《Science子刊:开发出一种检测新冠病毒RNA的双色RT-LAMP检测方法》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2020-09-28
  • 新型冠状病毒SARS-CoV-2导致2019年冠状病毒病(COVID-19),如今正在全球肆虐。基于此,人类面临着一项重大的公共卫生挑战。快速检测现有的SARS-CoV-2感染和评估病毒传播至关重要。

    基于逆转录环介导等温扩增(reverse transcription loop-mediated isothermal amplification, RT-LAMP)检测病毒RNA的方法有潜力成为简单、可扩展和广泛适用的检测方法。与基于逆转录定量聚合酶链反应(RT-qPCR)的方法相比,RT-LAMP检测需要在恒温下孵育,因此无需复杂的仪器设备。

    在一项新的研究中,来自德国感染研究中心、德国癌症研究中心和海德堡大学的研究人员使用了一组针对SARS-CoV-2 N基因的引物测试了用于检测SARS-CoV-2病毒RNA的双色RT-LAMP检测方案。相关研究结果近期发表在Science Translational Medicine期刊上,论文标题为“A colorimetric RT-LAMP assay and LAMP-sequencing for detecting SARS-CoV-2 RNA in clinical samples”。

    这些作者从正在接受COVID-19测试的个体的768份咽拭子样本中获取多余的RNA样本,并对这些样本进行RT-LAMP检测。他们测定了利用RT-LAMP检测SARS-CoV-2病毒RNA的灵敏度和特异性。

    与使用一组高灵敏的引物的RT-qPCR检测方法相比,这些作者发现RT-LAMP检测方法能可靠地检测RT-qPCR测试时循环阈值(Ct)不超过30的SARS-CoV-2 RNA,灵敏度为97.5%,特异性为99.7%。

    这些作者还开发了一种不需要事先进行RNA分离步骤的咽拭子直接RT-LAMP(swab–to–RT-LAMP)检测方法,它保留了优良的特异性(99.5%),但比RT-LAMP检测的灵敏度低(对RT-qPCR测试时Ct<30的咽拭子样本而言,灵敏度为86%)。此外,这些作者开发了一种多重测序方法(LAMP-sequencing, LAMP测序)作为诊断验证程序,以检测和记录RT-LAMP反应的结果。

  • 原文来源:https://stm.sciencemag.org/content/12/556/eabc7075;https://news.bioon.com/article/6778907.html
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    • 编译者:hujm
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    • 在一项新的研究中,来自美国华盛顿大学的研究人员开发出一种新的COVID-19测试方法,它结合了非处方抗原测试的速度和在医学实验室和医院进行的PCR测试的准确性。这种称为Harmony COVID-19的测试方法是一种诊断性测试,它与针对COVID-19的PCR测试一样,检测来自SARS-CoV-2病毒的遗传物质。但是,传统的PCR测试可能需要几个小时,而HarmonyCOVID-19试剂盒对某些样本可以在20分钟内提供结果,并且具有类似的准确性。相关研究结果近期发表在Science Advances期刊上,论文标题为“Harmony COVID-19: A ready-to-use kit, low-cost detector, and smartphone app for point-of-care SARS-CoV-2 RNA detection”。 论文通讯作者、华盛顿大学生物工程副教授Barry Lutz说,“我们设计的测试方法是低成本的,简单到可以在任何地方使用。我们希望,低成本将使高性能测试在当地和世界各地更容易获得。” 这些作者开发的Harmony COVID-19是简单和易于使用的,采用的是即用型试剂。该测试方法使用一种“类似于PCR”的方法,借助一种小型、低成本的检测器检测鼻拭子样本中是否存在SARS-CoV-2 RNA基因组,该检测器也是由Lutz团队设计的。智能手机被用来操作该检测器并读取结果。该检测器一次最多可处理四个样本,可以放进一辆标准汽车的手套箱里。 在整个大流行病期间,COVID-19测试的准确性一直是一个紧迫的问题。许多在家检测COVID-19的抗原试剂盒,检测的是SARS-CoV-2产生的蛋白片段,而不是其遗传物质,准确率为80%~85%,但Omicron变体的准确率可能会下降,因为Omicron变体含有相对较多的其他SARS-CoV-2毒株所没有的突变。PCR测试通常有95%的准确率或更好---这是FDA的一个关键基准,但需要昂贵的设备和长时间的等待才能获得检测结果。 这篇论文中报告的初步结果显示,Harmony COVID-19试剂盒对鼻腔拭子的准确率为97%。该试剂盒可以检测SARS-CoV-2病毒基因组的三个不同区域。如果一种新的变体在一个区域有许多突变,这种新的测试方法仍然可以检测到其他两个区域。例如,它可以检测Omicron变体,该变体在编码它的刺突蛋白的基因组区域发生几十个突变。 尽管基于PCR的测试非常准确,但一个关键的限制是PCR测试需要几十个加热和冷却的循环来检测样品中的遗传物质。Lutz团队开发的这种测试方法通过依靠一种称为RT-LAMP的的扩增方法规避了这个问题,这种方法没有同样严格的温度循环要求。Lutz说,“这种测试方法在恒温下进行,因此它消除了加热和冷却的时间,并在大约30分钟内给出结果。” Lutz和两位同事从华盛顿大学分离出了一家新公司---Anavasi诊断公司(Anavasi Diagnostics),该公司去年得到了WE-REACH项目30万美元的支持,后来又从美国国立卫生研究院获得了1490万美元的拨款,用于将Harmony COVID-19原型试剂盒开发成产品并扩大生产规模,以帮助解决COVID-19诊断测试的持续短缺问题。 最初,Lutz和他的团队希望这些试剂盒可以首先在诊所以及其他有医疗监督的环境中使用,如工作场所和学校。后来,他们希望能将这种测试加以改进,可以家庭使用。 Lutz说,“长期以来,人们的选择要么是昂贵的PCR测试,这通常需要一天或更长时间才能得到结果;要么是快速抗原测试,可以快速得到结果,成本低,但通常比实验室PCR测试的准确性低。从第一天起,我们就把我们的测试设计成可以低成本和大批量制造,同时以类似PCR的性能提供快速结果。” Lutz说,“我们计划让我们的测试在全世界范围内都能使用,并且价格合理。” 参考资料: Nuttada Panpradist et al. Harmony COVID-19: A ready-to-use kit, low-cost detector, and smartphone app for point-of-care SARS-CoV-2 RNA detection. Science Advances, 2021, doi:10.1126/sciadv.abj1281.
  • 《11月25日_CaptiGen开发出增强型的新冠检测方法》

    • 来源专题:COVID-19科研动态监测
    • 编译者:zhangmin
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    • 据PR Newswire网站11月25日消息,一家位于美国宾夕法尼亚州费城的新兴医疗保健公司CaptiGen宣布开发一种无菌的、单独包装的针织纺织棉签CaptiSwab,用于收集临床样本,通过标准培养、RT-PCR和下一代测序(NGS)进行微生物检测。 为了提高微生物基因组取样量,CaptiSwab的特点是一个大的、双层的针织物头,旨在提高吸收,并提供更好的提取设备。CaptiSwab已经通过批准的RT-PCR试验验证了其检测SARS-CoV-2的有效性,并且与市场上的标准口咽和鼻咽拭子相比,其检测限(LoD)已被证实较低。CaptiSwab已通过验证,可在室温下干燥保持36小时。在一项对头疼痛程度的研究中,32位患者中有30位更喜欢CaptiSwab而不是鼻咽拭子。CaptiSwab已通过M40-A2标准的微生物运输质量控制验证。 消息称,CaptiGen™环境收集试剂盒是为支持分子诊断测试系统而开发的。这个独立的试剂盒被设计成可以方便地擦拭平坦的表面、高流量和高接触区域,这些区域可以检测到病毒和病原体。 来源:https://www.prnewswire.com/news-releases/captigen-llc-announces-enhanced-covid-19-testing-301180286.html