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《新冠病毒谱系可能已在蝙蝠中传播几十年》

  • 来源专题：生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者： hujm
  • 发布时间：2020-08-04

  • 一个国际团队28日在英国期刊《自然·微生物学》发表报告说，新冠病毒可能在40至70年前从与之关系最紧密的蝙蝠病毒中分化出来，这意味着产生新冠病毒的病毒谱系可能已在蝙蝠中传播几十年了。

    深入了解新冠病毒的演化历史有不小难度，因为不同病毒之间会交换遗传物质而重组，病毒基因组亚区可能起源于不同的祖先。已有的研究将蝙蝠病毒RaTG13鉴定为与新冠病毒关系最密切的病毒，也有研究在穿山甲体内发现了相似的冠状病毒。

    来自美国宾夕法尼亚州立大学、英国爱丁堡大学、中国香港大学等机构的研究人员基于乙型冠状病毒支系B（新冠病毒所属的冠状病毒亚属）的基因组数据，分析了新冠病毒的演化历史。

    研究人员采用了3种方法来鉴定未经历重组的以及可用于重构病毒演化历史的新冠病毒区域。所有方法均表明，RaTG13和新冠病毒拥有共同的单一祖先谱系，估计新冠病毒分别于1948年、1969年和1982年从乙型冠状病毒支系B中的蝙蝠病毒中分化出来。

    这项研究还得出结论，虽然新冠病毒和穿山甲携带的有关病毒拥有一个共同祖先，而且穿山甲可能在新冠病毒从动物传给人类的过程中发挥了一定作用，但穿山甲不大可能是新冠病毒的中间宿主。

    研究人员认为，新冠病毒分化时间长，表明可能存在未取样、具有潜在传染力的蝙蝠病毒谱系。同时，蝙蝠病毒谱系中病毒重组的现有多样性和动态过程，证明了要事先鉴定出有可能引发重大人类疫情的病毒相当困难。

    报告通讯作者、宾夕法尼亚州立大学的马切伊·博尼指出，有关方面需要建立一个广泛、实时的监测系统，以便在感染病例数仍处于较低水平时，就及时发现像新冠病毒这样的病毒。

  • 原文来源：http://news.bioon.com/article/6759597.html
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相关报告

  • 《去年12月！新冠病毒可能已在洛杉矶传播》
    • 来源专题：生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者：hujm
    • 发布时间：2020-09-15
    • 据美国加州大学洛杉矶分校近日报道，他们的最新研究发现，自去年12月下旬开始，该校医疗结构接诊的咳嗽和急性呼吸衰竭症状患者比例较往年增加了50%。他们推测，新冠病毒可能在美国官方确认首例病例前已在洛杉矶传播。最新研究采用的相关分析方法或有助于识别和追踪未来可能出现的新疫情。 　　在最新研究中，该校和华盛顿大学研究人员对2019年12月1日至2020年2月29日期间加州大学洛杉矶分校下属医疗机构的1000多万条患者电子健康记录进行评估，并与此前5年同一时段的记录相比较，这些记录来自门诊部、急诊部和住院部。 　　结果发现，2019年12月1日至2020年2月29日，因咳嗽到门诊就医的患者比例显著增加，较此前5年同期平均水平增加了50%以上，相当于超常增加了1000多例病例。此外，急诊部报告的咳嗽患者和住院部报告的急性呼吸衰竭患者的比例也较前5年显著增加，即便考虑到患者人数变化和季节变化等因素，仍然存在病例异常增加的现象。 　　研究人员称，这表明，在美国对新冠病毒有临床认识以及具备检测能力以前，新冠病毒可能已在美国的社区传播。 　　美国疾病控制和预防中心1月21日报告了该国首例新冠肺炎确诊病例，2月26日报告了首例感染源不明的新冠肺炎病例，被认为是新冠病毒在美国社区传播的例证。 　　不过，研究人员也表示，他们只用关键词“咳嗽”搜索门诊记录可能不够明确，使用电子烟（自2019年9月以来，美国人电子烟的使用已经明显下降）和流感等其他原因也可能导致病例数增加。 　　论文作者之一、加州大学洛杉矶分校医学教授琼·埃尔莫尔说：“我们可能永远无法真正确认这些增加的病例是否是洛杉矶地区早期未被发现的新冠肺炎病例。最新研究证明了分析电子健康记录以监测和快速识别患者群体异常变化的重要性。此外，最新研究不仅关注住院数据，而且关注门诊数据，相关分析方法或许有助于识别和追踪未来可能出现的新疫情。”
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  • 《Nature关注：新冠病毒正在野生动物中传播，这对新冠大流行意味着什么？》
    • 来源专题：生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者：hujm
    • 发布时间：2022-05-09
    • 在北美地区，生活着大量的野生白尾鹿，美国境内大约有3000万只，加拿大境内也有数百万只，总数超过了北美人口总数的十分之一。   随着新冠病毒的大流行，美国和加拿大已有相当数量的人类感染了新冠病毒，2021年底，一篇发表在 Nature 的论文显示，北美地区许多野生白尾鹿已经感染了新冠病，甚至感染了多种新冠变异株。这表明新冠病毒可能在野生白尾鹿体内长期生存，为新冠病毒的进一步进化并重新传播人类带来了新的途径。   目前还没有证据显示野生动物中的新冠病毒会传播给人类，但科学家们越来越担心这些白尾鹿会成为新冠病毒库，从而产生新的变异株并带来新的疫情暴发。还有一些研究认为，Omicron 在人类大规模暴发前曾在动物宿主中潜伏一段时间。   到目前为止，这些感染新冠病毒的白尾鹿并没有显示出任何症状，但它们可能会将新冠病毒传播给其他牲畜或野生动物，一旦新冠病毒在野生动物中广泛传播，疫情将变得难以控制。   自 COVID-19 大流行开始以来，研究人员一直关注野生动物感染情况。为了能有针对性的监测，研究人员首先研究了 ACE2，ACE2 是新冠病毒入侵人类细胞的受体蛋白。具有与人类相似的 ACE2 蛋白的动物具有感染新冠病毒的风险。全世界的科研团队开始对这些动物进行实验性感染测试，已确定它们能否感染并传播新冠病毒。   研究显示，灵长类动物、猫科动物、鹿鼠、貉、水貂、白尾鹿等动物具有感染和传播新冠病毒的潜力。   2021年1月，美国农业部的研究人员发现，圈养的白尾鹿能够感染新冠病毒，并通过鼻粘液和粪便传播给相邻围栏中的其他白尾鹿。这些鹿感染新冠病毒后一周内会产生针对新冠病毒的抗体，且不会出现明显症状。这些发现令人惊讶，因为牛、羊等其他有蹄类动物并不会感染新冠病毒。   而在2021年7月，美国国家野生动物研究中心的研究人员在预印本 bioRxiv 发表论文。他们对2021年1月至2021年3月期间从白尾鹿身上采集的385份血液样本进行检测，发现近40%的血液样本中可以检测到针对新冠病毒的抗体，这表明已经有相当比例的白尾鹿感染了新冠病毒，这也是首次发现野生动物广泛接触了新冠病毒。   实际上，在新冠大流行刚开始的2020年，科学家们已经开始了对白尾鹿的检测，但整个2020年的检测并没有发现它们感染新冠病毒。   而在2021年，情况完全改变了，2021年1月开始的各种检测样本，均发现野生白尾鹿种群中大量感染新冠病毒。而这恰恰紧随着人类，尤其是美国感染新冠的高峰期之后。白尾鹿群中检测到的新冠病毒变异株，也证明了人类多次将最新的新冠变异株传播给了野生白尾鹿群。 自2021年1月起，研究人员在美国的24个州检测到了感染新冠病毒的野生白尾鹿，加拿大的各个地区同样也检测到了。2021年12月底，纽约市史坦顿岛上的野生白尾鹿竟也检测 Omicron 变异株。2022年3月，犹他州的野生骡鹿体内检测到了新冠病毒。   然而，野生鹿群中的新冠病毒传播似乎只局限在北美地区，到目前为止，欧洲的野生鹿群中还没有检测到新冠病毒感染的情况。生物学差异无法解释这种现象，从 ACE2 受体来看，欧洲鹿群和北美白尾鹿的新冠易感性是相似的。这说明北美地区的白尾鹿中的新冠病毒传播很可能是因为那里白尾鹿种群密度很高，并和人类频繁接触所致。在北美，野生鹿经常在野外随处走动，甚至会走进人们的后院，但这种情况在其他地方很少见，野生动物通常生活在保护区。   到目前为止，仍不清楚这些野生白尾鹿是如何感染新冠病毒的。可能是因为直接接触，例如人类直接抚摸白尾鹿或给它们投喂食物时的接触。在美国的一些州，有人专门饲养白尾鹿，还有一些针对受伤白尾鹿的救治，这都可能导致其与人类的密切接触，当它们感染新冠病毒后再回到野外，就可能将新冠病毒传播给其他白尾鹿。但这些接触难以解释如此野生鹿群中的如此大比例的传播。因此，也有观点认为这些野生白尾鹿可能是通过环境接触而感染新冠病毒，但这一点尚未得到严格证实。 还有一种观点认为，被新冠病毒污染的废水流入野外水源，可能使白尾鹿感染新冠。许多研究已经在污水中发现了新冠病毒 RNA，但目前还没有在废水中分离出具有传染性的新冠病毒毒株。   此外，还有报道称，野猫或野貂等动物可以能作为传播媒导致白尾鹿感染新冠病毒。   上述观点似乎都有一定道理，但也都不能完全解释野生白尾鹿中的大规模传播情况，很可能它们并不是通过单一原因造成的感染和传播，而是多种原因共同导致的。   白尾鹿是一种群居动物，它们通常在几平方公里的范围内活动，然而，在每年十月到第二年2月的繁殖季，这种情况就会发生变化。在此期间，鹿群会相互接触并大大扩大行动范围。它们之间在接触时会有很多鼻子碰鼻子的接触，这就导致一旦一只鹿感染了新冠病毒，它们的行为方式很容易造成新冠病毒在种群内的广泛传播。 之前在中东地区暴发的中东呼吸综合征（MERS-CoV），也是一种冠状病毒所致的致命传染病。而这种病毒就是由骆驼传播给人类的。因此，科学家们担忧白尾鹿成为新冠病毒的宿主，从而向人类传播。 一旦新冠病毒在白尾鹿体内建立长期感染，就可能在其体内发生变异、进化，并与其他冠状病毒重组，从而可能感染其他鹿或放牧动物如绵羊、山羊、奶牛等。 而越来越多的研究证明了这一点，新冠病毒在白尾鹿体内显示出长期进化的迹象。今年2月份，加拿大食品检验局的研究人员在预印本 bioRxiv 发表的一项研究显示，在安大略省采样的白尾鹿感染的新冠病毒与新冠原始毒株相比，具有76个突变位点，这些突变导致新冠入侵宿主细胞的S蛋白发生了变化，这种变化是高度可传播变异株成功的关键。而对这些病毒基因组的分析显示，与之亲缘关系最近的是一年以前感染人类的新冠病毒，这表明该病毒已经在白尾鹿中传播了很长时间。 2月份，宾夕法尼亚大学发表在预印本 medRxiv 的论文显示，当地白尾鹿中发现了与人类基因组不同的新冠 Alpha 变异株，这表明 Alpha 变异株之前感染白尾鹿后一直在白尾鹿体内独立进化。 更重要的是，有研究发现，安大略省一个人体内的新冠病毒与在白尾鹿中发现的新冠病毒基因组高度相似，尽管缺少关键证据，但科学家们怀疑此人可能从白尾鹿身上感染了新冠病毒。如果这一点得到证实，那么白尾鹿对人类的传播将令人担忧。   此外，白尾鹿和人类一样，能够多次感染新冠病毒，例如有研究发现，感染了 Omicron 的白尾鹿体内同样存在着针对 Delta 的抗体，这表明白尾鹿可以多次感染新冠病毒，这也意味着新冠病毒将难以从白尾鹿体内消失，从而继续造成传播。
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