《棉花MSL基因家族进化分析与GhMSL2》

  • 编译者: 季雪婧
  •   本文系统鉴定了棉花MscS-Like (MSL) 机械敏感离子通道基因家族,揭示了多倍化驱动的基因扩张现象。通过功能验证发现GhMSL2-3通过调控Na+稳态显著增强植物耐盐性,为棉花抗逆育种提供了新靶点。多倍化驱动的扩张现象:在异源四倍体棉花(G. hirsutum 和 G. barbadense)中鉴定出28个MSL基因,数量是其二倍体祖先(G. arboreum 和 G. raimondii)的两倍,凸显了多倍化驱动的基因家族扩张。MSL基因被分为两个进化枝(Class I和II),其中Class II在四倍体棉花中经历了谱系特异性扩张。研究揭示了保守的基序、跨膜结构域和外显子-内含子结构,支持了不同类别之间的功能分化。分析启动子顺式元件分析鉴定出胁迫、激素和光响应元件,暗示MSL基因在胁迫适应中的功能。表达谱分析展示了组织特异性和胁迫诱导模式,其中GhMSL2-3、GhMSL3-1/2和GhMSL2-1/4在盐、干旱和温度胁迫下显著上调。通过异源过表达GhMSL2-3显著增强了拟南芥的耐盐性,而棉花中的病毒诱导基因沉默 (VIGS) 则损害了胁迫耐受性,这与Na+积累增加、鲜重和叶绿素含量降低相关。本研究系统鉴定了棉花(Gossypium spp.)中的84个MSL基因,并重点分析了G. hirsutum中28个成员的进化关系、结构特征、表达谱和功能验证结果。这些系统进化见解为未来棉花MSL蛋白的分子和生物学研究奠定了基础。本研究系统表征了四个棉花物种中的MSL基因家族,提供了多倍化可能驱动该家族扩张并促进功能分化的证据。进化分为两个枝、结构保守性和胁迫响应表达模式凸显了MSL基因在棉花中的适应意义。功能分析表明,GhMSL2-3通过调节离子稳态正向调节耐盐性。
相关报告
  • 《水稻OsNF-Y基因家族的全基因组鉴定与共同表达网络分析》

    • 来源专题:转基因生物新品种培育
    • 编译者:丁倩
    • 发布时间:2016-08-15
    • 核因子Y(NF-Y)是一种普遍存在的转录因子,调节重要的生理和发育过程。在本研究中,我们确定了34个水稻OsNF-Y基因,包括6个新发现的基因。覆盖整个生命周期的表达谱分析显示,OsNF-Y转录以组织特异、优先或本质的方式差异积累。此外,我们进行基因复制研究和表达分析以确定OsNF-Y基因家族的进化起源。经过一个或多个非生物胁迫如干旱、高盐度和冷胁迫的幼苗处理后,9个OsNF-Y基因有差异表达。表达相关性分析和基因本体注释显示,OsNF-Y基因与参与胁迫、种子贮藏积累和植物发育的基因共同表达。共同表达分析还显示,OsNF-Y基因可能相互作用,NF-Y亚基形成的复合物参与转录调节。这些研究结果为进一步阐明NF-Y家族的功能及其调节方式提供有用的信息。
  • 《棉花团队揭示干旱下棉花产量和纤维品质协同改良的遗传机制》

    • 编译者:季雪婧
    • 发布时间:2024-10-28
    •     Advanced Science在线发表了华中农业大学棉花遗传改良团队题为“Dissecting the Superior Drivers for the Simultaneous Improvement of Fiber Quality and Yield under Drought Stress Via Genome-Wide Artificial Introgressions of Gossypium barbadense into Gossypium hirsutum”的研究论文。研究基于陆地棉栽培种鄂棉22(E22,产量高)为背景的海岛棉3-79(纤维品质优)的种间染色体置换系(CSSLs)群体,利用多种定位方法鉴定到多个干旱下棉花产量和纤维品质协同的QTL,并解析了棉花抗旱关键基因DRR1和DRT1的生物学功能。     随着全球淡水资源短缺和极端天气事件的增多,干旱胁迫已成为导致全球棉花产量和纤维品质下降的主要因素。陆地棉和海岛棉作为最重要的四倍体栽培棉种,具有不同的优异性状。陆地棉产量高,而海岛棉纤维品质优异,但产量相对陆地棉较低,且两个棉种在干旱胁迫下仍然保持其优良特性。由于连锁累赘的因素,实现棉花纤维品质、产量和抗性的协同改良十分困难,通过染色体片段交换、打破连锁累赘、融合两者优势性状,可以实现棉花抗性、产量和品质的协同改良。     作者以陆地棉E22为轮回亲本,海岛棉3-79为供体亲本构建了包含319份材料的CSSLs群体。采用花铃期断水处理的干旱胁迫方式,在全生育期共采集了包括农艺性状、产量及纤维品质在内的14个性状。利用最佳线性无偏预测(BLUP)整合多个环境的数据,并采用4个产量性状、4个品质性状的抗旱系数(DRC)和抗旱隶属函数值(MFVD)评价各材料的抗旱性,筛选出M149等9个棉花抗旱品系。进一步通过GWAS分析、连锁分析和BSA策略,共鉴定到121个显著的QTL,其中39个QTLs至少在两种定位策略中同时鉴定;6个QTL在三种策略共同鉴定。     进一步结合亲本特点,基于共定位的结果和抗旱SNP的来源,筛选出14个QTL进行抗旱单倍型分析,其中13个抗旱单倍型(DRC纤维品质)来源于3-79,1个(DRC衣分)来源于E22。利用14个SNP对CSSLs群体进行抗旱单倍型聚合效应分析,发现聚合抗旱单倍型越多的品系,其抗旱隶属函数值(MFVD)越高,干旱胁迫处理对其产量和品质的影响越小,表明优质纤维3-79基因型的渗入有效打破了连锁累赘的影响,实现棉花抗性、产量、品质的协同改良。     作者进一步利用CRISPR/Cas9和VIGS技术验证了上述共定位区间候选基因DRR1和DRT1的生物学功能。结果表明,敲除DRR1或DRT1基因后,植株对干旱胁迫更加敏感。利用VIGS技术在抗旱材料M307(hap3-79)和敏旱材料M048(hapE22)中均沉默DRR1或DRT1,结果证明单倍型hap3-79相比hapE22表现出更强的抗旱性。     华中农业大学作物遗传改良全国重点实验室棉花遗传改良团队、湖北洪山实验室杨细燕教授为论文通讯作者,韩贝博士(已毕业,现就职于中国农业科学院油料作物研究所)为论文第一作者,团队张献龙院士共同设计并指导研究,林忠旭教授创建并提供导入系群体;该群体在新疆石河子和阿拉尔开展了多年多点的田间试验,新疆农垦科学院余渝研究员和塔里木大学王彦芹教授对群体材料的种植和表型采集提供了帮助。该研究受农业部专项资金(生物育种)、国家自然科学基金和新疆兵团科技发展专项资金的资助。