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《SARS-CoV-2和其他β-冠状病毒的密码子使用情况的多变量分析》

  • 来源专题：新发突发疾病（新型冠状病毒肺炎）
  • 编译者： 蒋君
  • 发布时间：2020-04-06

  • 2019冠状病毒病（COVID-19）继续在中国境内外传播，是一个全球性的健康问题。严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）是该病的病原体，属于Betacoronavirus属，包括严重急性呼吸综合征冠状病毒（SARSr-CoV）和中东呼吸综合征冠状病毒（MERSr-CoV）。病毒基因密码子的使用在不同的宿主环境中受到不同的选择压力。以往对甲型流感病毒密码子使用的研究有助于确定病毒宿主的起源和进化趋势，但对冠状病毒的类似研究尚不多见。本研究对冠状病毒不同基因序列进行了全局对应分析（CA）、组内对应分析（WCA）和组间对应分析（BCA）。SARS-CoV-2的氨基酸使用模式与蝙蝠和人SARSr-CoV相似。然而，我们发现SARS-CoV-2及其在spike和membrane基因上的亲缘关系在同义密码子使用上存在较大差异，表明这两个基因受到不同的进化压力。

  • 原文来源：;https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2020/02/25/2020.02.15.950568.full.pdf
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  • 《SARS-CoV-2和其他β冠状病毒的密码子使用情况的多变量分析》
    • 来源专题：生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者：hujm
    • 发布时间：2020-02-29
    • 香港大学的科研人员在bioRxiv预印版平台发表论文“Multivariate Analyses of Codon Usage of SARS-CoV-2 and other betacoronaviruses”，对冠状病毒的病毒序列中不同基因之间进行了全局对应分析、组内对应分析和组间对应分析。 文章指出，随着冠状病毒（COVID-19）继续在中国及其他地区蔓延，它已成为全球性的健康问题。该病的病原体是严重急性呼吸综合征冠状病毒（SARS-CoV-2），属于Betacoronavirus属，与严重急性呼吸综合征相关的冠状病毒（SARSr-CoV）和中东呼吸综合征相关的冠状病毒（MERSr- CoV）同为一个属。病毒基因的密码子使用被认为在不同的宿主环境中经受不同的选择压力。先前有关甲型流感病毒密码子使用的研究可以帮助确定病毒宿主的起源和进化趋势，但是，缺乏关于冠状病毒的类似研究。在这项研究中，科研人员对冠状病毒的病毒序列中不同基因之间进行了全局对应分析（CA）、组内对应分析（WCA）和组间对应分析（BCA）。通常发现SARS-CoV-2的氨基酸使用模式类似于蝙蝠和人SARSr-CoV。然而，研究发现在SARS-CoV-2及其系统亲缘关系上，在突变和膜基因上存在更大的同义密码子用法差异，表明SARS-CoV-2的这两个基因受到不同的进化压力。
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  • 《2月25日_SARS-CoV-2和其他β冠状病毒的密码子使用情况的多变量分析》
    • 来源专题：COVID-19科研动态监测
    • 编译者：zhangmin
    • 发布时间：2020-02-26
    • 1.时间：2020年2月25日 2.机构或团队：香港大学 3.事件概要： 香港大学的科研人员在bioRxiv预印版平台发表论文“Multivariate Analyses of Codon Usage of SARS-CoV-2 and other betacoronaviruses”，对冠状病毒的病毒序列中不同基因之间进行了全局对应分析、组内对应分析和组间对应分析。 文章指出，随着冠状病毒（COVID-19）继续在中国及其他地区蔓延，它已成为全球性的健康问题。该病的病原体是严重急性呼吸综合征冠状病毒（SARS-CoV-2），属于Betacoronavirus属，与严重急性呼吸综合征相关的冠状病毒（SARSr-CoV）和中东呼吸综合征相关的冠状病毒（MERSr- CoV）同为一个属。病毒基因的密码子使用被认为在不同的宿主环境中经受不同的选择压力。先前有关甲型流感病毒密码子使用的研究可以帮助确定病毒宿主的起源和进化趋势，但是，缺乏关于冠状病毒的类似研究。在这项研究中，科研人员对冠状病毒的病毒序列中不同基因之间进行了全局对应分析（CA）、组内对应分析（WCA）和组间对应分析（BCA）。通常发现SARS-CoV-2的氨基酸使用模式类似于蝙蝠和人SARSr-CoV。然而，研究发现在SARS-CoV-2及其系统亲缘关系上，在突变和膜基因上存在更大的同义密码子用法差异，表明SARS-CoV-2的这两个基因受到不同的进化压力。 4.附件： 原文链接： https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.15.950568v3.full.pdf
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