《开发一种用于正痘病毒通用检测和猴痘病毒特异性检测的免提取LAMP方法》

  • 来源专题:新发突发传染病
  • 编译者: 张玢
  • 发布时间:2023-06-30
  • 猴痘是一种在西非和中非流行的被忽视的人畜共患疾病。2022年爆发的猴痘疫情在全球范围内有18,000多例病例,引起了人们对未来疫情的极大担忧,并突出表明需要一种简单而快速的诊断测试。猴痘病毒,MPXV,是正痘病毒属的成员,还含有其他致病病毒,包括天花病毒、牛痘病毒、骆驼痘病毒和牛痘病毒。对所有可用的正痘病毒基因组进行的系统基因组分析确定了10个不同的系统群,来自受感染人类的分离株分布在不同的系统群中,其间散布着来自动物来源的分离株,表明这些病毒具有人畜共患病的潜力。在这项研究中,建立了一种简单、灵敏的泛正痘病毒LAMP比色检测方法,用于更广泛的正痘病毒检测。还开发了一种MPXV特异的探针,在N1R基因上区分MPXV和其他正痘病毒,N1R基因只有几个核苷酸的不同。此外,还描述了在LAMP分析中直接与拭子洗脱液一起使用的免提取方案,从而省去了从样本中提取DNA所需的时间和资源。直接LAMP检测非常适合低资源环境,为正痘病毒和MPXV的快速、可扩展诊断和监测提供了宝贵的工具。
  • 原文来源:https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.06.21.23291715v1
相关报告
  • 《废水检测可发现猴痘病毒,预计将有更多病菌可通过这种方式追踪》

    • 来源专题:水环境治理与保护
    • 编译者:王阳
    • 发布时间:2024-02-06
    • 美国卫生官员周四在一份报告中表示,废水检测在检测发现猴痘病毒(MPOX)方面效果很好,该报告推动了利用废水检测追踪更多疾病的研究。       美国疾病控制和预防中心的研究人员发现,在一周内,检测有32%的可能性在数千到数百万人的人口中检测出至少一名感染MPOX的人。       负责监督CDC(美国疾病控制与预防中心)废水检测工作的艾米·柯比(Amy Kirby)表示,最初他们不知道这些测试是否适用于像MPOX这样的罕见感染。       随着越来越多的人被感染,检测发现感染的机会也随之增加。当社区中有15人或以上感染者时,废水检测有76%的机会发现MPOX。       流入水槽、淋浴排水管或厕所的水可能携带一些从皮肤上脱落或通过尿液、粪便排出的病毒或细菌。研究表明,废水检测可以成为一个早期预警系统,甚至在医生开始报告病例之前就发出信号,表明细菌已经袭击了社区。       加州斯克里普斯研究所研究废水监测并开发相关技术的研究员约书亚·利维(Joshua Levy)表示,通过一个样本就可以观察到整个城市。       利维说:“我们发现几乎每种病毒都是可以检测到的。”       美国的监控系统虽然正在不断发展,但其仍然是拼凑而成的。目前,全国3,143个县中的863个(大约四分之一)正在向CDC提交废水数据。这些都是较大的县,是美国大部分人口的居住地,但它遗漏了许多没有连接市政污水系统的农村家庭。       2020年,当卫生官员开始检测废水中是否存在冠状病毒的遗传证据时,这种疾病追踪方法开始受到重视。随着报告的鼻拭子检测结果减少,它已成为CDC追踪COVID-19病毒的主要方法。       2022年,CDC开始与小部分城市合作,在废水中寻找脊髓灰质炎病毒。同年,人们还开展了寻找猴痘病毒的新工作,该病毒在美国和其他国家爆发了疫情。
  • 《Science子刊:开发出一种检测新冠病毒RNA的双色RT-LAMP检测方法》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2020-09-28
    • 新型冠状病毒SARS-CoV-2导致2019年冠状病毒病(COVID-19),如今正在全球肆虐。基于此,人类面临着一项重大的公共卫生挑战。快速检测现有的SARS-CoV-2感染和评估病毒传播至关重要。 基于逆转录环介导等温扩增(reverse transcription loop-mediated isothermal amplification, RT-LAMP)检测病毒RNA的方法有潜力成为简单、可扩展和广泛适用的检测方法。与基于逆转录定量聚合酶链反应(RT-qPCR)的方法相比,RT-LAMP检测需要在恒温下孵育,因此无需复杂的仪器设备。 在一项新的研究中,来自德国感染研究中心、德国癌症研究中心和海德堡大学的研究人员使用了一组针对SARS-CoV-2 N基因的引物测试了用于检测SARS-CoV-2病毒RNA的双色RT-LAMP检测方案。相关研究结果近期发表在Science Translational Medicine期刊上,论文标题为“A colorimetric RT-LAMP assay and LAMP-sequencing for detecting SARS-CoV-2 RNA in clinical samples”。 这些作者从正在接受COVID-19测试的个体的768份咽拭子样本中获取多余的RNA样本,并对这些样本进行RT-LAMP检测。他们测定了利用RT-LAMP检测SARS-CoV-2病毒RNA的灵敏度和特异性。 与使用一组高灵敏的引物的RT-qPCR检测方法相比,这些作者发现RT-LAMP检测方法能可靠地检测RT-qPCR测试时循环阈值(Ct)不超过30的SARS-CoV-2 RNA,灵敏度为97.5%,特异性为99.7%。 这些作者还开发了一种不需要事先进行RNA分离步骤的咽拭子直接RT-LAMP(swab–to–RT-LAMP)检测方法,它保留了优良的特异性(99.5%),但比RT-LAMP检测的灵敏度低(对RT-qPCR测试时Ct<30的咽拭子样本而言,灵敏度为86%)。此外,这些作者开发了一种多重测序方法(LAMP-sequencing, LAMP测序)作为诊断验证程序,以检测和记录RT-LAMP反应的结果。