《Nature关注:新冠病毒正在野生动物中传播,这对新冠大流行意味着什么?》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2022-05-09
  • 在北美地区,生活着大量的野生白尾鹿,美国境内大约有3000万只,加拿大境内也有数百万只,总数超过了北美人口总数的十分之一。

     

    随着新冠病毒的大流行,美国和加拿大已有相当数量的人类感染了新冠病毒,2021年底,一篇发表在 Nature 的论文显示,北美地区许多野生白尾鹿已经感染了新冠病,甚至感染了多种新冠变异株。这表明新冠病毒可能在野生白尾鹿体内长期生存,为新冠病毒的进一步进化并重新传播人类带来了新的途径。

     

    目前还没有证据显示野生动物中的新冠病毒会传播给人类,但科学家们越来越担心这些白尾鹿会成为新冠病毒库,从而产生新的变异株并带来新的疫情暴发。还有一些研究认为,Omicron 在人类大规模暴发前曾在动物宿主中潜伏一段时间。

     

    到目前为止,这些感染新冠病毒的白尾鹿并没有显示出任何症状,但它们可能会将新冠病毒传播给其他牲畜或野生动物,一旦新冠病毒在野生动物中广泛传播,疫情将变得难以控制。

     

    自 COVID-19 大流行开始以来,研究人员一直关注野生动物感染情况。为了能有针对性的监测,研究人员首先研究了 ACE2,ACE2 是新冠病毒入侵人类细胞的受体蛋白。具有与人类相似的 ACE2 蛋白的动物具有感染新冠病毒的风险。全世界的科研团队开始对这些动物进行实验性感染测试,已确定它们能否感染并传播新冠病毒。

     

    研究显示,灵长类动物、猫科动物、鹿鼠、貉、水貂、白尾鹿等动物具有感染和传播新冠病毒的潜力。

     

    2021年1月,美国农业部的研究人员发现,圈养的白尾鹿能够感染新冠病毒,并通过鼻粘液和粪便传播给相邻围栏中的其他白尾鹿。这些鹿感染新冠病毒后一周内会产生针对新冠病毒的抗体,且不会出现明显症状。这些发现令人惊讶,因为牛、羊等其他有蹄类动物并不会感染新冠病毒。

     

    而在2021年7月,美国国家野生动物研究中心的研究人员在预印本 bioRxiv 发表论文。他们对2021年1月至2021年3月期间从白尾鹿身上采集的385份血液样本进行检测,发现近40%的血液样本中可以检测到针对新冠病毒的抗体,这表明已经有相当比例的白尾鹿感染了新冠病毒,这也是首次发现野生动物广泛接触了新冠病毒。

     

    实际上,在新冠大流行刚开始的2020年,科学家们已经开始了对白尾鹿的检测,但整个2020年的检测并没有发现它们感染新冠病毒。

     

    而在2021年,情况完全改变了,2021年1月开始的各种检测样本,均发现野生白尾鹿种群中大量感染新冠病毒。而这恰恰紧随着人类,尤其是美国感染新冠的高峰期之后。白尾鹿群中检测到的新冠病毒变异株,也证明了人类多次将最新的新冠变异株传播给了野生白尾鹿群。

    自2021年1月起,研究人员在美国的24个州检测到了感染新冠病毒的野生白尾鹿,加拿大的各个地区同样也检测到了。2021年12月底,纽约市史坦顿岛上的野生白尾鹿竟也检测 Omicron 变异株。2022年3月,犹他州的野生骡鹿体内检测到了新冠病毒。

     

    然而,野生鹿群中的新冠病毒传播似乎只局限在北美地区,到目前为止,欧洲的野生鹿群中还没有检测到新冠病毒感染的情况。生物学差异无法解释这种现象,从 ACE2 受体来看,欧洲鹿群和北美白尾鹿的新冠易感性是相似的。这说明北美地区的白尾鹿中的新冠病毒传播很可能是因为那里白尾鹿种群密度很高,并和人类频繁接触所致。在北美,野生鹿经常在野外随处走动,甚至会走进人们的后院,但这种情况在其他地方很少见,野生动物通常生活在保护区。

     

    到目前为止,仍不清楚这些野生白尾鹿是如何感染新冠病毒的。可能是因为直接接触,例如人类直接抚摸白尾鹿或给它们投喂食物时的接触。在美国的一些州,有人专门饲养白尾鹿,还有一些针对受伤白尾鹿的救治,这都可能导致其与人类的密切接触,当它们感染新冠病毒后再回到野外,就可能将新冠病毒传播给其他白尾鹿。但这些接触难以解释如此野生鹿群中的如此大比例的传播。因此,也有观点认为这些野生白尾鹿可能是通过环境接触而感染新冠病毒,但这一点尚未得到严格证实。

    还有一种观点认为,被新冠病毒污染的废水流入野外水源,可能使白尾鹿感染新冠。许多研究已经在污水中发现了新冠病毒 RNA,但目前还没有在废水中分离出具有传染性的新冠病毒毒株。

     

    此外,还有报道称,野猫或野貂等动物可以能作为传播媒导致白尾鹿感染新冠病毒。

     

    上述观点似乎都有一定道理,但也都不能完全解释野生白尾鹿中的大规模传播情况,很可能它们并不是通过单一原因造成的感染和传播,而是多种原因共同导致的。

     

    白尾鹿是一种群居动物,它们通常在几平方公里的范围内活动,然而,在每年十月到第二年2月的繁殖季,这种情况就会发生变化。在此期间,鹿群会相互接触并大大扩大行动范围。它们之间在接触时会有很多鼻子碰鼻子的接触,这就导致一旦一只鹿感染了新冠病毒,它们的行为方式很容易造成新冠病毒在种群内的广泛传播。

    之前在中东地区暴发的中东呼吸综合征(MERS-CoV),也是一种冠状病毒所致的致命传染病。而这种病毒就是由骆驼传播给人类的。因此,科学家们担忧白尾鹿成为新冠病毒的宿主,从而向人类传播。

    一旦新冠病毒在白尾鹿体内建立长期感染,就可能在其体内发生变异、进化,并与其他冠状病毒重组,从而可能感染其他鹿或放牧动物如绵羊、山羊、奶牛等。

    而越来越多的研究证明了这一点,新冠病毒在白尾鹿体内显示出长期进化的迹象。今年2月份,加拿大食品检验局的研究人员在预印本 bioRxiv 发表的一项研究显示,在安大略省采样的白尾鹿感染的新冠病毒与新冠原始毒株相比,具有76个突变位点,这些突变导致新冠入侵宿主细胞的S蛋白发生了变化,这种变化是高度可传播变异株成功的关键。而对这些病毒基因组的分析显示,与之亲缘关系最近的是一年以前感染人类的新冠病毒,这表明该病毒已经在白尾鹿中传播了很长时间。

    2月份,宾夕法尼亚大学发表在预印本 medRxiv 的论文显示,当地白尾鹿中发现了与人类基因组不同的新冠 Alpha 变异株,这表明 Alpha 变异株之前感染白尾鹿后一直在白尾鹿体内独立进化。

    更重要的是,有研究发现,安大略省一个人体内的新冠病毒与在白尾鹿中发现的新冠病毒基因组高度相似,尽管缺少关键证据,但科学家们怀疑此人可能从白尾鹿身上感染了新冠病毒。如果这一点得到证实,那么白尾鹿对人类的传播将令人担忧。

     

    此外,白尾鹿和人类一样,能够多次感染新冠病毒,例如有研究发现,感染了 Omicron 的白尾鹿体内同样存在着针对 Delta 的抗体,这表明白尾鹿可以多次感染新冠病毒,这也意味着新冠病毒将难以从白尾鹿体内消失,从而继续造成传播。

  • 原文来源:https://news.bioon.com/article/48d8e259685b.html
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    • Nature发文表示北美数百只白尾鹿的新冠核酸检测为阳性,病毒在鹿身上显示出长期并独立进化的痕迹,并可能传染给人类(图1)[1]。 自新冠肺炎大流行开始以来,研究人员一直关注野生动物感染,但跟踪野生动物以调查病毒传播非常困难。为了优化野生动物病毒监测工作,他们首先研究了具有与人类相似ACE2(Angiotensin Converting Enzyme 2)受体的动物,ACE2是一种病毒进入细胞的宿主细胞蛋白。由此,研究人员选择的动物包括家猫、鹿鼠、貉和白尾鹿。 2021年1月,美国农业部的研究表明,圈养的鹿会感染新冠病毒,并在它们的鼻粘液和粪便中传播,从而将病毒传播给相邻围栏中的其他小鹿。一周之内,感染新冠病毒的鹿体内便会产生抗体,但鹿群并没有出现严重病例。 新冠病毒已经在鹿群中传播 2021年11月,美国国家野生动物研究中心在Proceedings of the National Academy of Sciences(PNAS)发表题为“SARS-CoV-2 exposure in wild white-tailed deer (Odocoileus virginianus)”的研究成果(图2)[2]。此项研究通过分析从2021年1月至2021年3月期间从鹿身上采集的385份血液样本,发现大约40%的样本中含有针对新冠病毒的抗体。结果表明白尾鹿已感染新冠病毒,但尚不清楚白尾鹿是初次感染新冠病毒还是新冠病毒已在鹿群中传播一段时间。 新冠病毒在鹿群中已独立进化 2021年12月,俄亥俄州立大学兽医学院在Nature发表题为“SARS-CoV-2 infectionin free-ranging white-tailed deer”的研究成果(图3)[3]。此项研究通过分析2021年1月至2021年3月期间在俄亥俄州6个地点采集的360只放养白尾鹿鼻拭子样本,发现129头鹿的新冠病毒核酸检测呈阳性,且所感染的新冠病毒为3个谱系(B.1.2、B.1.582和B.1.596)。 结果表明新冠病病毒已在鹿群中传播,并开辟新的进化途径;推测新冠病毒是由人传染给白尾鹿的,并在白尾鹿种群中进一步变异;新冠病毒在鹿群中的三种变异,在刺突蛋白(包括受体结合域)和ORF1(Open Reading Frames 1)中存在人类中很少观察到的氨基酸取代,三种变体为鹿群中的独立变异。 在人与鹿中“横跳” 新冠病毒变异超预期 人类新冠病毒感染白尾鹿的途径仍然是个谜。目前,主流观点有两种:一种为人类直接接触白尾鹿,导致新冠病毒传播;另一种为白尾鹿接触了被新冠患者污染的环境,如水源、口罩和食物等。白尾鹿为群居动物,繁殖期白尾鹿每天可以行进几十公里,成群结队的移动,并在途中与其他鹿群争夺资源,将会加速新冠病毒的进一步传播。 科学家担心鹿可能成为新冠病毒的永久宿主,也将成为包括人类在内的其他动物的疫情暴发源头。这种担忧已有先例:骆驼是MERS-CoV的天然宿主,这种冠状病毒会导致中东呼吸综合征,并传染给人类。研究人员表示:“新冠病毒一旦将鹿作为宿主,就可能发生变异、进化并与其他冠状病毒重组。进化后的新冠病毒可能会进一步感染与鹿共享牧场的其他食草动物,如绵羊、山羊和奶牛。” 2022年2月22日,加拿大食品检验局国家外来动物疾病中心和爱荷华州立大学兽医学院等研究团队在预印本平台bioRxiv发表题为“Highly divergent white-tailed deer SARS-CoV-2 with potential deer-to-human transmission”的研究结果(图5)[4]。此项研究针对2021年11月和2021年12月在安大略省采集的鹿的五个新冠基因组进行了测序,并与在中国武汉分离的原始新冠病毒相比,发现鹿体内新冠病毒有76个突变,包括一些有助于病毒感染细胞刺突蛋白中氨基酸变化的物质,这种突变是高度可传播变体成功的关键;此外,研究人员找到了鹿体内新冠病毒最接近的来源为大约一年前的密歇根人;安大略省西南部人体内的病毒序列与鹿中发现的病毒基因组非常相似,尽管证据尚不明确,但科学家怀疑此人可能是从鹿身上感染了新冠病毒。 2022年2月7日,宾夕法尼亚州立大学生物系和哈克生命科学研究所传染病动力学中心在预印本平台bioRxiv发表题为“Detection of SARS-CoV-2 Omicron variant (B.1.1.529) infection of white-tailed deer”的研究结果(图6)[5]。研究团队在宾夕法尼亚鹿中发现了Alpha和Delta新冠病毒变体;Alpha基因组与在人类中发现的不同,表明Alpha在鹿群中独立进化;在Delta成为人类感染主要变体的数月后在鹿体内也发现了Delta变体,且感染Omicron的鹿体内已经有Delta抗体,说明鹿会和人类一样再次感染新变体(图7)。 研究人员表示:“如果动物能够和人一样被新冠病毒再次感染,那么新冠病毒就不会消失,并将继续进化,持续传播,最终导致病毒的变异失去控制。但目前还没有足够的证据表明鹿是新冠病毒危险变异的温床,我们需要看到更多从鹿传染到人的事件,才能称鹿为人类感染新冠病毒的宿主。” Nature:Omicron异常突变 可能源自动物传播 2022年1月28号,Nature发文表示新冠病毒突变体Omicron出现了许多不寻常的突变,其进化途径可能与动物有关(图8)[6]。自新冠病毒Omicron突变体在南非首次发现后,科学家们已经在120多个国家、地区对其进行了追踪,但仍然对一个关键问题感到困惑:Omicron是从哪里来的?Omicron具有一系列不寻常的突变,它完全在研究人员的视野之外进化,出现的太突然(图9)。 瑞士巴塞尔大学的计算生物学家Richard Neher 表示:“与在中国武汉分离的原始新冠病毒相比,Omicron有50多个突变,其中约30种会导致刺突蛋白中的氨基酸发生变化,新冠病毒利用该蛋白附着并与细胞融合。以前关注的变体不超过十个这样的尖峰突变,Omicron却是一个地狱般的变化。” 加利福尼亚州拉霍亚斯克里普斯研究所的传染病研究员KristianAndersen表示:“由于以前从未见过Omicron携带的一些突变,因此该变体可能是在不涉及人际传播链的环境中进化的。”加拿大萨斯喀彻温大学病毒学家AngelaRasmussen表示:“人与人之间的传播不利于积累像Omicron自2020年年中以来那样多的变化,对于这么多突变的出现,仅一年半的时间真的不够。” 世界卫生组织的研究人员已经对数百万个新冠病毒基因组进行了测序,但他们并未找到源头,可能忽略了一系列导致Omicron突变的因素。Omicron可能在人身上进化而来,也可能是在其他动物宿主中进化而来。 2021年12月,中国科学院研究团队在Journal of Genet and Genomics发表题为“Evidence for a mouse origin of the SARS-CoV-2 Omicron variant”的研究成果,并提出新冠病毒的反向人畜共患病理论(图10)[7]。此项研究针对Omicron的45种突变进行分析,发现Omicron的祖代从人类“跳跃”到小鼠身上,迅速积累了有利于感染宿主的突变,然后又“跳跃”回人类,Omicron出现了跨物种进化轨迹。 新冠病毒是一种混杂病毒,它已传播到野豹、动物园的鬣狗、河马、宠物雪貂和仓鼠。新冠病毒对欧洲的水貂养殖场造成了严重破坏,并已渗透到整个北美的白尾鹿种群中。南非开普敦大学计算生物学家DarrenMartin表示:“大量感染动物,且感染的持续时间比人类更长,这可以为新冠病毒提供探索各种突变的空间,使新冠病毒进化出大量无人知晓的‘幽灵变体’。反向人畜共患病理论是具有说服力的,新冠病毒在动物宿主中传播的变异并不一定会影响其感染人类的能力。”Andersen表示:“反向人畜共患病理论也可以解释为什么Omicron中的一些突变以前在人类中很少见。”
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    • 2021年11月26日,世界卫生组织(WHO)宣布将在南非发现的新冠病毒新变异株 B.1.1.529 命名为奥密克戎(Omicron),并列为受关注变异株(Variant of Concern, VOC),即风险等级最高的新冠病毒变异株。此后,奥密克戎迅速传播到全世界各地,并导致了新一轮大流行。 2021年12月23日,Nature 同期发表5篇论文,表明奥密克戎存在的大量突变导致其免疫逃逸大大提高,现有的疫苗和中和抗体防护效果显着下降。 2022年1月22日,Nature 同期发表2篇论文,发现奥密克戎在临床前啮齿动物模型中的感染和致病能力有所下降。 临床上实际观察到的结果也表明,奥密克戎感染后重症比例较之前的新冠毒株和突变株更低。这表明奥密克戎更为温和,因此有一种声音是奥密克戎的大规模传播有助于终结新冠大流行。 日前,Nature 发布一篇题为:Will Omicron end the pandemic? Here’s what experts say 的专家访谈文章,讨论奥密克戎是否会终结新冠大流行。 2022年1月11日,也就是首次报道奥密克戎仅七周后,世界卫生组织(WHO)发出警告说:全球范围内将出现一场从西向东的奥密克戎感染“浪潮”。此时,欧洲和中亚的53个国家中已有50个国家报告出现奥密克戎感染病例。 最近几周,欧美国家已经感受到了奥密克戎感染浪潮的威力,例如英国,1月初达到了每天新增16万例奥密克戎感染者的峰值。奥密克戎的传播速度超过了之前所有新冠突变株,也超出了人们的想象。WHO欧洲区域主任 Hans Henri Kluge 表示,各国必须根据各自的流行病学情况、可用资源、疫苗接种情况和社会经济背景,尽其所能全力应对。 尽管有科研机构和科学家认为大量暴发式奥密克戎感染可能预示着新冠大流行的结束,但这随之而来的是短期免疫激增,因此有科学家警告说,当前的情况仍不稳定,也难以建模分析,认为奥密克戎会终结新冠大流行还为时尚早。 英国伦敦卫生与热带医学学院传染病模型专家 Graham Medley 认为,奥密克戎传播速度如此之快,以至于几乎没有时间准备任何类型的响应措施,因此,必须在巨大的不确定下做出决定。 快速传播 前所未有 奥密克戎感染人数可以在不到两天的时间内翻一番,这比之前的所有新冠病毒突变株都要快得多,也更接近公共卫生专家对较温和的流感病毒的预期。 伦敦大学学院(UCL)的医疗保健数据分析师 Christina Pagel 表示,我们以前从未见过这种传播速度的病毒,这意味着你无法摆脱困境,即使可以让每个人都接种疫苗,但疫苗仍需要两周时间才能生效,等待疫苗生效的这两周时间就处于仍能被奥密克戎感染前的中间状态。这使得政策制定者和为他们提供建议的科学家们处于一个两难境地,要么非常早地实施限制措施,要么什么都不做,顺其自然。然而,如果选择了后者,一旦发生什么异常,事情就到了无法挽回的状态。 情况复杂 难以建模 奥密克戎流行之初,英国的科学家们对于如何使用来自南非的奥密克戎感染情况数据来建模感染困惑,更新计算机模型来解释奥密克戎的生物学特性相对简单,然而,随着大流行的发展,模拟一个国家人口的基线免疫反应变得更加困难,因此基于模型判断如何限制奥密克戎传播变得更加困难。 在大流行早期,科学家在建模时可以假设全世界大多数人对新冠病毒的易感性是相同的,因为新冠肺炎是一种全新的疾病,大家都没有可用的疫苗,也都没有被感染过。然而,之后不同国家/地区采取了不同疫苗接种策略、不同疫苗类型、不同接种率,以及感染率和康复率的不同,导致了现在多样化的免疫格局,让情况变得异常复杂。 疫苗接种 差异巨大 英国爱丁堡大学的传染病学家 Mark Woolhouse 表示,感染新冠病毒后的住院率是一个非常关键的参数。一些研究人员在对奥密克戎建模时,假设奥密克戎导致的住院率与之前的突变株相同,这显然会导致一个更悲观的预测结果,实际上,奥密克戎从一开始就显示了更低的致病可能性。然而,通过南非奥密克戎数据进行建模时,数据中缺少一些重要细节,例如只知道奥密克戎感染后的重症比例下降,但具体下降多少呢?是10%,50%,还是90%?没有一个定量分析。 不同国家/地区采取了不同疫苗接种策略、不同疫苗类型、不同接种率,以及感染率和康复率的不同,这导致了不同国家和地区的人群产生了非常不同的免疫基线,因此难以准确预测奥密克戎在世界范围内的传播,也难以评估奥密克戎在疫苗接种率低的国家的流行情况。 英国莱斯特大学病毒专家朱利安·唐表示,奥密克戎在西欧、北美、非洲的传播方式差异很大,以至于用其中一个地区的数据建立的模型,对其他地区其实没什么用。 疫苗保护 大大下降 疫苗对奥密克戎感染的保护作用减弱,也使情况更加复杂化。实验室研究表明,占全球已接种的100亿剂疫苗中近一半的灭活病毒疫苗,几乎不会产生针对奥密克戎的抗体。 这是否意味着奥密克戎会更容易在这些接种了灭活病毒疫苗的地区和人群中传播呢? 英国爱丁堡大学的传染病学家 Mark Woolhouse 认为这也不一定,因为灭活病毒疫苗可能会诱导更广泛的免疫反应,从而对更广泛的毒株做出反应,灭活病毒会引发针对病毒蛋白的免疫反应,而不是刺突蛋白(S蛋白),而奥密克戎的刺突蛋白发生了大量突变。当然,这也是一个值得关注的问题,目前还没有相关正式分析报告。 菲律宾主要接种了灭活病毒疫苗,目前奥密克戎正在菲律宾大量传播,2022年1月份,菲律宾的奥密克戎感染者人数呈指数增长,尤其是首都马尼拉。不过菲律宾卫生发言人表示,目前马尼拉的奥密克戎感染人数已经开始放缓,但其他地区仍在增长。 目前,菲律宾的新冠疫苗接种率仍然较低,只有53%的人完成了完全接种, 菲律宾的疫苗接种率仍然相对较低,只有 53% 的人口完全接种了疫苗。那里的官员说,他们希望在 5 月之前为该国所有 7700 万成年人接种疫苗。 伦敦大学学院(UCL)的医疗保健数据分析师 Christina Pagel 表示,尽管新冠疫苗仍能有效防止感染奥密克戎后发展为重症,但已经不能很好地防止感染传播,他认为没有一种疫苗能够对新冠病毒提供长久防护。英国莱斯特大学病毒专家朱利安·唐认为,疫苗不会是结束新冠大流行的方式。 新冠流行 何时结束? 那么,新冠大流行的结局会如何呢? 奥密克戎会终结新冠大流行吗? 英国伦敦卫生与热带医学学院传染病模型专家 Graham Medley 认为,奥密克戎不会是最后一个新冠突变株,还会有下一个有特点的突变株出现。 许多科学家认为,新冠病毒不太可能完全消失,新冠肺炎将不可避免地变成一种地方疾病。 伦敦卫生与热带医学学院的流行病学家 Sebastian Funk 认为,这种新冠病毒将与人类共存的观点很模糊,对不同人群来说意味着不同的东西,随着人群中针对新冠病毒的免疫力提升,我们将难以看到非常致命的新冠流行病,而变成了一种地方疾病,或者说是“与病毒共存”,但这很难准确地建模分析或预测。部分原因是即使最好的疾病分析模型也难以在这么短的时间里做出准确预测。 英国爱丁堡大学的传染病学家 Mark Woolhouse 认为,只有当大多数成年人在儿童时期就曾多次接触新冠病毒并建立了强烈的自然免疫力,他们才能真正的受到保护并免受严重症状,此时新冠肺炎才会成为真正的地方疾病。这一过程需要几十年时间,而如今的成年人,尤其是老年人在儿童时期并未接触过新冠病毒,因此他们仍然需要继续接种疫苗。 然而,这种躺平式的策略有很大的缺陷,因为依赖新冠病毒感染病建立自然免疫力的方式会导致患者长期新冠(Long COVID),这需要新冠病毒在变异过程中发展成重症率越来越低的温和突变株,目前来说,新冠突变株似乎越来越温和了,但谁又能保证下一个突变株会更加温和呢?