《哥伦比亚克氏锥虫TcI菌株的分阶段基因组组装和基因家族的进化》

• 来源专题：农业生物安全
• 编译者： 任洁
• 发布时间：2024-01-27

恰加斯病是拉丁美洲热带地区的一种地方病，由寄生虫克氏锥虫引起。高种内变异性和基因组复杂性一直是组装进化、群体基因组学、诊断和药物开发研究所需的高质量基因组的挑战。在这里，我们提出了TcI克氏锥虫菌株（Dm25）的染色体水平分阶段组装。虽然29条染色体与巴西A4菌株的组装显示出较大的共线性，但与之前的TcI克氏锥虫菌株组装相比，3条染色体表现出较大的杂合性和较大的分歧。核苷酸和蛋白质进化统计表明，克氏锥虫在已知的DTU中克氏锥虫多样化之前就分离了。分散基因家族和组蛋白的染色体间旁系同源物之前出现过，但同时与其他重复家族相比具有更严格的纯化选择。在该组装中鉴定了以前未报道的蛋白激酶和组蛋白的大型串联阵列。从与初级组装体对齐的Illuminaread中获得的超过100万个变体清楚地区分了主要DTU。我们预计这种新的组装将成为进一步研究锥虫进化和功能基因组学的宝贵资源。