国家重点研发计划是国家科技计划管理改革后实施的最新科技计划，由原来科技部管理的973计划、863计划、国家科技支撑计划、国际科技合作与交流专项；发改委、工信部共同管理的产业技术研究与开发资金；农业部、卫计委等13个部门管理的公益性行业科研专项等整合而成。该计划主要针对事关国计民生的重大社会公益性研究，以及事关产业核心竞争力、整体自主创新能力和国家安全的重大科学技术问题，突破国民经济和社会发展主要领域的技术瓶颈。
2016年~2018年近三年期间（截止2018年8月底），国家重点研发计划公示了114个重点专项，共发布了2997个项目，项目总金额高达650.7亿元。科研院所承担的项目总金额为2314760.45万元，占比36%。
从项目金额角度，重点专项承担单位排名前10的科研院所为中国农业科学院植物保护研究所、中国农业科学院作物科学研究所、中国计量科学研究院、中国建筑科学研究院、中国科学院地理科学与资源研究所、中国科学院遗传与发育生物学研究所、中国科学院物理研究所、中国科学院半导体研究所、中国水利水电科学研究院以及水利部交通运输部国家能源局南京水利科学研究院，这10个科研院所所承担的项目金额占全部科研院所承担项目总额的19.3%。
从项目数量角度，重点专项承担单位排名前10的科研院所为中国计量科学研究院、中国标准化研究院、中国科学院地理科学与资源研究所、中国建筑科学研究院、中国科学院半导体研究所、中国水利水电科学研究院、中国农业科学院植物保护研究所、中国科学院物理研究所、中国医学科学院肿瘤医院、水利部交通运输部国家能源局南京水利科学研究院以及中国特种设备检测研究院。
重点分析项目金额排名前10的科研院所承担的项目所属专项发现，项目数量超过10个的专项有化学肥料和农药减施增效综合技术研发、水资源高效开发利用、七大农作物育种、战略性先进电子材料、国家质量基础的共性技术研究与应用以及绿色建筑及建筑工业化。其中，国家质量基础的共性技术研究与应用专项内的项目数最多，为30个，承担单位只有一个，即国家质量基础的共性技术研究与应用。科研院所承担的项目所属专项比较集中，同一专项内项目承担单位并不多。
科研院所中，中国科学院承担的项目总金额为873677万元，占所有项目总和的14%。中国科学院共有91个研究所牵头承担了国家重点研发计划项目，其中有31个研究所的承担总额超过1亿元。承担项目数量最多、承担项目总金额最大的研究所为中国科学院地理科学与资源研究所，该研究所承担的项目所属专项包括全球变化及应对、地球观测与导航、高性能计算、典型脆弱生态修复与保护研究、农业面源和重金属污染农田综合防治与修复技术研发以及生物安全关键技术研发。
