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《Nature | 体内AAV-Perturb-seq转录连锁分析》

  • 来源专题：战略生物资源
  • 编译者： 李康音
  • 发布时间：2023-09-23

  • 2023年9月20日，苏黎世联邦理工学院的研究人员在Nature发表题为Transcriptional linkage analysis with in vivo AAV-Perturb-seq的文章。研究者借助CRISPR技术，成功同时在动物体内不同细胞间敲除了不同的基因，每一个细胞被改变的基因不会超过一个，因此能够平行观察不同基因变化导致的细胞走向。

    研究人员强调这一方法可以用于研究其他的疾病，比如一些先天性疾病都与多基因作用有关，而单次实验编辑的基因可以从数十个到上百个不等，因此可以加速让我们认识更多疾病背后的深层机制。




    本文内容转载自“学术经纬”微信公众号。

    原文链接: https://mp.weixin.qq.com/s/bB5EL8LSEMMX4BVKwiXamw

  • 原文来源：https://www.nature.com/articles/s41586-023-06570-y
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    • A stable latent reservoir for human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) in resting memory CD4+ T cells presents a barrier to eradication of the infection even in patients on highly active antiretroviral therapy. Potential mechanisms for latency include inaccessibility of the integrated viral genome, absence of key host transcription factors, premature termination of HIV-1 RNAs, and abnormal splicing patterns. To differentiate among these mechanisms, we isolated extremely pure populations of resting CD4+ T cells from patients on highly active antiretroviral therapy. These cells did not produce virus but retained the capacity to do so if appropriately stimulated. Products of HIV-1 transcription were examined in purified resting CD4+ T cells. Although short, prematurely terminated HIV-1 transcripts have been suggested as a marker for latently infected cells, the production of short transcripts had not been previously demonstrated in purified populations of resting CD4+ T cells. By separating RNA into polyadenylated and nonpolyadenylated fractions, we showed that resting CD4+ T cells from patients on highly active antiretroviral therapy produce abortive transcripts that lack a poly(A) tail and that terminate prior to nucleotide 181. Short transcripts dominated the pool of total HIV-1 transcripts in resting CD4+ T cells. Processive, polyadenylated HIV-1 mRNAs were also present at a low level. Both unspliced and multiply spliced forms were found. Taken together, these results show that the nonproductive nature of the infection in resting CD4+ T cells from patients on highly active antiretroviral therapy is not due to absolute blocks at the level of either transcriptional initiation or elongation but rather relative inefficiencies at multiple steps.
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