刊Cell上在线发表了题为“Emergence and rapid transmission of SARS-CoV-2 B.1.1.7 in the United States”的文章。
    文章称，在英国发现的具有高度传染性的SARS-CoV-2变体B.1.1.7，现已在全球范围内传播。研究人员利用S基因靶标失效（SGTF）和SARS-CoV-2基因组测序调查了该变异体在美国的流行情况和动态，追溯其在美国早期出现的情况。研究人员发现，B.1.1.7以对数速率增加，每周约增加一倍，使传播速率增加了40%-50%。研究人员发现早在2020年11月下旬就有几例B.1.1.7病毒进入美国，社区传播使得该变异体在几个月内就被传播到美国大多数州。研究表明，B.1.1.7在美国成为SARS-CoV-2主要毒株的轨迹与在该变异体在其他国家传播的轨迹相似，美国需要立即采取果断行动，以最大程度地降低COVID-19的发病率和死亡率。
    原文链接：https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)00383-4#

  • 原文来源：https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)00383-4#
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  • 《3月15日_SARS-CoV-2突变株B.1.1.7传播性及致病性更强》
    • 来源专题：COVID-19科研动态监测
    • 编译者：zhangmin
    • 发布时间：2021-03-23
    • 伦敦大学的研究人员3月15日在期刊Nature上在线发表了题为“Increased mortality in community-tested cases of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7”的文章。 文章称，SARS-CoV-2系B.1.1.7是2020年9月在英国首次检测到的变异体，已传播到全球多个国家。几项研究已经确定，B.1.1.7比以前检测到的变异体更容易传播，但尚不确定它是否会导致疾病严重程度发生变化。研究人员分析了2020年9月1日至2021年2月14日期间在英国社区检测到的2245263例SARS-CoV-2阳性病例和17452例COVID-19死亡病例的数据集。在1146534例（51%）的检测中，可以确定B.1.1.7与否，因为该谱系的突变阻止了病毒刺突蛋白基因靶点的PCR扩增（S基因靶点失效，SGTF1）。已知4945例死亡病例为SGTF状态，研究人员估计，在调整年龄、性别、种族、贫困程度、养老院居住、当地居住和测试日期后，与SGTF相关的死亡风险为55%（95% CI：39-72%）。这相当于55-69岁男性在社区被检测为COVID-19阳性后，28天内死亡的绝对风险从0.6%增加到0.9%（95%CI：0.8-1.0%）。修正SGTF的错误分类和SGTF状态的缺失后，研究人员估计与B.1.1.7相关的死亡风险增加到61%（42-82%）。分析表明，B.1.1.7不仅比预先存在的SARS-CoV-2变异体更具传播性，而且可能会导致更严重的疾病。 原文链接： https://www.nature.com/articles/s41586-021-03426-1#auth-Karla-Diaz_Ordaz
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  • 《Cell: 研究揭示SARS-CoV-2英国突变株B.1.1.7在美国境内的起源与传播规律》
    • 来源专题：生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者：hujm
    • 发布时间：2021-04-02
    • 自COVID-19疫情发生至今，已经有多种新型的变异毒株被发现，它们表现出比原始毒株更强的传播力度。其中，一种名为 “501 Y. V1; B.1.1.7” 的毒株携带N501Y突变，该毒株最早于2020年秋季在英国境内出现，之后传播至多个欧洲国家。无独有偶，南非以及巴西境内也鉴定出带有N501Y突变的变异毒株，分别为 “501Y.V2; B.1.351” 以及 “501Y.V3; P.1” 。然而，来自英国境内的B.1.1.7变异毒株刺突蛋白同时存在其它一些突变标志，其中包括69-70，144位点的氨基酸缺失以及A570D, P681H, T716I, S983A以及D1118H。 研究表明，B.1.1.7毒株具有比原始毒株更强的传播能力，其相比其它毒株的生长速率也要高40%-70%。虽然B.1.1.7毒株的确切源头至今仍然不清楚，但英国境内大规模的基因组学分析结果表明其更强的传播力与N501Y突变之间存在联系。 在最近发表于《Cell》杂志上的一项研究中，来自美国Scripps研究所的Kristian G. Andersen博士等人对B.1.1.7毒株在美国境内的流行趋势与传播动态特征进行了详尽的分析，希望能够对全球疫情的防控以及新型抗病毒疗法的开发提供思路。 由于69-70氨基酸缺失突变会导致在相关检测中呈现阴性结果（被称为S gene target failure，SGTF），对此，研究者们对一年以来收集得到的患者样本进行了常规检测以及SGTF检测，试图寻找B.7.1.1突变毒株在美国境内的起源与流行趋势。 首先，作者对自2020年7月份以来收集到的SARS-CoV-2阳性样本（大约50万份）进行了SGTF分析，结果表明：2020年十月份上旬，SGTF的占比维持在较低水平，随着每天1.4%的SARS-CoV-2检测阳性率，SGTF的占比从2021年1月份的0.8%上升至二月中的10.6%。 为了进一步验证基于SGTF的分析结果，作者进行了更为详尽的测序分析。结果显示，在总共纳入测序分析的986份SGTF阳性样本中，有662份样品存在69-70位点的缺失突变，占比为67%。 此外，这些测序结果显示阳性的样本同时具备其它符合B.1.1.7的序列特征，其中包括144位点的氨基酸缺失以及A570D, P681H, T716I, S983A以及D1118H突变。然而这些样本序列中不存在B.1.351或P.1突变株的相关特征。 之后，作者比较了B.1.1. 7毒株与其它毒株在美国境内的传播速率。结果显示，B.1.1.7在全美境内的对数生长率为7.5%/天，以5.5天的间隔计算，转换之后的传播率为41%。 基于上述结果，作者认为如果B.1.1.7在美国境内继续保持上述传播速率，将在不久之后成为最主流的流行毒株。 为了探究B.1.1.7何时传入美国境内，作者将662份测序样本与292份境外测序样本合并进行贝叶斯运算。结果显示，大部分美国境内的B.1.1.7毒株序列可以分为两个类群，分别起源于加利福尼亚与佛罗里达。其中最早传入美国境内的毒株起源于加州，时间约为2020年12月1日。在接下来的几个月中又分别从佛州，佐治亚，宾州，纽约州等地相继传入。通过分析不同地区的B.1.1.7毒株数量与时间的关系，作者认为该毒株早在2020年底就已经在全美境内多地区扩散。 基于上述结果，作者认为这一起源于英国的变异毒株B.1.1.7未来或许将成为美国最主流的流行毒株，考虑到此前研究表明该毒株具有比原始毒株更强的致病性与致死率，因此作者呼吁大众与科学界提高警惕，尽最大可能防止疫情的进一步扩散，并积极寻找对抗上述突变毒株的方法。
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