严重急性呼吸系统综合症冠状病毒2（SARS-CoV-2）于2019年12月在中国武汉首次发生，引起严重的急性呼吸系统疾病，死亡率很高，并已遍及全球。为了了解新出现的SARS-CoV-2的进化，我们在这里分析了SARS-CoV-2的密码子使用模式。为此，我们将SARS-CoV-2的密码子使用与其他属于Orthocoronavirinae亚科的病毒进行了比较。我们发现，SARS-CoV-2的AU含量很高，极大地影响了其密码子的使用，这似乎更适合人类宿主。我们还研究了影响五种保守冠状病毒基因密码使用的进化压力，这些基因编码病毒复制酶，刺突，包膜，膜和??核衣壳蛋白。我们发现突变偏倚和自然选择的不同模式会影响这些基因的密码子使用。此外，我们在这里显示两个完整的膜蛋白（基质和包膜）往往会通过在其相应基因上积累核苷酸突变而缓慢进化。相反，编码核衣壳（N），病毒复制酶和刺突蛋白（S）的基因虽然被认为是开发疫苗和抗病毒药物的重要靶标，但与上述两个基因相比，它们的进化速度更快。总体而言，我们的结果表明，针对后三个基因观察到的较高差异可能代表了针对SARS-CoV-2的抗病毒治疗药物开发中的重要障碍。
