《学术出版是一项全球性的工作:利用开放源码软件促进科研产出的多样性》

  • 来源专题:科技期刊发展智库
  • 编译者: 华宁
  • 发布时间:2023-04-25
  •   每年,公共知识计划(PKP)都会在Dataverse项目上发布一个非常大的而且相当枯燥的数据集。这一公开数据提供了PKP的开源出版软件在世界各地的安装使用情况(其中,OJS指开放期刊系统,OMP指开放专著系统,OPS指开放预印本系统)。

      世界各地采用PKP开源出版软件的规模可能是惊人的,这些数字说明了全球知识交流的一个明显的改进,反映了对全球学术知识库的参与度和贡献度的增加,包括来源、语言、目的以及研究和数据的产生。人们可以从新的角度和不同的视角为本土问题和全球问题找到解决方案。

      《自然》杂志引用了Ginny Hendricks(CrossRef的社区负责人)的话:“人们可能对S计划和欧洲过于痴迷,以至于对其他国家的进展视而不见。” 在分析去年《重新校准学术出版范围》(Recalibrating the Scope of Scholarly Publishing)中的数据集时,PKP的研究团队得出结论:学术交流是一项全球性的工作。

      2021年,OJS的主要数字表明:146万篇文章发表在来自12,000个出版商和机构的34,071种活跃的期刊上。同年,爱思唯尔在约2700种期刊上发表了约60万篇文章。上述对比数据说明,在过去的几年中,基于开源软件的期刊数量和文章数量都有明显的加速增长趋势。当审视这些数据时,越来越清晰是,通过这个快速增长的全球开源工具生态系统,可以促进科研产出多样性的发展。

      对于OJS的用户来说,这些研究来自146个国家(约80%为发展中国家),使用了60种语言进行出版。为了与2019年《赫尔辛基多语言倡议》(Helsinki Initiative on Multilingualism )保持一致,以创造多元化的交流空间,这些期刊中有相当一部分以一种以上的语言运作。

      这个数据集揭示了另一个学术交流的世界,这个世界更具全球性、多样性和包容性,并且,这个世界正在与商业出版环境同步发展。自首次发布OJS以来的20年里,PKP已经发展成为世界上使用最广泛的期刊管理和出版软件,使成千上万的研究人员能够用自己的语言发表其研究,并能被全球索引。但是,对于发达国家从事学术交流的大多数人来说,这个快速发展的世界仍然是不为人知的。

      之所以欧洲和北美出版中心以外的学术产出的重要性没有得到重视,是因为人们共同依赖商业索引服务,而这些服务只收录了发展中国家产出的一小部分。例如,Web of Science仅对使用OJS的1.2%的期刊进行索引和报告,Scopus为7.2%,EBSCOHost为3.4%(相比之下,Google Scholar对使用OJS的约90%的期刊进行索引)。这种缺乏索引的情况意味着在商业主流中严重缺乏能见度,进而成为质疑研究成果的可信度和有效性的一个理由。

      开源平台在依赖技术的行业领域被广泛使用,然而,迄今为止,学术出版在很大程度上违背了这一趋势。OJS和其他许多学术交流领域的开源工具一样,已经开始吸引越来越多的商业伙伴,例如:Ubiquity。在OJS平台上托管了超过700种期刊。通过开源出版解决方案,从不受商业竞争者控制的共享代码中受益。

      为了用户的共同利益,PKP建立了一个社区发展的目标,支持开源软件的研发和资金投入,在此基础上建立服务和解决方案。OJS作为出版业的一个开源解决方案,其快速发展对成千上万需要低成本、高质量解决方案的研究人员和期刊具有吸引力。对于商业出版机构和平台来说,这是一个将不受竞争性商业出版控制的解决方案,并从规模化的共享和统一的资源开发中获益。

      自OJS于2002年首次发布以来,它已成为目前使用最广泛的学术出版平台,使世界各地的研究人员能够参与、介入和丰富这个出版系统的多样性。而这个系统是由发达国家的科学研究和研究机构构成,英语成为科学研究的通用语言,增加了世界上绝大多数人参与和获取知识的障碍。目前,这种情况已经开始转变。

      背景介绍:公共知识计划(PKP)成立于1998年,是西蒙菲莎大学和斯坦福大学的一项研究和发展倡议。其主打产品是免费且开源的期刊、会议及出版软件,以支持开放获取运动。

相关报告
  • 《超越版面费促进公平的学术出版》

    • 来源专题:科技期刊发展智库
    • 编译者:李善麟
    • 发布时间:2023-09-07
    •   在我早期的博客中,讨论了如何克服机构的惰性和开放科学实践中成为共同改变学术出版行业的驱动力。但依然存在一个问题。对谁更有优势?我们倾向于认为美国和欧盟是科学知识的“宇宙中心”。太多关于向开放科学过渡的讨论将这些问题置于全球北方的背景下。学术出版面临着必须解决的全球性挑战。这就是为什么美国公共科学图书馆还致力于支持全球认可的新模式。获取科学出版物最近发布了一项研究,了解开放获取给低收入和中等收入国家带来的挑战和机遇。   虽然涉众相信他们明显受益于开放获取,但实际情况要复杂得多。一方面希望加强能够更好地满足当地需求的本地平台,另一方面又希望参与由北方国家制定的规则,这两者之间存在明显的冲突。在我的第一篇博客中提到了一位非洲的作物科学家,她正是专注这方面的问题。   随着我们开始深化与美国公共科学图书馆全球研究社区的合作,我们的方法以倾听、学习和共同建设为中心。最关键的是我们知道我们的战略和商业模式不能和所追求公平的努力分开。   严格的开放科学方法不会促进所有社区的公平参与。我们需要具有延展性,所以设计了新的期刊: 1.代表开放科学实践的不同社区。 2.是否有包容性的出版标准和编辑政策。 3.根据国家的支付能力让分摊成本更加公平和合理。   分享几个例子。   首先是我们过去几年的工作,为开放科学开发新的商业模式,使我们远离版面费。这些是文章处理费,是作者为发表文章而支付的费用,而不是订阅阅读的费用。当美国公共科学图书馆成立并专注于生物医学科学时,向作者收取出版费用似乎是公平合理的。这些作者获得了巨额资助,如果象征性的费用意味着任何人都可以阅读和重复使用他们的论文,这是值得付出的代价。   但我们没有预料到版面费会变得多么流行,商业发行商会如何利用这一领域,让其会变得多么不公平。免费是不能解决问题的。继续沿着版面费的道路走下去,将进一步剥夺资助较少的领域以及低收入和中等收入国家的研究人员的权利,并有可能加剧现有的不平等。   所以,我们选择了一条不同的道路。当我们去年发布新政策时引入了新的全球平等模式。这种模式为机构提供了一种途径,可以为其作者支付无限制出版物的成本,并消除版面费。不同之处在于每家机构的收费都由银行贷款来调整,以更好地反映其所在地区的经济状况。全球公平模型系统地承认了经济差异。它提供了一个适当的解决方案,使这些地区的作者不需要请求帮助。我们为负担不起版面费的任何研究人员推出了一个强大的出版费用援助计划,但是我们希望,随着我们与科研机构的伙伴关系的扩大,这将不再是研究人员可用的唯一手段,而仅仅是一种后备选择。   第二个例子是我们提高在其他社区进行的研究报告透明度的政策,并限制一项被称为“降落伞科学的行动”。   “降落伞科学”是描述研究人员有时从富裕的西方世界的象牙塔到外国社区进行实地研究的术语。他们收集数据后返回,没有与当地研究人员接触交流或承认他们的贡献。这种差异早在20年前就有报道。研究表明在普通医学期刊上,只有6.5%的研究文章的共同作者来自研究对象所在的国家。   美国公共科学图书馆的政策要求有关伦理、文化和科学方面的考虑以及当地作者的信息。这些信息与编辑和审稿人共享,以帮助评估研究是否符合美国公共科学图书馆的研究完整性标准。我们的政策是与多个研究领域里的全球研究成员都是密切合作的,希望这项政策能够提高人们对全球研究相关问题的认识,为未来制定这一领域的其他政策奠定基础。其他一些发行商也向我们寻求了建议,并实施了类似的政策,最近的例子就是eLife。   地方解决方案也发挥着重要作用。让我们再回到非洲的农作物科学家。她决定在一本非洲杂志上发表她的研究。研究成果的可见度和可及性的提高影响了肯尼亚政府制定学校营养计划,其他非洲国家的政府也采用了这些计划。但讽刺的是富裕国家现在正在采用这些营养发现来支持均衡饮食。   创造更容易出版的开放科学研究只是其中一部分,下个月将讨论接下来我们如何更好地改变所有研究人员的学术出版。
  • 《中国生物多样性监测与研究网络2019年工作概况与重大产出》

    • 来源专题:生物科技领域知识集成服务
    • 编译者:陈方
    • 发布时间:2020-11-16
    • “十二五”中国科学院启动战略生物资源计划(Biological Resources Programme,简称BRP),以服务社会发展和支撑科学研究为基本职能,面向国家重大需求和国民经济主战场,集成中国科学院植物园、标本馆、资源库、生物多样性监测网、实验动物平台等相关资源,构建整体化资源体系。 “中国生物多样性监测与研究网络”(Sino BON)由中国科学院按照“科学规划、统一布局”的原则于 2013 年启动建设,旨在实现全国典型区域重要类群中长期变化态势分析,为国家履行《生物多样性公约》、保护生物多样性和生物资源提供翔实可靠的生物多样性变化数据与决策支持。平台的主要工作包括:建立布局合理、综合配套的生物多样性测网络(30个主点,60个辅点);借助现代科学技术手段,从基因、物种、种群、群落、生态系统和景观等水平上对生物多样性进行多层次的全面监测与系统研究。下文简要介绍中国科学院生物遗传资源库2019年报的主要内容。 1. 概况 2019年,Sino BON包括的动物多样性网、植物多样性网、微生物多样性网等10个专项网和1个综合监测管理中心的标本保藏、数据收集、资源共享、科研产出及社会服务等情况如下所示。 项目 资源库 2019年新增 累积总数 标本保藏 两栖爬行动物多样性监测专项网 133种,808号 840种,114222号 淡水鱼类生物多样性监测专项网 500尾以上 5000尾以上 昆虫生物多样性监测专项网 鳞翅目幼虫2983条、独栖蜂3440只、蜘蛛 1706 条 鳞 翅 目 幼 虫10992条、 独 栖 蜂6662只、蜘蛛5720条 草原荒漠植物标本库 20000份 60000份 兽类生物多样性监测专项网 红外相机424条记录 红外相机2301条记录 鸟类生物多样性监测专项网 168788条 527035条 两栖爬行动物多样性监测专项网 3目14科45种1163只(次) 4目15科49种2619只(次) 淡水鱼类生物多样性监测专项网 519条 5069条 昆虫生物多样性监测专项网 鞘翅目3954条、鳞翅目276条、DNA 数 据 0条、 ? 虫6条 鞘翅目4954条、鳞翅目569条、DNA数据 302条、 ?虫11条 草原荒漠植物多样性数据库 2600条 35000条 数据收集 土壤动物多样性监测专项网 79条 526条 资源共享 资源使用情况 国内 共享气象数据4次,总计94.45M 与资源共享利用有关重大会议 1 科研产出 依托平台承担科研项目(项) 107 依托平台发表科研论文(篇) 190 依托平台出版科研专著(部) 2 社会服务 科普参观人数 1-8 月,两栖爬行动物科普馆接待 908 人参观,土壤动物多样性网 69 人参观,林冠网 300 人 两栖爬行动物科普馆接待 3596 人参观,草原荒漠植物多样性科普接待 300 余人次,土壤动物多样性网130 人 数据库访问量 中国两栖类信息系统日均访问量 1000 余人次 中国两栖类信息系统日均访问量 1000 余人次,草原荒漠植物多样性数据访问量 2000 余人次,土壤微生物数据访问量 406192 人次 接待社会咨询量 草原荒漠植物多样性接待咨询 200 余人次 草原荒漠植物多样性接待咨询 200 余人次 (时间:2019年1月1日—2019年11月30日) Sino BON各子网在2019年度取得了丰硕的成果,具体体现在: ①森林网首次揭示了不同功能型土壤真菌驱动亚热带森林群落多样性的作用模式,成功破译了亚热带森林生物多样性维持“密码”,提出了基于外生菌根真菌与病原真菌互作过程影响植物生存的物种共存新模式,颠覆了基于病原菌-植物互作的经典物种共存理论。该成果发表在Science期刊上。 ②兽类网通过对神农架地区川金丝猴近10年的野外研究,发现川金丝猴出生后3个月内会经常性接受其他猴妈妈的哺乳。这是首次观察到旧大陆猴中存在经常性异母哺乳行为,该行为可提高川金丝猴幼仔的存活率,为理解人类进化提供新视角。使用红外相机拍摄到国内首张孟加拉虎照片,证实我国确有孟加拉虎分布。在广东车八岭保护区搭建了700M通信网络科研监测平台,实现了野生动物及其栖息地的标准化、智能化监测。 ③鸟类网开展了鸟类重要越冬区同步调查,研究证明了“驱动鸟类迁徙的绿色波浪理论”不具普适性,为迁徙鸟类的研究和保护提出了新思路,推动了新兴学科“运动生态学”在我国的发展及创新。 ④鱼类网基于长期监测数据的分析发现,三峡工程蓄水造成了长江上游鱼类群落结构发生稳态转换,鱼类物种分布发生变化,不同江段群落发生变化的时间与它们到大坝的距离相关,初步阐明了水利工程建设对鱼类群落的影响机制。 ⑤昆虫网在多地开展昆虫多样性和小型土壤动物监测,对榕小蜂研究发现传粉繁殖季节差异导致欺骗者的演化,在传粉者表现不佳的季节,竞争减弱促进了欺骗者的演化和共存。 ⑥土壤动物网完成了南沙岛礁土壤线虫多样性调查,发现人工植被的重建显著改变了土壤线虫群落结构,加速了土壤生物群落的建立,更有利于土壤线虫-微生物微食物网的形成,土壤肥力的改善和盐分胁迫的缓解是加速土壤生物网络快速重建的主要调控方向。该项成果为我国南海生态环境建设提供了地下生物多样性支撑。 ⑦草原网对沿纬度、海拔梯度的森林生态系统及内蒙古新疆西藏草原12个样地进行土壤微生物多样性监测,分析了土壤微生物多样性的驱动因子,撰写了土壤微生物多样性监测技术规范,基于环境基因组云平台,开发了微生物组数据库(http://egcloud.cib.cn),现已正式上线。 ⑧两爬网在栗子坪大样地配合中央电视台拍摄了大凉螈科学纪录片,介绍了两栖爬行动物知识和国家二级保护动物大凉螈行为和保护。 2. 重大科研产出 2019年,中国生物多样性监测与研究网络工作委员会在平台建设方面取得重大进展。①搭建生物多样性地面监测数据采集汇交的智能化管理系统:在广东车八岭国家级自然保护区搭建了 700M 通信网络科研监测平台,实现了红外相机公里网格化野外监测图像上传、智能识别和数据自动分析功能、卫星遥感监测图像模型自动生成展示的云服务系统,以及野生动物及栖息地的标准化、智能化监测。②搭建两栖爬行动物监测和研究技术平台:依托中国科学院修购项目,根据代表性物种的生态习性,结合大样地景观特征,构建了先进的两栖爬行动物监测和研究技术平台。开展种群和群落水平的长期监测和调查工作;推动线粒体基因序列和微卫星位点多态性信息分析、宏基因组、生理生化指标、行为研究,解析生态功能群结构和生态系统动态;共同构建基于个体、种群和群落水平的动态和结构的综合观测系统。③基于环境基因组云平台,开发了微生物组数据库: 对沿纬度、海拔梯度的森林生态系统及内蒙古新疆西藏草原 12 个样地进行土壤微生物多样性监测,分析了土壤微生物多样性的驱动因子,撰写了土壤微生物多样性监测技术规范,基于环境基因组云平台,开发了微生物组数据库(http://egcloud.cib.cn),现已正式上线。 (1)取得的重要科研成果 在亚热带森林群落生物多样性维持机制研究中取得重大突破: 森林网的研究者依托于古田山亚热带森林生物多样性与生态系统功能实验基地(BEF-China),选取34个物种320个植物个体,利用分子生物学技术,结合古田山24公顷样地内连续9年幼苗存活监测数据,首次揭示了不同功能型的土壤真菌驱动亚热带森林群落多样性的作用模式,成功破译了亚热带森林生物多样性维持“密码”,提出了基于外生菌根真菌与病原真菌互作过程影响植物生存的物种共存新模式,颠覆了基于病原菌 - 植物互作的经典物种共存理论。该成果于10月4日在Science期刊上以 Report 形式发表。 发现川金丝猴婴猴成长离不开“奶妈”:兽类网的研究团队通过对神农架川金丝猴近10年的野外研究,发现出生后3个月内会经常性接受其他猴妈妈的哺乳,这是首次观察到旧大陆猴中存在经常性异母哺乳行为,这可以提高川金丝猴幼仔 的存活率,研究结果对理解人类进化早期出现婴儿-母亲-异母照料关系提供了新视角。该成果于2019年2月21日发表在 Science Advances 期刊上。 证明了“驱动鸟类迁徙的绿色波浪理论”不具普适性:经典的“绿色波浪”假说认为食草动物的迁徙是由区域植物叶片生长的高峰驱动。为检验“绿色波浪”假说,鸟类网研究者研究了欧洲、亚洲和北美洲的迁徙天鹅、雁类和鸭类,共10个物种、14种种群、222次春季迁徙,研究结果显示“绿色波浪”不是草食性水鸟春季迁徙的普遍驱动因素,迁徙屏障和人为干扰均对迁徙鸟类追随绿色波浪造成不利影响,这为迁徙鸟类的研究和保护提出了新思路。该项研究工作于 2019年6月 6 日 发表在Nature Communications期刊上。 证明鼠类可通过种子雨同步性调控植物间的合作与对抗:兽类网研究者依托四川都江堰亚热带森林生态系统研究基地,以鼠类与植物种子为研究对象,连续4年标记和追踪了21,600粒种子的命运,通过评估鼠类介导的种子扩散成功率,检验了种子雨同步性假说和种子特征相似性假说。结果发现,种子雨的种间同步性在形成动物介导的植物之间互作上扮演着重要的角色,并且动物介导的植物之间互作可能是促进植物共存的进化动力。该项研究工作于2019年10月20日在线发表在Ecology Letters期刊上。 阐明了温带森林动态的驱动机制:森林网研究者基于长白山自然保护区37.8公顷样地内近93,000棵个体5-10年的连续监测数据,分析了林龄和土壤肥力对树木生长、更新和死亡的直接影响,确定了树木死亡而非生长是决定区域森林生物量动态的主导因素,阐明了树木生长、更新和死亡三个过程的主要驱动力。该结果为温带森林动态模型提供了森林群落动态变化及机理的关键参数。该项研究工作于2019年4月11日发表在Ecology期刊上。 解析了树种菌根类型对温带森林群落结构的调控机制:森林网研究者利用长白山25ha阔叶红松林样地的大树和土壤数据,分析了菌根类型和土壤养分对群落多样性和地上生物量的作用。研究结果揭示了土壤养分和菌根真菌在温带森林群落结构形成过程中的主导作用,阐释了树种菌根类型调控森林群落结构的潜在机制。该项研究工作于2019年3月28日发表在New Phytologist期刊上。 昆虫多样性监测和互作研究取得重要进展:昆虫网依托于亚热带森林植物多样性基地,采集了8471条鳞翅目幼虫,基于DNA条形码实现了幼虫物种界定,计算了系统发育多样性指标,分析了不同营养级生物多样性丧失所产生的后果,发现系统发育关系在一定程度上决定了寄主植物群落改变对植食者群落产生的影响。该项研究工作于2019年8月14日发表在Journal of Ecology杂志上。 (2)参与的重大国家项目 2019 年Sino BON各子网获得国家、基金委、中国科学院、地方的各种经费支持,依托平台承担科研项目共计107项,总经费13870.5万元。 (3)参与国际重要活动、任务 动物研究所国家干细胞资源库科研人员积极参与国际标准组织(ISO)活动,ISO/TC276工作组提交了干细胞相关的标准提案,其中“Biotechnology-Biobanking-the establishment, maintenance, characterization and distribution requirements for pluripotent stem cells”通过国际标准组织ISO NP投票,获得正式立项(标准编号ISO/AWI 24603),这是我国多能干细胞领域的第一个立项的国际标准。另外,干细胞微生物检测标准已完成PWI阶段的资料准备。目前国家干细胞资源库正在联合英国、韩国、日本、德国等十几个国家的国际力量优势,牵头发起实施“干细胞与转化”国际大科学计划,建立覆盖全球大多数人群的共享临床级国际人类干细胞库网络。 (4)支撑各国家有关部门的重要贡献/任务 5月至6月,中缅联合团队顺利完成对缅北的第八次联合生物多样性科学考察。权锐昌研究员带领的团队在缅甸无人区发现了大量珍稀濒危物种,如云豹、金猫、云猫、缅甸坡鹿、羚牛、红鬣羚、绿孔雀、孔雀雉等一些雉类。 8月5日至10日,由中国科学院西双版纳热带植物园和老挝生物技术生态研究所主办的2019年生物多样性保护和社区发展培训班在老挝万象举行。此次培训班吸引了老挝8个单位的30名学员,通过向学员普及生物多样性保护基础知识,提高其野外调查与数据分析能力,为老挝生物多样性保护奠定人才基础。 10月,草原荒漠网的张元明研究员、周晓兵副研究员等一行赴哈萨克斯坦进行科学考察,主要针对天山及毗邻区的植被生长状况及多样性进行调查研究。 10月14日至18日,曹垒研究员主办第二届“发展21世纪东亚水鸟有效协调监测”国际研讨会。来自十多个国家的60多名专家针对目前东亚地区科学和保护存在的问题,探讨迁徙水鸟的保护现状,提出下一步工作对策,并对11个主要物种的保护状况进行专题研究。 11月4日至5日,中法环境和生物多样性研讨会在北京召开。本次会议由中国科学技术部、法国高等教育、科研与创新部、法国国家研究中心,以及法国驻华大使馆联合举办。旨在加强中法之间在环境和生物多样性方面现有的科技合作,并创造新的合作机会,为明年在昆明举行的生物多样性公约第十五次缔约方大会 (COP15)做准备。 (5)平台获奖情况 中国科学院动物研究所张知彬研究员获国际生物科学联合会杰出贡献奖。2019年7月30日至8月2日,第33届国际生物科学联合会(IUBS)会员大会暨IUBS成立100周年纪念会在挪威奥斯陆召开。在庆祝IUBS成立百年纪念之际,IUBS特颁发国际生物科学联合会“杰出贡献奖”,共有2位科学家获此殊荣,包括中国科学院动物研究所张知彬研究员,以表彰其在推进全球气候变化生物学效应国际科学计划上做出的突出贡献。 两栖爬行动物专项网副主任车静研究员2019年入选中组部第四批国家科技创新领军人才,同年当选美国鱼类和两栖爬行动物联合学会终身荣誉外籍会员 (Honorary Foreign Membership)。 中国生物多样性监测与研究网络工作委员会