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《3月15日_SARS-CoV-2突变株B.1.1.7传播性及致病性更强》

  • 来源专题：COVID-19科研动态监测
  • 编译者： zhangmin
  • 发布时间：2021-03-23

  • 伦敦大学的研究人员3月15日在期刊Nature上在线发表了题为“Increased mortality in community-tested cases of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7”的文章。
    文章称，SARS-CoV-2系B.1.1.7是2020年9月在英国首次检测到的变异体，已传播到全球多个国家。几项研究已经确定，B.1.1.7比以前检测到的变异体更容易传播，但尚不确定它是否会导致疾病严重程度发生变化。研究人员分析了2020年9月1日至2021年2月14日期间在英国社区检测到的2245263例SARS-CoV-2阳性病例和17452例COVID-19死亡病例的数据集。在1146534例（51%）的检测中，可以确定B.1.1.7与否，因为该谱系的突变阻止了病毒刺突蛋白基因靶点的PCR扩增（S基因靶点失效，SGTF1）。已知4945例死亡病例为SGTF状态，研究人员估计，在调整年龄、性别、种族、贫困程度、养老院居住、当地居住和测试日期后，与SGTF相关的死亡风险为55%（95% CI：39-72%）。这相当于55-69岁男性在社区被检测为COVID-19阳性后，28天内死亡的绝对风险从0.6%增加到0.9%（95%CI：0.8-1.0%）。修正SGTF的错误分类和SGTF状态的缺失后，研究人员估计与B.1.1.7相关的死亡风险增加到61%（42-82%）。分析表明，B.1.1.7不仅比预先存在的SARS-CoV-2变异体更具传播性，而且可能会导致更严重的疾病。
    原文链接：
    https://www.nature.com/articles/s41586-021-03426-1#auth-Karla-Diaz_Ordaz

  • 原文来源：https://www.nature.com/articles/s41586-021-03426-1#auth-Karla-Diaz_Ordaz
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相关报告

  • 《Cell: 研究揭示SARS-CoV-2英国突变株B.1.1.7在美国境内的起源与传播规律》
    • 来源专题：生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者：hujm
    • 发布时间：2021-04-02
    • 自COVID-19疫情发生至今，已经有多种新型的变异毒株被发现，它们表现出比原始毒株更强的传播力度。其中，一种名为 “501 Y. V1; B.1.1.7” 的毒株携带N501Y突变，该毒株最早于2020年秋季在英国境内出现，之后传播至多个欧洲国家。无独有偶，南非以及巴西境内也鉴定出带有N501Y突变的变异毒株，分别为 “501Y.V2; B.1.351” 以及 “501Y.V3; P.1” 。然而，来自英国境内的B.1.1.7变异毒株刺突蛋白同时存在其它一些突变标志，其中包括69-70，144位点的氨基酸缺失以及A570D, P681H, T716I, S983A以及D1118H。 研究表明，B.1.1.7毒株具有比原始毒株更强的传播能力，其相比其它毒株的生长速率也要高40%-70%。虽然B.1.1.7毒株的确切源头至今仍然不清楚，但英国境内大规模的基因组学分析结果表明其更强的传播力与N501Y突变之间存在联系。 在最近发表于《Cell》杂志上的一项研究中，来自美国Scripps研究所的Kristian G. Andersen博士等人对B.1.1.7毒株在美国境内的流行趋势与传播动态特征进行了详尽的分析，希望能够对全球疫情的防控以及新型抗病毒疗法的开发提供思路。 由于69-70氨基酸缺失突变会导致在相关检测中呈现阴性结果（被称为S gene target failure，SGTF），对此，研究者们对一年以来收集得到的患者样本进行了常规检测以及SGTF检测，试图寻找B.7.1.1突变毒株在美国境内的起源与流行趋势。 首先，作者对自2020年7月份以来收集到的SARS-CoV-2阳性样本（大约50万份）进行了SGTF分析，结果表明：2020年十月份上旬，SGTF的占比维持在较低水平，随着每天1.4%的SARS-CoV-2检测阳性率，SGTF的占比从2021年1月份的0.8%上升至二月中的10.6%。 为了进一步验证基于SGTF的分析结果，作者进行了更为详尽的测序分析。结果显示，在总共纳入测序分析的986份SGTF阳性样本中，有662份样品存在69-70位点的缺失突变，占比为67%。 此外，这些测序结果显示阳性的样本同时具备其它符合B.1.1.7的序列特征，其中包括144位点的氨基酸缺失以及A570D, P681H, T716I, S983A以及D1118H突变。然而这些样本序列中不存在B.1.351或P.1突变株的相关特征。 之后，作者比较了B.1.1. 7毒株与其它毒株在美国境内的传播速率。结果显示，B.1.1.7在全美境内的对数生长率为7.5%/天，以5.5天的间隔计算，转换之后的传播率为41%。 基于上述结果，作者认为如果B.1.1.7在美国境内继续保持上述传播速率，将在不久之后成为最主流的流行毒株。 为了探究B.1.1.7何时传入美国境内，作者将662份测序样本与292份境外测序样本合并进行贝叶斯运算。结果显示，大部分美国境内的B.1.1.7毒株序列可以分为两个类群，分别起源于加利福尼亚与佛罗里达。其中最早传入美国境内的毒株起源于加州，时间约为2020年12月1日。在接下来的几个月中又分别从佛州，佐治亚，宾州，纽约州等地相继传入。通过分析不同地区的B.1.1.7毒株数量与时间的关系，作者认为该毒株早在2020年底就已经在全美境内多地区扩散。 基于上述结果，作者认为这一起源于英国的变异毒株B.1.1.7未来或许将成为美国最主流的流行毒株，考虑到此前研究表明该毒株具有比原始毒株更强的致病性与致死率，因此作者呼吁大众与科学界提高警惕，尽最大可能防止疫情的进一步扩散，并积极寻找对抗上述突变毒株的方法。
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  • 《SARS-CoV-2突变对其致病性的影响》
    • 来源专题：生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者：hujm
    • 发布时间：2020-05-07
    • 浙江大学在medRxiv预印本平台发表论文“Patient-derived mutationsimpact pathogenicity of SARS-CoV-2”。文章旨在研究不同患者体内病毒的突变对其致病性的影响。 基因测序数据显示SARS-CoV-2存在大量的单核苷酸突变（SNVs），文章对来自11例患者体内SARS-CoV-2病毒的功能特征进行表征，发现不同的病毒分离株具有不同的突变，包括S蛋白中6个不同的突变，其中两个不同的SNVs导致相同的错义突变。当这些病毒株感染Vero-E6细胞时，不同的突变株具有不一样的细胞病变作用和病毒负载能力（差别高达270倍）。 *注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。
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