《稀树草原监控蜥蜴具有独特的气流模式,是鸟类和哺乳动物的气流模式的混合体》

  • 来源专题:可再生能源
  • 编译者: pengh
  • 发布时间:2019-12-16
  • 您刚刚参加了地球上最深刻的进化革命之一-呼吸陆地。尚不清楚大约4亿年前,第一批脊椎动物从海里爬出来后如何繁衍,但肺部却有重要的线索。

    鸟类,爬行动物,哺乳动物和鸟类已进化出多种肺部结构,空气以复杂的方式通过这些结构流动。鸟类和哺乳动物处于气流谱的最末端。哺乳动物吸入富含氧气的空气,该空气汇入较小的分支,最终进入微小的囊,氧气进入其中,二氧化碳离开血液。当哺乳动物呼气时,耗尽的空气会沿着相同的路径排出体外,表现出所谓的潮汐流型。

    相反,鸟的呼吸以整齐的方式经过呼吸系统的一部分,但在整个肺的大部分区域中都是单向循环的。得益于带有气动阀的独特设计,在吸气和呼气过程中,空气总是通过鸟类中许多细小的管子流向头部。科学家认为这种流动模式非常高效,并且可以进化为支持飞行,直到犹他大学生物学家科琳·法默(Colleen Farmer)的研究小组发现鳄鱼和鬣蜥也具有单向气流模式。

    在最近的研究中,U生物学家发现萨凡纳监控蜥蜴的肺部结构是鸟类和哺乳动物肺部的混合体。研究人员对整个肺迷路进行了CT扫描,并使用两个不同的超级计算机以最高分辨率模拟气流模式。该软件使用的计算流体动力学与用于天气预报的流体动力学相似,每十分之一秒就计算数百万个方程。研究结果表明,脊椎动物的肺部进化非常复杂,我们尚未了解全部情况。

    主要作者罗伯特·西埃里(Robert Cieri)说:“我们不知道动物为什么会有不同类型的肺气流,他是在法默实验室当研究生时就进行这项研究的。 “为什么人类有肺,而鸟类有肺?这不是一个简单的问题。通过回答,也许我们可以找到更多有关自己历史的信息。”

    该论文于12月13日在《解剖记录》上发表

    独特的气流模式

    萨凡纳监控蜥蜴一直吸引着科学家,因为它们拥有爬行动物中最复杂的肺系统之一。在2014年,Cieri和同事分析了一部分主要为单向气流的肺部。这项新研究使用了更强大的技术来绘制更完整,更复杂的图片。稀树草原监控蜥蜴的肺部围绕一根较长的分支管构造,该分支管贯穿到肺部的后部,并通向一个大囊。许多较小的管道从主管道分支出来,将空气分配到微小的腔室中。这些腔室的壁上有孔,允许空气也从腔室到另一腔室流动。这种复杂的布局导致气流模式随呼吸周期变化。这是一种独特的模式,既是鸟类,又是哺乳动物。

    当动物呼气时,几乎所有的空气都以净单向流的形式流向肺部的前端并从气管流出。吸入开始时,空气通过气管进入肺后部。随着吸气的继续,空气开始分布在整个不同的侧腔中,并开始向肺的前方循环。随着这些回路变得越来越占主导地位,吸入的后期阶段看起来类似于呼气,因为大部分空气从中央室单向流回。复杂的结构没有瓣膜或瓣膜决定气流,就像心脏泵血一样。纯空气动力学指导着复杂的物理学。

    “这项研究对于证明可以对这些极为复杂的肺中的气流模式进行数值分析非常重要。这种定量能力开辟了新途径,以研究空气动力学阀如何工作的基本机制,并为我们提供了更好的工具来整合进化过程。这些流动模式及其基础结构的历史”,资深作者法默说。

    超级计算机讲述了一个复杂的故事

    物理学是如此复杂,以至于Cieri需要来自美国高性能计算中心和国家科学基金会Blue Waters的两台超级计算机来进行计算机流体动力学仿真。创建完CT扫描后,他修改了现有软件,以根据肺部结构预测流速和压力。他将结构分割成数百万个微小的“盒子”。每个盒子都有肺那个部分的物理参数。模拟使用方程式预测下一个框中的压力和速度,依此类推。

    “有数以百万计的这些元素。每个元素在各个方向上每千分之一秒都会影响另一个元素。这就是为什么我们需要计算机功能的原因—模拟是在每个步骤上用蛮力平衡两个方程式来找出下一个元素”,Cieri说。

    肺的进化是了解导致我们现在所处位置的压力的关键线索之一。 除了学习更多有关肺进化的知识外,Cieri相信我们可以从结构的物理学中学到一些东西。

    他说:“我们想了解更多有关动物世界的真正酷流体动力学的惊人财富。也许我们可以将这些知识应用于工程或人类健康。”

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    • 编译者:张毅
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  • 《研究揭示线粒体TCA酶入核调控多能性的全新模式》

    • 来源专题:转基因生物新品种培育
    • 编译者:姜丽华
    • 发布时间:2022-12-17
    • 12月2日,中国科学院广州生物医药与健康研究院刘兴国课题组与香港中文大学合作,在《自然-通讯》(Nature Communications)上,在线发表了题为Nuclear Localization of Mitochondrial TCA Cycle Enzymes Modulates Pluripotency via Histone Acetylation(《线粒体TCA循环酶入核通过组蛋白乙酰化调控多能性》)的最新研究成果。研究发现,多种线粒体TCA循环酶在多能干细胞获得、状态转变以及转变为全能干细胞等过程均存在从线粒体转运到细胞核的现象,且核定位TCA循环酶调控上述过程。核定位丙酮酸脱氢酶(Pdha1)可促进细胞核内乙酰CoA从而促进组蛋白乙酰化修饰,并进一步打开多能性相关基因,推进多能性获得。该研究揭示了线粒体TCA循环酶入核通过表观遗传调控多能性的重要作用,拓展了线粒体反向信号调控干细胞多能性的新模式。   哺乳动物细胞存在两个具有遗传物质的细胞器——细胞核与线粒体。这两者约二十亿年前相遇,便开始了相恋相依的进化历程。多能干细胞独特的自我更新能力与分化为多种细胞类型的能力,使其在再生医学和发育生物学研究中受到关注。胚胎干细胞(embryonic stem cell,ESCs)与诱导多能干细胞(induced pluripotent stem cells,iPSCs)是常见的多能干细胞。多能干细胞具有特殊的表观遗传修饰状态,而许多线粒体代谢产物如乙酰辅酶A、α-酮戊二酸、NAD+等作为组蛋白修饰酶的辅基直接发挥重要作用。刘兴国团队以多能干细胞模型系统地阐明了线粒体氧离子调控组蛋白甲基化与DNA甲基化,线粒体代谢产物调控组蛋白乳酸化、乙酰化,线粒体磷脂调控组蛋白乙酰化及基因表达等一系列通过反向信号模式调控细胞核的全新模式。   三羧酸循环(tricarboxylic acid cycle,TCA cycle)作为需氧生物体内普遍存在的代谢途径,是物质代谢与能量代谢的重要枢纽。线粒体TCA循环酶正常行驶功能是TCA循环维持的关键。TCA循环酶在一些恶性肿瘤细胞中能从线粒体转运到细胞核内发挥DNA修复和表观遗传调控的作用。然而,TCA循环酶在多能性获得与转变中时空调控的规律和作用尚不清楚。   刘兴国团队聚焦多能性的各个过程,包括多能干细胞获得(iPSCs重编程)、始发态-原始态转变(Primed-Naive转变)、转变为全能干细胞(ESCs-类二细胞期细胞(2CLCs)转变)。以上过程均发现线粒体内TCA循环酶类,包括Pdha1、Pcb、Aco2、Cs、Idh3a、Ogdh、Sdha、Mdh2等存在从线粒体向细胞核转运的现象。其中,过表达核定位TCA循环酶Pdha1、Pcb、Aco2、Cs、Idh3a能促进干细胞多能性的获得以及Primed-Naive转变。另外,核定位的Pdha1促进ESCs向2CLCs转变。Pdha1对多能干细胞命运的作用依赖于其丙酮酸脱氢酶活性。   研究发现,在多能性获得过程中,核定位TCA循环酶Pdha1不改变细胞的有氧呼吸及糖酵解动态平衡。核定位Pdha1通过促进细胞核内乙酰辅酶A的合成为组蛋白乙酰化提供反应底物,促进组蛋白H3乙酰化,尤其是H3K9与H3K27两个位点的乙酰化修饰水平。进一步,研究显示,核定位Pdha1能促进多能性相关基因的转录起始位点以及增强子区域的H3K9ac和H3K27ac水平。核定位Pdha1能促进P300以及重编程因子Sox2/Klf4/Oct4对它们下游靶标(多能性基因)的结合,并促进多能性相关基因染色质的重塑,进而促进多能性的获得。   该工作为目前新的组蛋白修饰如组蛋白棕榈酰化、巴豆酰化、丁酰化修饰等的研究提供了新的研究思路(这些修饰依赖于线粒体产生的代谢物)。本研究描述了多个TCA循环酶的转运入核。除Pdha1外,其他TCA循环酶可能在调节细胞核中的表观遗传学中发挥类似作用,提示细胞核中可能存在类似线粒体中的复杂代谢循环,并调控多种表观遗传途径。   本研究阐明的Pdha1转运入核为组蛋白乙酰化提供局部乙酰辅酶A,是全新的通过活跃的组蛋白乙酰化维持染色质开放状态的新途径。这一途径对于多能性颇为重要,并表明其在早期发育中的重要生理意义。肿瘤干细胞同样表现出开放的染色质结构、过度活跃的组蛋白乙酰化和从氧化磷酸化到无氧糖酵解的代谢转换,这一新途径或为肿瘤干细胞的病理研究提供信息。   细胞核与线粒体在二十亿年相恋相依中进化出较多交流方式,其中,线粒体代谢物入核作为表观遗传酶的辅基是重要的一种。这如同线粒体与细胞核隔着细胞质的海洋,代谢物是舟上相思的“红豆”。而线粒体TCA循环酶则另辟蹊径,作为线粒体的“信物”,到达细胞核,更加精准的对应需求,在细胞核里局部生根发芽,就地利用养料(丙酮酸)结出新鲜茂密的“红豆”,并使局部的核小体松散。   研究工作得到国家重点研发计划、国家自然科学基金、中国科学院、广东省、广州市的支持。